同治死後，沒有留下孩子。按照規矩，可以選取一個年長一些的晚輩，繼承皇位。慈禧就成了太皇太後（祖母輩），不便於再繼續聽政。於是同治帝一斷氣，慈禧立即派親信太監和士兵把守宮廷內外，然後召集親王大臣進宮舉行會議，提出繼承皇位問題。慈安提出立恭王奕的兒子載為帝，奕害怕慈禧猜疑，提出立溥倫為帝。慈禧當然不會同意，駁回了兩位提議人以後，自己得出立奕的兒子載來繼承皇位，慈禧做出這種安排，不能理政，慈禧至少可以再控製十幾年政權；載不僅是鹹豐皇帝的親侄子，還是慈禧的親外甥，便於控製。
同治十三年（1875）十二月底，載繼承皇位，改元光緒。不到兩天，同治八年，慈禧的寵信太監安德海在得到慈禧許可後，離開紫禁城，到地方上招搖勒索，被山東巡撫丁寶楨抓獲。事等慈禧得知，為時已晚。慈禧和慈安之間的矛盾進一步加劇。據說，鹹豐帝死前，提心懿貴妃母以子貴做了太後，會恃尊跋扈，到那時皇後必不是她的對手，因此特意留下一道遺詔，在萬不得已的時候，可以拿出來命大臣除掉他。
慈安死後，慈禧還有一個心腹大患，就是恭親王奕沂。慈禧和奕沂，在發動政變時配合得還不錯，隻不進是互相利用而已。政變成功後，奕沂以功臣的身份集宮內外大權，軍機處裏的人對他很恭維；洋人對他很賞識，有時做事竟不再把慈禧放在眼裏。光緒十年（1884），法國人侵越南，把中國在越南的軍隊趕了出來，並把戰火燒到中越邊界。慈禧抓住時機，以奕辦事循舊，固執己見為由，徹底罷免了他，並且改組軍機處。慈禧的統治地位大為鞏固。
奕罷免後，慈禧起用醇親王載豐，王載豐是光緒皇帝的生父。鑒於這種身份，有大臣提出他不宜參與軍要處事務。醇親王載豐本人也再三推辭。慈禧決計讓他取代奕，主持軍機處事務。慈禧這樣做，因為醇親王載豐是自己的親妹夫，他膽小怕事，很好控製。
光緒十年（1884），中法戰爭爆發。在慈禧把持政權中發生的第一場大的對外戰爭。為避免戰爭危及到自己的統治地位，她授權李鴻章與法國侵略者談判，並乞求美英政府出在“調停”，希望大事化小，苟安於目前。慈禧不顧法軍的一再猖狂挑釁，嚴令沿海守軍“靜以待之”。從而助長了侵略者的氣焰，加快了他們發動戰爭的步伐。宣戰以後，廣大軍民同仇愾，逐漸掌握了戰爭的主動權。光緒十一年。取得了震驚中外的鎮南關大捷，法國侵略軍一敗塗地，法；國茹費理內閣倒台。就在這個時候，慈禧下令停戰、撤兵，愛國官兵非常氣憤。以慈禧為首的清政府卻宣揚什麼“見好就收”。與侵略者簽訂了不平等條約，連法國政府都感到意外。
在中法戰爭激烈進行的同時，慈禧大興土木，花費63萬兩白銀為她五十大壽，修繕儲秀宮。
光緒十一年（1885），光緒皇帝載十五歲了，慈禧到了結束聽政的時候。她應把政權交還給光緒皇帝。這時，一些王公大臣奏請她再訓政幾年。慈禧非常痛快地答應。
19歲的光緒皇帝，光緒十五年（1889）已經完婚。在歸政之前，她提出給自己建造一個好的“怡養之處”。便開始了大規模地修建三海（即南海、中海、北海）的工程。當時，內憂外困，清政府財政相當緊張。光緒十二年“順宣”（今河北、遼寧一帶）境內發生多次大的火災，饑民紛紛來京城討飯。光緒十三年，“直隸”（今河北一帶）先是大早，繼而黃河決口，物價飛漲，奸商橫行。慈禧隻管隨心所欲地追求豪華奢侈的生活。
修建三海，首先涉及到中海西麵的蠶池口天主教堂（又稱北堂）搬遷。教堂屬於三海工程的範圍，地勢很好，登高一望，可以對皇宮禁苑一覽無遺。慈禧對這塊地方非常欣賞。經辦的大臣為滿足慈禧享樂的欲望，又不得罪洋人，竟從海軍衙門經費中開支白銀30餘萬兩，將這塊地方從傳教士們手中“買回”，還送給傳教士們一個更寬敞的傳教場所，並給他們個個加官晉爵。
修建三海工程所耗的人力、物力、財力、更是驚人。貴重的紫檀楠木及細軟擺設等，都是派人專程從天津、上海、廣州等地采辦的，有些成套的硬木桌椅，不惜重金從香港或東南亞采辦而來。由於工程浩敏，期緊迫，清延指派醇親王親自負責，為工程監督、監修的官吏大員多達100餘人。僅是工程所需木工就召雇了1萬多人。慈禧對工程要求極為苛刻，指令各殿閣內外的油飾、糊飾，一律要“見新”，要完全按照她的意誌設置，不許擅自更動。她一天兩次派寵信太監李蓮英去工地相看、督促。這項工程計花掉白銀2000餘萬兩。