皇太極正是利用這一事件而施展反間計。一方麵將袁崇煥議和之事大加渲染，廣為擴散，並把殺毛文龍稱為袁崇煥向後金討好的舉措；另一方麵，親率大軍繞道喜峰口，攻破邊牆，直逼北京城下。致使京師上下震動，紛紛傳說袁崇煥通敵。這時，生性多疑的崇禎皇帝再也沉不住氣了，下令將袁崇煥逮捕，並立即綁往西市斬首。此時滿朝文武竟然沒有一個人站出來為袁崇煥說話。一代名將袁崇煥便這樣成了一場特大冤案的受害者。
傳說崇禎之所以下決心殺害袁崇煥還另有原因。
崇禎帝在其初登大寶，詔令起用袁崇煥之時，便令內廷太監與錦衣衛暗隨詔使追尋袁崇煥去向，召其回京任職，並暗訪其家山風水。尋至白馬，隻見此地山川奇勝，風光迥異，必是地靈人傑、英才輩出之所，回朝稟報，更令崇禎帝心神驚疑不定。但邊事垂危，朝廷正在急需用人之際，心中雖有不解之惑，還是擢升了袁崇煥，疑人重用。崇禎起初對袁崇煥尚是非常信任的，“擅殺毛文龍”後也不加指責，直至率師勤王還授以重權，卻在強敵一退去就將袁崇煥係下大獄，雖有“反間計”一說，崇禎也隻是懷疑，一時難辨真偽。所以逮捕袁崇煥下獄後，又派出國師到白馬蓮塘來勘踏，得知其宅乃“飛鳳飲水”之格，其祖父袁西堂又葬在鳳凰嶺“飛鳳含珠”之穴，《葬經》有雲：“凡雞地者必出王。”錦雞者，鳳凰也。其祖母又葬在貴能出天子的蒙江“帥地”（今蒙江鎮袁屋坪塘衝，大泥墓尚存），家山屋宅，處處皆風水大地，處處有帝王之氣。
崇禎帝本來就篤信風水之學，聽後驚恐萬狀，惟恐江山被奪，又加上首輔溫體仁等閹黨佞臣羅織袁崇煥“早有謀反之誌”，說其詩“橫戈原不為封侯”，“封侯”都不要，不是明擺著想當皇帝嗎？他的名字“崇煥”，不就是要把“崇禎”換掉？如此這般，袁崇煥陰謀與陽謀都“證據確鑿”，他不僅“通敵叛國”而且要顛覆大明江山社稷取而代之，這是“滔天大罪，禍心深不可測”，崇禎帝自然咬牙切齒，恨聲不絕，即使將袁崇煥千刀萬剮也難解其心頭之恨。真可謂迷信誤國，自毀長城，到頭來斷送了明朝江山，崇禎帝也落了個自縊身亡的下場。
總起來講，崇禎決意殺害袁崇煥的原因如下：
崇禎誌大才疏，年輕氣盛，誅殺魏忠賢、鏟除閹黨後更是剛愎自用；一心急於振興朝政，卻又生性多疑，信不過任何臣子。崇禎在位十七年，換了五十個大學士，十四個兵部尚書。他殺死或逼得自殺的督師或總督，除袁崇煥外還有十人，殺死巡撫十一人、逼死一人。十四個兵部尚書中，王洽下獄死，張鳳翼、梁廷棟服毒死，楊嗣昌自縊死，陳新甲斬首，傅宗龍、張國維革職下獄，王在晉、熊明遇革職查辦。袁崇煥的軍事才華得到了他的賞識，委以重任，突然得知袁“背叛”自己，自然無比憤怒，衝動的將袁崇煥打入天牢。崇禎以“皆誤國之臣”的心態，首鼠兩端，濫殺無度，注定了袁崇煥在劫難逃。
袁崇煥雖然軍事才華橫溢，但是在政治上卻有幼稚之處，他在關外鎮守一方本來就容易招來疑忌，擅自誅殺大將毛文龍，雖然說是發現毛文龍勾結女真，但後來考證的史料均認為毛文龍並沒有背叛明朝，隻是不大遵從袁的將令而已，袁為了在軍中立威而斬殺毛文龍，自然會讓本就多疑的崇禎更起戒心，隻是一時找不到合適的人選替代才暫時沒有被處置。袁崇煥又不知在朝內結援自固，沒有大臣為他解釋，也沒有人肯為他求情。
崇禎極端自負，雖然後期已經意識到自己中了女真人的反間計，但為了維護自己的麵子，決不肯承認自己的失誤，所以急於殺死袁崇煥來掩蓋自己的愚蠢錯誤。女真人的反間計其實很簡陋，隻不過正好迎合了崇禎的心理而已。