甲硝唑（滅滴靈）：口服，每次200毫克，每日3次，服7~10天。
硝馬唑：口服，每次250毫克，每日2次，服6天。
氟硝咪唑：口服，每次200毫克，每日3次，服5天。
金黴素：前3天可每日3克，第4~8天每日2克，分4次服用（此藥可單獨服用，也可與滅滴靈合用）
卡巴胂：每次0.25克，每日2次，服用7天。曲古籌棄：口服，每次10萬~20萬單位，每日2次，5~7日為1個療程。
滴維淨：塞入陰道，每晚1片，10次為1個療程。
在服用滅滴蟲藥的同時，也要應用一些治療泌尿係感染的藥物，如氟呱酸、環丙氟呱酸、呋喃坦啶等，較重的感染要根據尿培養細菌對藥物的敏感結果選擇有效抗菌藥物。
在藥物治療療程結束後3天，應複查有無毛滴蟲，隔日1次，連續3次陰性時，方可認為治愈。為了確保完全治愈，此後連續3個月經周期，當月經淨後再檢查有無毛滴蟲，如均為陰性，方可認為治愈。
尿液常規檢查
尿液常規檢查簡便易行，是臨床上最常用的檢查方法之一。因此，經常做尿液常規檢查，對及時發現泌尿係感染具有重要意義。
做尿液檢查時，最好采用清晨第一次尿液。因為此時排出尿的各種成分含量較固定，9隻值最低，有利於保持有形成分（如細胞等）的完整。不同的檢查項目采取標本的方法不同，例如要做尿培養，預先應做無菌處理及準備；男病人可用直接排出的尿液作常規檢查，女病人應避免外陰分泌物汙染，可在洗淨尿道周圍後留取中段尿，必要時可用導尿法取得標本。尿液常規檢查包括以下幾項。(幻顏色：正常新鮮尿液為淡黃色，尿液可因出血而呈紅色。
透明度：正常新鮮尿液清晰透明，如尿中有膿細胞、細菌等可變為混濁。
比重：正常尿液比重在1.01~1.03之間，晨尿比重偏高，尿比重與尿中代謝產物的濃度和尿量多少有密切的關係。
酸堿度：正常人尿液呈弱酸性，值為5~7。食物及藥物可引起尿液酸堿度的改變，如進肉類食物者尿呈酸性；素食可呈中性或弱堿性。如新鮮尿呈堿性，且伴有較多白細胞者，常為泌尿係感染所引起。
蛋白定性：正常尿液中含有微量蛋白，約為每天40~80毫克，常規定性試驗不能測出為陰性。
正常人的尿液內含微量葡萄糖，一般試驗方法不能測出。持續性大量尿糖存在是糖尿病的特征。
顯微鏡檢查：新鮮尿液須經離心機離心沉澱，取尿液沉渣在顯微鏡下檢查。①紅細胞：正常尿每個高倍鏡視野一般不超過0~3。若每個高倍鏡視野超過5個為紅細胞增多，常見於腎盂腎炎、結核、腫瘤、結石等疾病；②白細胞：正常尿液每個高倍鏡視野一般為0~3。超過每個高倍鏡視野5個時即為異常，當泌尿係感染時可大量增多。若尿中白細胞增多（不沉澱尿）每個高倍鏡視野5個或每立方毫米大於10個和聚集成錐的膿球，即可稱為膿尿；③上皮細胞：正常尿中可有少量的上皮細胞，當明顯的上皮細胞增多時，表示有病理變化；④結晶體：正常人尿中常有結晶，對診斷意義不大，在慢性膀胱炎時可出現多量磷酸鈣結晶；⑤管型：正常尿液中不含有管型，在腎盂腎炎時可見白細胞管型。
尿液細胞排泄率試驗
這種試驗對泌尿係感染的診斷，以及動態觀察治療尿路感染的效果和預後，有很高的價值，尤其是對尿常規檢查正常而伴有尿路感染的症狀者，更有意義。
此試驗過去一直沿用12小時尿細胞計數法，但近年來多主張用1小時尿細胞排泄率測定，其方法是在測定尿的前一天晚飯應吃含蛋白質較高的食物，並盡量少吃流質，次日清展醒後排空膀胱尿，在臥床的情況下收集3小時尿，最好一次排出，在3小時內不喝水，但可進少量幹食。收集尿時應清潔外陰和尿道口，以免影響結果。收集3小時的全部尿液後，立即送檢，對紅細胞、白細胞等進行計數，結果按1小時計算。正常標準是：白細胞數每小時大於30萬個為陽性，每小時小於20萬個為正常，介於兩者之間為可疑。用1小時細胞排泄率的優點是：收集尿液方便，減少了尿易受室溫、汙染或腐敗等外界因素的影響，所以結果比較準確，也便於複查。
酚紅排泄試驗
酚是一種對人體無害的染料，經靜脈注射後，大部分與血液中的白蛋白結合，除少數從膽汁排出外，主要是由腎髒排出。在腎髒排泄過程中，94.9%自腎小管排泌，因此，測定規定時間內酚紅的排泌量，可以作為判斷腎髒排泌功能的指標之一，當然主要反映腎小管的功能。其方法是：
注射酚紅前病人要飲水300~400毫升，以利排尿。飲水後20分鍾排尿棄去，然後再準確注射酚紅1毫升。注射後15、30、60、120分鍾各收集尿液1次，分別留於有標記的潔淨的容器中，每次尿必須排淨，並記錄尿量，然後送檢驗。
在這一檢驗中應注意一些事項，如注射酚紅時，要十分準確的注射1毫升，而且必須全部注入靜脈內，勿使藥液漏出，不然很難判斷結果的真實性；另外，試驗前和試驗中不能飲用茶、咖啡等利尿飲料；不能服用大黃、山道年、阿司匹林、青黴素等藥物，因以上藥物會阻礙酚紅向腎小管輸送，從而導致排泄率減低；再有留尿時間要準確，尿必排盡，尿量不應少於40亳升。並及時送尿檢驗，以防尿液退色。
尿液細菌學檢查對診斷泌尿係感染具有重要價值。主要有以下三種方法：
尿塗片找細菌：泌尿係感染時尿液中可含有大量細菌，尿液沉渣塗片在顯微鏡下檢查容易找到細菌。塗片方法是：將清晨第一次中段尿10毫升，離心後取沉渣做塗片，火焰加熱固定，進行革蘭染色，必要時進行抗酸染色。每個高倍鏡視野下細菌少於10個，或未能找到，提示中段尿培養陰性或細菌菌落數每毫升不超過1000個。如果每個高倍鏡視野數細菌為15~30個，中段尿培養細菌菌落數每毫升常超過10萬個，其可靠率可達以上。然後，應用革蘭染色塗片找細菌，就可以初步確定泌尿係感染是陽性球菌抑或陰性杆菌，作為使用抗菌藥物的參考。
尿液細菌培養：在收集尿液標本時，必須道循嚴格的無菌操作，采集中段尿，容器須無菌且無化學藥物或消毒劑。作尿培養前48小時，應停用任何抗菌藥物，這樣可避免藥物影響暫時抑製而培養時無細菌生長。一般取晨尿，男性病人作會陰及陰莖部充分消毒後，自行排尿，接留其後一部分尿作檢查。女性病人用導尿法留。