明天啟元年（1621），努爾哈赤遂將都城定在這裏。大妃也同諸福晉一起，在眾貝勒的迎接下來到遼陽。不久，後金又在遼陽舊城以東8裏的太子河畔興建遼陽京城的宮殿、城池、壇廟、衙署，是為東京。它已經是粗具規模，比較正規的宮殿了。
4年後，努爾哈赤認為沈陽是“形勝之地”，決定遷都沈陽。努爾哈赤遷都後，沈陽被稱為盛京。天命十年（1625）開始改建沈陽城，興修沈陽宮殿。大政殿和十王亭是沈陽宮殿的主體建築，也是當時努爾哈赤進行統治的權力中心。大殿坐北朝南，宏偉壯麗，金碧輝煌。整個結構既具有漢族傳統的建築形式，又具有少數民族的建築特點和喇嘛教色彩。大殿與十王亭合成一組完整的建築群。這裏是汗與八和碩貝勒等議政的地方。另有崇政殿（篤恭殿），鳳凰樓、德寧宮等，是進行政治活動和後妃居住的地方。
阿巴亥跟從努爾哈赤的20多年，正是努爾哈赤勢力發展興盛的關鍵時期。她跟隨努爾哈赤從費阿拉到赫圖阿拉，又到界凡，她看著努爾哈赤滅輝發，並烏拉，創八旗，征服東海女真，降服薩哈連部；她看著努爾哈赤在赫圖阿拉創立“後金”政權，稱大汗。
她跟隨努爾哈赤從費阿拉到沈陽城，宮殿一天天宏偉豪華，地盤一天天擴大，後金政權一天天強盛起來。努爾哈赤為強化和擴大汗權，不惜囚弟殺子，骨肉相殘，他的弟弟舒爾哈赤和長子褚英就死在他的手上。長子褚英被囚死後，圍繞後金“建儲”問題的明爭暗鬥更為激烈了。當時雖有四大貝勒，各掌重兵，但鬥爭主要在大貝勒代善和四貝勒皇太極之間展開。在削平諸部、奪取遼沈一係列戰爭中，他們跟隨父汗東征西討，立下赫赫戰功。兩人相比，以序齒論，褚英死後，代善居長，皇太極為弟；以武力論，代善獨擁二旗，為皇太極所不及。且代善待人寬厚，深得眾人之心，皇太極則威嚴色厲，為人畏憚。努爾哈赤高興時曾對嬪妃們說過：“俟我百年之後，我的諸幼子和犬福晉就要交給大阿哥（即大貝勒代善）收養。”這就暗示出他日後要將大位傳給代善。所有這一切，皇太極看在眼裏，妒在心上，他不甘心汗位被別人占去，他要千方百計與代善爭個高低。
爭奪汗位的另一個潛在威脅，就是大妃阿巴亥的兒子們。阿巴亥是努爾哈赤晚年最寵愛的大妃，阿巴亥的3個兒子，努爾哈赤自然特別喜愛了。尤其是多爾袞和多鐸，長得最像他們的父親，當時多爾袞雖然隻有十幾歲，多次跟隨父汗出征，表現出非凡的勇敢和才智。努爾哈赤更視之為將門虎子。在皇太極看來無疑是他爭奪汗位的一個潛在的威脅，他要千方百計地打擊他們。
天命五年（1620）三月的一天。小福晉德因澤向努爾哈赤告發大福晉不守宮規，並和大貝勒有曖昧之情。努爾哈赤立即派人調查。結果竟是告發屬實，便借口阿巴亥竊藏皇帛，取消其大福晉資格。此後，小福晉德因澤因有功，取代了阿巴亥在餐桌上的位置。
德因澤的告訐是皇太極精心策劃的陰謀，利用代善與大妃的隱私，施一箭雙雕之計，大妃被廢，多爾袞失去努爾哈赤的信任，為他以後奪取汗位邁出重要的一步。努爾哈赤一年後，阿巴亥又被複立為大妃。努爾哈赤還將多爾袞、多鐸封為貝勒，分別領有正白、鑲白二旗。
努爾哈赤天命十一年（1626）正月，在寧遠城下被袁崇煥打得慘敗，自己被火炮擊成重傷，眾將士哭號著用紅布將他包裹著抬下陣來。此後他心情十分沮喪，自起兵以來，44年的戎馬生涯，鐵騎橫掃了幾乎整個東北，竟敗在乳臭未幹的袁崇煥的手中，敗在一座孤零零的寧遠城下。半年以來他終日陷入焦躁、痛苦之中。因而肝鬱不舒，積憤成疾。他刨傷未愈，昪疽突發，於七月二十三日到清河湯泉休養，但直到八月，治療毫無起色，病勢危重，堡乘船順太子河而下，準備返回沈陽。途中，他自己感覺不行了，便派人召大妃來迎。大妃在距離沈陽四十裏的昪雞堡迎見努爾哈赤，68歲的努爾哈赤八月十一日去逝。
努爾哈赤死後，阿巴亥悲痛欲絕。她與群臣一起抬著努爾哈赤的靈柩返回沈陽宮中。努爾哈赤屍骨未寒，爭奪汗位繼嗣的鬥爭卻已達到白熱化程度。