從鹹豐到同治年間，大清王朝經曆著極其嚴重的內憂外患。國內的太平天國運動、撚軍起義使清朝政府顧此失彼，瀕於滅亡。國外英法聯軍發動了第二次鴉片戰爭，火燒圓明園，攻占北京，逼迫清朝政府簽訂了一係列不平等條約。而沙俄更是乘人之危，逼迫清朝政府簽訂了《中俄璦琿條約》和《中俄北京條約》，割占了中國黑龍江以北、烏蘇裏江以東一百多萬平方公裏的領土。當時，失去大片領土的東北仍然處在清政府的封禁政策之下，大批各族官兵不斷被調入關內作戰，清朝統治力量薄弱，大批的流民、礦工沒有合法的身份，政治上受歧視，經濟上受壓迫，真是怨聲載道。在社會矛盾激化的情況下，各地爆發了以流民、礦工等為主的農民起義。
鹹豐十一年（1861年）二月，礦工李鳳奎、士人才寶善和劉珠等率眾六七百人舉行起義，攻入朝陽縣城，且隊伍迅速擴大。六月，起義隊伍進入吉林和科爾沁境內，人數發展到三四千人。
同治元年（1862年）正月，阿勒楚喀荒山嘴子等地農民數百人在張玉率領下舉行起義，起義軍渡過鬆花江，直抵呼蘭城下。清政府命令吉林將軍景綸、署黑龍江將軍特普欽派兵聯合鎮壓。此時，依克唐阿已經從中原返回東北，被增補為三姓鑲白旗佐領，率部參加鎮壓當地的農民和礦工的起義。
同年夏天，曾參加過李鳳奎起義軍的礦工葛成隆與王天階等秘密來到三姓城（今黑龍江省依蘭縣）、黑背金廠等地，以販魚賣炭為掩護，發動農民和礦工，籌劃起義。十一月，起義計劃被官府發現，葛成隆便提前發動起義。
起義軍兵分三路進攻三姓城。依克唐阿率其所部駐守三姓城。十四日，葛成隆率眾圍攻三姓城未克。依克唐阿率其所部出城在三姓城外與起義軍展開激戰。隨著清軍援軍的到來，起義軍受挫，葛成隆身負重傷，軍師董任田陣亡。不久，這支號稱萬人的起義隊伍節節失利，僅剩千餘人退回黑背金廠。
同治二年（1863年）正月，清政府探聽到葛成隆聯合金廠流民從黑背金廠出發，向興凱湖一帶轉移的消息，立即命令三姓副都統富尼揚阿派兵圍剿。依克唐阿接到命令後，馬上率部日夜兼程，跟蹤追擊。四月十六日，依克唐阿等部清軍追上起義軍，雙方在興凱湖附近展開激戰。依克唐阿畢竟身經百戰，經驗豐富，葛成隆及其所部根本不是他們的對手。激戰之中，起義軍連連失利，潰不成軍。依克唐阿等部捕獲葛成隆，押至吉林。葛成隆英勇就義，這次起義失敗。
同年九月二十七日，綽號“烏痣李”的李維藩和綽號“滾地雷”的王五率領李鳳奎、才寶善起義軍的餘部，於八家子（今吉林省懷德縣境內）大敗鄉團會勇，活捉黃花甸子會總董曜。十二月，王五、徐占一率領起義軍五六百人進攻小城子（今吉林省梨樹縣境內），占據榆樹台，全殲清軍300餘名。不久，王五率部南下，進入奉天圍場。依克唐阿等部也奉令進入奉天境內圍剿起義軍。在依克唐阿等部清軍的圍追堵截下，王五、徐占一相繼在戰鬥中犧牲，起義暫告失敗。
同治三年（1864年）六月，綽號“馬傻子”的馬振隆（又作馬震龍）在梨樹一麵城豎起“替天行道”大旗，會聚饑民百餘人舉行起義，隊伍不斷壯大，很快發展到千餘人。七月下旬，馬振隆率部北上，聯合各路起義軍，擊敗榆樹台千總馬瑞圖所部清軍。與此同時，活動於昌圖、梨樹一帶的農民起義軍首領王起率眾在四平街聚會，開展反清鬥爭，散在各地的起義軍紛紛加入。八月，李維藩、馬振隆起義隊伍迅猛發展，達2萬餘人。馬振隆率部轉戰伊通境內，攻克赫爾蘇街，擊敗長春廳馬隊，繳獲眾多軍械。十月四日，馬振隆率部2000餘人圍攻梨樹城。攻城3晝夜未下，後用濕穀草為掩護，破城而入，活捉守城照磨徐棠和土豪劣紳數十人，當即處死，並開倉濟民，釋放囚犯，焚毀一切文書卷宗。馬振隆起義軍連獲勝利，把東北人民起義推向高潮。清政府命戶部尚書文祥率神機營、健銳營等京兵1000名，至奉天鎮壓東北人民起義。在官軍的鎮壓下，起義軍被迫化整為零，分散作戰。十二月，馬振隆起義軍30餘人，與長春廳官兵、聯莊會勇40多人激戰於張家店（今九台縣境），起義軍失利，陣亡過半，其餘被俘。
同治四年（1865年）十二月九日，起義軍劉果發部由奉天圍場進入吉林境內，占據吉林廳岔路河、一拉溪等地，零星起義軍紛紛四起，距省城吉林不過數十裏。依克唐阿奉令率部回防吉林，轉任吉林鑲黃旗佐領。清政府諭令盛京將軍迅速派兵協助吉林鎮壓起義軍。十二月二十六日，探聞起義軍欲攻長春，清政府諭令德英從伊通撥兵往援，固守長春，並命文祥將調赴盛京的吉林軍隊迅速回師吉林。十三日，馬振隆、徐占一率部攻長春，在依克唐阿等部的堅守之下，起義軍攻城不下，遂北上進克農安，突襲伯都訥，捕獲署伯都訥副都統等。
同治五年(1866年)二月十九日，王起、馬振隆率部直撲雙城堡，擊潰在城郊應戰的署總管佟興幾所部200餘名守兵。起義軍被商民迎入城中，焚署劫獄，踞城數十日。二十三日，起義軍一部進逼阿勒楚喀，署副都統永壽帶兵抵禦，被起義軍圍困，阿城遂下。隨後起義軍攻克拉林、五常。劉果發率眾500餘人直奔鬆杉、額穆赫索羅站（今吉林省蛟河縣）。馬振隆、王起率紅、藍、黃、白、黑5隊約5000人占領省城吉林西部交通要道法特哈邊門，旋踞烏拉街，省城告急。鑒於東北各路起義軍大部轉入吉林境內，清政府迅速從東北各地調集軍隊進入吉林鎮壓起義軍。