三海工程結束後，慈禧便搬進去，開始了她的所謂“歸政怡養”的生活。慈禧歸政後，恣意享樂、聽戲、作畫、玩賞珍品，讓人修了一條從中海僅鸞殿到北海鏡清齋的小鐵路，從法國進口了一輛豪華的小火車，供自己享用。她不願意聽到機車的聲響，便摘掉機車，改由太監拉著走；她始終牢牢地掌握著國家大事的裁定權，重要事情都要親自聽取大臣奏議，重要奏章和谘文都要親自閱定，即使不在養心殿上，光緒皇帝的一舉一動都在她的嚴密監視之下。
光緒二十年（1894）十月初十日，是慈禧的60大壽。這次壽典；她超過曆代皇後，曆代皇帝。為搞好慶典，早在兩年以前就開始著手籌備。光緒十八年，皇帝發下諭旨，慈禧壽典是舉國盛事，應備儀式典禮，專派大臣敬謹辦理，成立慶典處，抽調眾多親王、大臣專門負責辦理慶典事宜。
為滿足自己窮奢極欲的需求，慈禧公開向京內外的官吏們索取。王公大臣誰也不放過這個討好機會，絞盡腦汁，多方搜劫，向她進貢各種珍品和錢財。慈禧慶壽之年，日本軍閥借口“東學黨事件”（朝鮮的一次民家起義），出兵朝鮮，並襲擊中國在朝鮮的軍隊，接著又挑起了對中國海軍的“黃海大東溝海戰”。在這戰火紛飛、國政民亡的危機關頭，慈禧、李鴻章之流竟以慶典為重、國事為輕，對日本侵力量者一再忍讓，乞求美英等國從中“調停”。就在光緒二十年十月，慈禧“六旬慶典”進入高潮時，日本攻占了大連，大肆殺燒搶掠，生靈塗炭、血流成河、國土滄桑，升殿受賀、大宴群臣、賞戲3天。慈禧的投降賣國路線導致了中日甲午戰爭的失敗；簽訂了喪權辱國的《馬關條約》，承認日本對朝鮮的控製，割讓遼東半島、台灣和澎湖列島，賠償日本軍費2億兩等，把中國進一步推向封建、半殖民地的深淵，加重了中國人民的苦難。
在全國一片憤怒譴責聲中，台灣人民發出檄文，聲言要殺死李鴻章、孫毓汶、徐用儀等賣國賊，慈禧感到眾怒難犯，不得不免去李鴻章直隸總督、北洋大臣之職，僅留大學士虛銜。孫、徐先後退出軍機處。慈禧把失地賠款的責任推給光緒皇帝。
中日甲午戰爭以後，隨著民族危機空前嚴重和民族資本主義的初步民展，以康有為等人為代表，舉起“變法”、“維新”的旗幟，向封建專製製度提出挑戰／麵對這種局勢，光緒帝希望利用改良派這股力量對付後黨，將慈禧手裏的大權奪過來，使自己和國家的處境都得到改善。交緒二十四年（1898）六月十一日，光緒帝發表詔書，正式表示變法的決心；他任用了康有為、梁啟超、譚嗣同等人，一連發布了幾十道改革的命令，決定修鐵路、采礦產、辦實業、開銀行、改革官製、興辦新式學堂等。這些法令就是有名的“戊戌變法”。
對於光緒皇帝的這些舉動和變法維新者的一係列活動，守舊大臣們紛紛向慈禧反映，希望她盡快出麵阻止。善於搞陰謀詭計；而又陰險毒辣的慈禧，表麵上不動聲色，等光緒皇帝推行新政到了最熱烈的時候，她突然打出自己的“三張牌”：迫使光緒皇帝下令免去他的老師維新派甕同的職務，並逐回原籍；下令凡授任新職的二品以上大臣，都必須到她麵前謝恩，從而控製了用人權：任命她的親信榮祿為直隸總督，並且加文淵閣大學士，統率董福祥、聶士成、袁世凱的北洋三軍，從而掌握了軍事權。她又設下一個更狠毒的圈套：讓光緒皇帝陪著她到天津去閱兵，她企圖利用閱兵機會，由榮祿舉行兵變，迫使光緒皇帝退位，另立一個新皇帝。
光緒帝得知慈禧的政變陰謀，密令維新派設法營救。維新派人把希望寄托在統轄新軍的直隸按察使袁世凱，維新派對他抱有幻想，建議光緒帝加以籠絡。光緒帝召見了他，破格升他為兵部侍郎，專司練兵事務。譚嗣同還特地到他寓所，說出了維派計劃：在慈禧和光緒帝閱兵時，實行兵諫，誅殺榮祿，軟禁慈禧，擁戴光緒帝。很快袁世凱便趕到天津向榮祿告了密。榮祿慌忙進京，密報了慈禧。慈禧聞後連夜率人從頤和園回到紫禁城，直拉闖入光緒皇帝寢宮，破口大罵光緒。然後，把親信大臣召集來，把家法放到光緒皇帝麵前，慈禧下令把光緒皇帝囚禁在瀛台（中南海裏的一個小島），交盜以光緒皇帝的名義發布上諭，說他身體不好，再三懇請慈禧太後“訓政”。慈禧又把持了朝廷大權，開始了她一生中的第三次“垂空聽政”。