尿液細菌培養檢查，在臨床上常用的是定量接種環法，即取0.001毫升新鮮中段屎，均勻塗劃在血液瓊脂培養皿上，在37攝氏度條件下，經24小時孵育後，整個平板上所見的茵落數乘以100，即得每毫升菌落數。如尿中細菌數在1萬到10萬之間時為可疑，需重複檢查，若尿中細菌每毫升在1千個以下者，98%是由於汙染所致。但對繁殖力低的細菌如腸球菌、糞鏈球菌等，如每毫升尿中細菌超過1萬個以上者也有診斷意義。如尿中每毫升細菌數在10萬個以上時，就可診斷為尿路感染。如一旦培養有細菌生長，應同時做藥物敏感試驗，這樣可以作為臨床上選用抗菌藥物的參考。如果在離心後作塗片染色找抗酸杆菌，連續3天，一次塗片或培養發現結核杆菌為陽性結果，一般都考慮診斷為腎結核。
尿液細菌培養除了上述普通方法外，還有幾種特殊的培養方法：
高滲培養：長期使用抗菌藥、溶酶體或補體等因素，常使細菌的細胞壁損傷、缺失，變異為引起型菌。此時培養基應含有15%。蔗糖或氯化鈉時細菌才能繁殖。
結核杆菌培養：培養方法是留晨尿，離心後，在沉渣中加入硫酸或29%氫氧化鈉，20分鍾後去除雜菌，中和後接種在羅氏培養基中，4~8周後出結。
真菌培養：將病人的尿液接種於沙保羅培養基中，置371或室溫，培養5天進行觀察。
以上3種指標主要反映腎小球的濾過功能，也是平常人們最關注的腎功能檢查。當血尿素氮超過每升7.5毫庫時，提示腎小球濾過率已至少降到609%以下。此外，當血尿棄氮、血清肌酐等含氮物質超過正常範圍者，稱為“氮質血症"。不論何種慢性、急性腎髒病，當其出現氮質血症時，有效腎單位往往已有60%~70%受損害，因此，這兩項檢查對尿毒症的診斷、判斷預後，卻有重要意義，因為增高程度與病情嚴重性成正比。內生肌酐清除率是目前臨床上最常用的腎功能試驗，其降低程度基本上反映腎實質損害程度。一般認為，當降至64~80毫升時，表示腎小球濾過的功能已有減退，如降至每分鍾51~70毫升，表示輕度損傷，降至每分鍾31~50毫升時表示中度損傷，降至每分鍾20毫升時，就可出現尿毒症的症狀。
要檢驗血腎功能時，特別是血清肌酐及內生肌酐清除率時，往往受到攝入動物肉類的影響，所以一般均應素食3天，也就是不能攝取含肌酐的飲食，此時，血漿中的肌酐均為內源性，濃度相當穩定，這樣檢測的結果比較準確與穩定，因為排除了外源性含肌酐食物攝入的影響。
影像學檢查
腹部平片是尿路X線檢查的主要方法，也是作各種尿路X線造影前必不可少的步驟。攝片範圍包括兩腎、輸尿管和膀胱區。通過腹部平片可以了解腎髒的位置、大小、輪廓；慢性腎盂腎炎可見一側腎髒增大，另一側腎髒縮小。若腎區有不能透過X線的影像，可能為結石、鈣化等，也能初步鑒別腎髒的其他病變。
腹部X線平片具有對身體無損傷的優點，對疑有泌尿係複雜因素的尿路感染具有重要的診斷意義，並對泌尿係感染的鑒別診斷有一定的幫助。
在拍腹部平片之前，病人必須清除腸道的積氣和糞便，以提高照片質量。檢查前一天進少渣晚餐，並用番瀉葉10克加開水200毫升代茶飲，或石蠟油30毫升等。當日早晨禁食；有習慣性便秘者宜服用較強的瀉劑如蓖麻油等，如果仍然不見效時可行清潔灌腸。
靜脈腎盂造影：又稱排泄性尿路造影。由靜脈注射含碘造影劑，造影劑主要通過腎髒排泄，含有造影劑的尿從腎盞排到腎盂、輸尿管及膀胱時均可顯影。成人在注入造影劑後第7、15、30分鍾各拍片一張。兒童則在注藥後第3~5分鍾及7~12分鍾各拍片一張。
靜脈腎盂造影除能了解泌尿係是否有功能性或器質性異常外，還可以判斷腎髒的排泄功能，腎髒影大小、形態，腎盂、腎盞有否變形，並對鑒別腎盂腎炎、腎結核有一定的意義。慢性腎盂腎炎主要變化是腎盂、腎盞的顯影時間延長、濃度減低、腎髒變小、腎實質呈局限性萎縮，以腎皮質變薄為主，或有腎外緣局部凹陷，伴有鄰近的腎盞變鈍或呈鼓槌狀等變形；腎盂有時也可變形，有擴大積水現象。但有腎功能衰竭、碘過敏及懷孕婦女禁止使用靜脈腎盂造影。
逆行腎盂造影：經膀胱將輸尿管導管插入輸尿管，注入造影劑，使腎盞、腎盂、輸尿管等顯影。逆行腎盂造影的優點是腎盂、腎盞充盈良好，顯影清晰，有利於對細微結構的觀察；對於腎功能不良的病例仍能使其顯彩；在進行膀胱鏡檢查時，還可以了解膀胱及輸尿管的情況。但可引起痙攣、腎絞痛，且有上行性感染的危險，所以在臨床上僅用於靜脈腎盂造彩達不到診斷目的的病人。逆行腎盂造影不能應用於有嚴重血尿、急性下尿路感染、嚴重心血管疾病、高血壓、尿道狹窄及慢性腎功能衰竭的病人。
檢查，即計算機X線體層掃描。對有複雜因素的腎盂腎炎有重要的診斷意義。急性腎盂腎炎嚴重時呈局灶性或彌漫性斑片狀不均勻低密度區，有時呈線條狀或放射狀低密度。
超聲檢查泌尿係疾病超聲診斷的應用極為廣泛，幾乎可適用於所有泌尿係疾病。這是因為儀器的改進和分辨力大為提高之故，超聲檢查可區分腎皮質、腎髓質和顯示腎內血管。此外，還可確定腎周圍積液、腎大小。慢性腎盂腎炎可見腎髒縮小，輪廓模糊，腎實質變薄，回聲增強；腎盂腎盞普遍或局部擴大、積水及變形等。
放射性核素檢查：放射性核棄診斷不僅可以了解髒器的解剖形態、結構變化，更主要的是可以檢查髒器的功能、生理生化變化的過程，達到了顯像與動態功能的真正結合。由於核醫學檢查所用的放射性藥物，不僅靈敏度高，而且化學量極微，不會發生過敏反應；所用放射性核素的半衰期短，病人接受的輻射劑量亦遠低於X線檢查。故方法簡便、安全、無創傷、便於重複檢查，不僅有助於疾病的診斷，還適用於療效評價、監測和隨訪。
放射性核素腎圖是應用放射性核素檢查分側腎功能最簡便而常用的方法，原理是利用能從腎髒迅速清除的放射性藥物為示蹤劑，即131碘標記的鄰碘馬尿酸，注入靜脈後，隨血流進入腎髒，由腎小管上皮細胞吸收並分泌到腎小管腔內，由腎小球濾過，經尿液衝刷到腎盂而排出腎髒，當其通過腎髒時，用兩個探測效率相等的閃爍探頭放置於左、右腎區，並聯接於自動記錄儀，得到二條時間放射性活度曲線，稱為腎圖，借以得知鄰碘馬尿酸在腎內的聚集和排出情況。