清政府在處理教案的過程中，起初因為教案與地方官員均有牽連，對外交涉時頗為躊躇，但在外國侵略勢力的外交壓力和武力恫嚇下，又妥協讓步，對群眾采取鎮壓政策。天津教案以後，開始從民怨和外患兩方麵感到教案問題的嚴重性。1871年，總理衙門曾向駐京外使遞交《傳教章程》，企圖對各國傳教士稍加約製，遭到各國反對。1892年李鴻章亦擬一類似的“教堂禁約”，但隨著列強對中國的掠奪已形成瓜分之勢，清政府自顧不暇，因而無法付諸實施。以後，對教會和列強的要求更多委曲求全，凡遇案發，必貶革當事官吏，屠殺反教群眾，賠償外國教會，以犧牲國家主權和尊嚴換取“中外相安”。1898年後頒布了一係列保護教會的規定，承認外國教職人員與中國地方官員地位對等。清政府的如此立場，不僅沒有使民教矛盾得到緩和，反而使之愈演愈烈。
總理各國事務衙門
晚清主管外交事務、派出駐外國使節，並兼管通商、海防、關稅、路礦、郵電、軍工、同文館、派遣留學生等事務的中央機構。初稱總理各國通商事務衙門，簡稱總理衙門、總署或譯署。1860年(鹹豐十年)清政府與英、法等國簽訂《北京條約》後，對外交涉事務增多。次年1月，恭親王奕沂、大學士桂良、戶部左侍郎文祥奏請為“通商夷務全局”，在京師設立總理各國事務衙門，接管以往禮部和理藩院所執掌的對外事務。旋經鹹豐帝正式批準，該機構於1862年3月(同治元年二月)成立。
總理衙門由王大臣或軍機大臣兼領，並仿軍機處體例，設大臣、章京兩級職官。有總理大臣(特簡，或由軍機大臣兼任，無定額)、總理大臣上行走(特簡)、總理大臣上學習行走、辦事大臣。初設時，奕訢、桂良、文祥三人為大臣，此後人數略有增加，從七八人至十多人不等，其中奕訢任職時間長達28年之久。大臣下設總辦章京(滿漢各兩人)、幫辦章京(滿漢各一人)、章京(滿漢各十人)、額外章京(滿漢各八人)。以下設司員、供事等若幹人，幫助辦理文案。
總理衙門的編製設置分：英國股(主辦與英國、奧地利交涉事務，兼辦與各國通商及各關稅務等事)、法國股(主辦與法國、荷蘭、西班牙、巴西交涉事務，兼辦管理保護民教及招工等事)、俄國股(主辦與俄國、日本交涉事務，兼辦陸路通商、邊防疆界、外交禮儀、本衙門官員的考試任免、經費開支等事)、美國股(主辦與美國、德國、秘魯、意大利、瑞典、挪威、比利時、丹麥、葡萄牙交涉事務，兼管設埔保工等事)、海防股(主辦南北洋海防，包括長江水師、北洋海軍、沿海炮台、船廠以及購置輪船、槍械、製造機器和置辦電線、鐵路、礦務等事務。中日甲午戰爭後改名日本股)、司務廳(主管收發文件、呈遞折件等秘書性質的事務工作)、清檔案(主管繕寫文件及保管檔案等工作)、電報處(主管翻譯電報等工作)、銀庫。此外，直屬總理衙門的機構還有同文館和海關總稅務司署。
清政府設立總理衙門時，又在其下設三口通商大臣，駐天津，管理天津、牛莊(後改營口)、登州(後改煙台)三口與外通商事務。1870年改為北洋通商大臣，管理直隸(約今河北)、山東、奉天三省對外通商、交涉事務，兼辦海防和其他洋務。另外，1844年(道光二十四年)設立的五口通商大臣(曾駐廣州、上海，管理廣州、廈門、福州、寧波、上海五口對外通商、交涉事務)，1861年也列於總理衙門之下，並逐漸擴大職權，增管東南沿海及長江沿岸各口岸，兼辦海防和其他洋務，實際成為南洋通商大臣。但是，北洋通商大臣、南洋通商大臣與總理衙門在業務上的關係是平行的，隻是在遇到疑難問題時，可與總理衙門谘商，由總理衙門備顧問和代奏朝廷。
1900年(光緒二十六年)北京被八國聯軍攻占，次年清政府與列強簽訂《辛醜條約》，並依約將總理衙門改為外務部，列為六部之首，分設四司(和會司、考工司、算司、庶務司)、一廳(司務廳)、五處(俄國處、德國處、法國處、英國處、日本處)。