當劉玄還在長安作垂死掙紮的時候，鄧禹在河西地區達到了威望的頂點。從關中逃到河西來投奔鄧禹的流民、百姓源源不絕，每日數以千計。
鄧禹的軍隊迅速膨脹到數十萬之多，軍勢聲威空前膨脹，大家的信心也空前膨脹。鄧禹的部下認為以目前的實力完全可以進攻長安。當然他們的心裏有個小九九，如果攻下長安，那鄧禹絕對是劉秀手下的第一大功臣，而他們加官進爵就是水到渠成的事情了。
到目前為止鄧禹的頭腦依然非常清醒。他耐心地說服部下們：“雖然現在我們的軍隊看起來不少，但大多數都是來投奔的流民、百姓，這些人基本都沒打過仗，你叫他們吃飯、搶劫還行，叫他們打仗不靠譜。而且我們現在給養也跟不上，幾十萬人的口糧成問題、兵器裝備也成問題。赤眉軍剛剛攻下長安，財富充足，士氣旺盛，跟他們硬拚肯定吃虧。”
鄧禹進一步分析說：“不過我看劉盆子、樊崇、王匡、張卬等人都是麵和心不合，時間久了赤眉軍內部必定會出現問題。現在關中以北的上郡、北地、安定三個郡，地廣人稀，穀物富饒，牲畜興旺，很適合大軍休整。我們暫且北上休整，靜觀赤眉軍在長安鬧騰，等他們疲困鬆懈了，我們再進攻不遲。”
統一了全軍思想的鄧禹繼續向西北方向進攻，攻占枸邑（今陝西枸邑縣），然後分兵攻取上郡、北地、安定三郡。鄧禹軍隊所到之處，各郡縣望風而降。西河太守宗育率部歸降。
從建武元年的正月到這年冬季，不到一年的時間裏，在沒有任何後援的情況下，鄧禹率兩萬孤軍長驅一千五百多裏，從河南境內的野王一直打到陝西境內的枸邑，曆經大小數十戰，先後擊敗楊寶、樊參、王匡、公乘歙等部隊數十萬人，奪取了河東、河西的廣大地區，進逼隴右。
鄧禹與赤眉軍隔著黃河同樣西進千餘裏，但結果卻大不一樣。赤眉軍是純粹的流動作戰，打到哪裏搶到哪裏，屬於撈一把就走。而鄧禹所到之處，撫慰百姓，更換各縣官吏，整訓兵馬，很短的時間裏就在這些地區建立起忠於劉秀的地方政權。
西征的一年時間裏，鄧禹充分展現了自己卓越的軍事、政治才華，把漢軍的勢力範圍向西擴大了一倍。現在劉秀的拳頭已經伸到了關中的側後，不僅切斷了赤眉軍西去之路，而且隨時可以向赤眉軍側後發起攻擊。鄧禹的出色表現讓劉秀也欣喜不已，數次下詔對鄧禹進行嘉獎。
鄧禹率軍在上郡屯兵休整，靜觀關中形勢的變化。但這時候有個人坐不住了，這個人就是他的老大，以沉穩淡定出名的劉秀。淡定的人一旦不淡定那就會奔放得嚇死人，劉秀連下數道詔書，命令鄧禹立即發兵攻打長安，急不可待的神情躍然紙上。劉秀甚至說：“你鄧司徒就是堯，赤眉流賊就是桀。現在長安的官吏百姓，驚慌惶恐，無所歸依，你應該掌握時機進軍討伐赤眉軍，安撫西京，維係百姓的人心。”
這時候鄧禹又一次表現出他的固執，他並沒有盲目服從劉秀的命令，而是上書堅持自己的想法：暫時修養生息，靜觀關中之變。
這是鄧禹第一次和劉秀在戰略問題上發生重大分歧。
作為方麵軍統帥，鄧禹考慮得更多的是敵我雙方的實力對比，堅持不打無把握之仗。他要對自己手下數十萬人馬負責，要對剛剛辛苦建立起來的尚不穩固的廣大地方政權負責。而作為政治家，劉秀考慮得更多的是政治影響力。他急於把自己的影響擴大到全國的政治中心長安，並以此為樞紐，號令天下。登上皇位的劉秀已經開始在用皇帝的思維來思考問題了。
站在不同的角度看問題，當然會得出不同的答案，很難說誰才是絕對正確的。可貴的是，劉秀並沒有因為鄧禹的抗命對這位正站在軍事生涯巔峰的大司徒產生猜忌。他雖然無比關注鄧禹的動態，無比渴望早日占領漢王朝的故都長安，但同時他也給了鄧禹最大限度的自主權。
鄧禹在繼續休養生息的同時，開始緊鑼密鼓地為進攻長安作準備。畢竟這是老大的要求，當然能在條件允許的情況下越快越好。鄧禹分派軍隊，加緊進攻上郡各縣，鞏固後方。同時親自到各部前線督運糧草、軍械。守枸邑的任務交給了手下大將馮愔、宗歆。
這時候鄧禹犯了一個錯誤，在馮愔和宗歆這兩人之間他沒有明確到底是誰全麵負責枸邑的工作。於是馮愔、宗歆誰也不服誰，由漠視變成敵視，由敵視變成了仇視，最後文鬥上升為武鬥，馮愔幹脆殺了宗歆。當小宇宙爆發之後冷靜下來的馮愔發覺自己已經闖了大禍，擅殺同僚，這放哪裏都是死罪。於是馮愔在驚恐中小宇宙再次爆發，他沒有選擇自首也沒有選擇跑路，他選擇了最愚蠢的方法——造反。