然而，時間可以改變一切。在接觸商界的一年時間裏，在牟其中的耳濡目染下，馮侖已有的學者情章已經慢慢的消褪，他開始偏向於經商，開始想在變化莫測又浩瀚無邊的商海過把癮。當然，繼續留在南德集團是不能滿足他過把癮的願望的，在這裏不管他做了多少、做得多好，他終究隻是一個幫手、一個打工者。於是，他決定逃離，背負道義上的罵名，他也要去商場闖一闖。這時候的馮侖已經開始向商人轉變。
1991年，馮侖創業的念頭越來越強烈，而牟其中對他也越來越倚重。辭職，牟其中肯定不會批準，隻能采取迂回策略。馮侖開始裝病，在病假期間悄悄離開牟其中。夢想從哪裏破滅，新的夢想就要從哪裏起航。馮侖再次來到海南，闊別三年後的海南和他都已經很不一樣。1988年，海南為建省而熱，馮侖以體麵的學者身份，帶著有誌青年的滿腔熱血和對未來的無限憧憬而來；1991年，海南處於大開發的前夜，馮侖以商人身份，帶著淘金者的僥幸心理和對未來的不確定而來。
那年，和馮侖一起來海南闖蕩的還有研究所的同事易小迪、南德集團的同事王功權、劉軍、王啟富幾人。大家都沒有資金和靠山，有的隻是一顆想要騰飛的心和東拚西湊攢起的3萬元起家費。他們對該做什麼並沒有明確的認識，因為當時企業需要掛靠單位的政策，就注冊了一個農業高技術公司，叫海南農業高技術聯合開發投資公司。注冊完公司，他們兜裏隻剩幾百元錢。
把玉米種子和包含了抗蟲害技術的化肥攪拌在一起做“種衣劑”、用無土栽培技術培植香蕉苗，然而這些能夠在當時占全國百分之八十有餘的農村人口致富的項目並沒有讓他們賺來第一桶金，反而把本錢都賠了進去。在海南迅速發展起來的市場經濟的影響下，馮侖已經完成了學者到商人角色的轉變，開始以商人的觀念來思考問題。他果斷地賣掉了不賺錢的農業項目，轉而將全部人力、物力和財力投入到火熱的房地產項目中，海南農業高技術聯合開發投資公司也因此更名為萬通地產股份有限公司。隨後，在短短的幾年時間裏，萬通地產股份有限公司趁著海南房地產業火熱發展的東風，迅速發展成為最招人注意的民營企業，馮侖也成為成功商人的代表。
其實，不管現在的馮侖在商界怎樣的成功、怎樣的被人膜拜，他的學者氣質仍然還在。或者可以說，正是由於馮侖身上的學者氣質，他才能在經商這條道路上走得這麼遠。首先，學者與生俱來的清高品質保證了馮侖能夠穩穩當當的做生意。馮侖做生意堅決不找靠山。他曾說：“我們當初就確定了不搞權力尋租那一套，所以你看到我們的企業可能賺錢慢一些，但是都很穩，六個人沒有一個人出事。”其次，學者出身的馮侖身上並沒有那麼多的銅臭味。這讓他沒有沉迷在海南房地產業虛幻的泡沫式增長中，而是在危機來臨之前及時脫身，保全了萬通地產股份有限公司。第三，學者都有“窮則獨善其身，達則兼濟天下”的情懷。馮侖早在1992年就寫下《披荊斬棘共赴未來》，後又把文卷中的精髓“以天下為己任，以企業為本位、創造財富，完善自我”等作為萬通的企業文化。這一切讓馮侖在人們心目中不僅僅隻是商人，而成了大師級商業領袖。