半路上，她突然接到李鴻章病死的消息，十分悲痛。李鴻章死前又向她推薦了袁世凱為直隸總督兼北洋大臣。光緒二十七年（1901）十一月，慈禧一行回到北京，結束了西逃生活。
慈禧西逃回到北京後，仍將光緒皇帝囚禁在瀛台，大權獨攬。參照“西法”，整頓一切政事。更加順從帝國主義的驅使和控製，使清朝政府進一步買辦化。帝國主義加緊了對中國的經濟掠奪，中國的民族危機進一步加重。反帝反封建的革命鬥爭也進入了一個新高潮，孫中山先生領導的資本階級民主革命開始興起。為抵製日益民展的革命運動，挽救自己的統治地位，慈禧光緒三十二年（1906），開始玩弄“預備立憲”的騙局，實行了一些不倫不類、欺世盜名的改良政策。但是，一場大的革命運動勢不可擋。
在她生命將近終結之時，沒忘記利用權力及時行樂。光緒二十九年（1903），慈禧心血來潮，提出乘火車去謁祭東西祖陵，當時沒有從北京城通往東西陵的鐵路，為了滿足慈禧的要求，隻得立即搶修，結果單是鐵路鋪修到東陵，就花了153萬多兩白銀。她過73歲生日時，僅袁世凱就送她兩套玄狐裘袍褂，一枝旗妝大梁頭橫簪，兩枝伽楠香木中鑲寶石珠風，還有一枝一人高的大珊瑚。盛宣懷則送了一批宋、元、明三朝1000兩黃金，打造了9柄金光閃閃的大如意。
她請美國女畫家卡爾進宮為她畫像，還經常賭博、玩狗……她的脾氣喜怒無常。有一次，一個太監陪她下棋，說了句“奴才殺老祖宗這匹馬。”她立刻大怒道：“我殺你一家子！”叫人把這個太監拉出去，活活打死。
慈禧直到生命的最後一刻，也沒有放棄權力。光緒皇帝死後，她立即醇親王載豐的兒子溥儀為皇帝，定年號方“宣統”。當時溥儀年僅3歲，自然什麼事也不懂，因此慈禧又一次發布懿旨：“小皇帝年紀還小，應當專心學習；所有軍國政事，都按我的：訓令施行。”第二天，74歲的葉赫那拉氏慈禧光緒三十四年（1908）十月三十三日，便死在了中海儀鸞殿。
慈禧的死，與傀儡皇帝光緒之死隻一天之隔，兩人之死便成為曆史上一大公案。一個時期以來，認為慈禧毒死了光緒皇帝的說法頗為流行，演義小說也多敷衍此說。不過是猜測。據記載，光緒早在死前五六天就臥床不起，進入彌留狀態。慈禧沒再采取措施。慈禧的病是慢性的，隻是腹瀉和胃燥，並無必死之兆，她不會擔心會死在光緒皇帝之前。從當時禦醫的診斷用藥記錄上可看得清楚。
慈禧死後，清政府對她實行厚葬。慈禧的棺材，木料取自雲南深山老林，運費耗銀數10萬兩。棺材用100匹高麗布纏裹襯墊，油漆達49次之多，抬棺的扛夫分十幾班，每班128人。出殯那天，送葬隊伍十幾裏，所過之處、凡有礙的建築物，無論大小，一律拆除。從北京城到東陵，走了7天。從慈禧死時，到埋入地宮，折騰了近一年時間，耗白銀達120多萬兩。
豐富珍貴，是世界是任何帝王都難以比擬的。葉赫那拉氏（慈禧）由微號加諡號統稱“孝欽慈禧端佑康頤照豫莊城壽恭欽獻崇熙配天光聖皇後。”
1928年，國民革命軍第十二軍（孫殿英部）借搞軍事演習和清剿土匪之名，把隊伍拉進東陵，炸開慈禧的地宮，毀壞了慈禧的屍體，盜走了珍寶。墳墓被破壞。
阿魯特氏——穆載重宗淳皇後
阿魯特氏，生於鹹豐四年（1854），是戶部尚崇綺之女。清朝的曆代皇帝為了籠絡漢族知識分子，凡狀元、榜眼、探花這3個光宗耀祖的頭銜，一向為漢人所得。這是順治皇帝傳下來的慣例，各朝皇帝心領神會，滿朝文武也都心照不宣。
同治四年（1865）的殿試，打破了這個慣例，這就是旗人崇綺破天荒地奪了一甲一名的狀元。阿魯特—崇綺，原為蒙古正藍旗人，少年時家道中落。關起門來讀聖賢書。同治四年四月二十一日，小皇帝載淳在保和殿親試會及第的一榜新貢生265人，崇綺也在其中。殿試考官共有8人／崇綺很快就完成了試卷。當時考試，試卷都是密封的。殿試結束，讀卷大臣看到滿意的文章，就在上麵畫一個圈。8個人都認為好的卷子上就有八個圈。錄取分數線以得圈多少為序排定名次。第四天皇帝在養心殿“親覽”。同治皇帝那時才10歲，免不了是兩宮皇太後做主，好在每本卷子上都畫著圈，兩宮拭於太後忽然發現，第一本竟是旗人崇綺，感到事情不好辦，於是讓以協辦大學士瑞常為首的讀卷大臣和軍機大臣們把卷拿下去商量。這些人商議的結果是：“隻論文字，何分旗漢”。兩宮皇太後也就鈐印欽定了。崇綺金榜題名，躊躇滿誌。崇綺家又真的中興起來。