慈禧命令搜捕和屠殺參與變法維新的人。除殺害了譚嗣同、楊銳等變法維新的骨幹外，其他凡是參與變法維新或有此傾向的人，或罷官或放逐或下獄，鎮壓了變法維新運動後，慈禧與帝國主義列強的矛盾日益激化。慈禧要對參與變法維新的骨幹分子聽盡殺絕，但一些重要的維新人物卻在帝國主義國家的掩護下逃走了；康有為在英國人的掩護下逃到了香港，梁啟超也在日本人的掩護下逃往日本。這對於唯我獨尊、為所欲為的慈禧來說，實在是不能容忍。
慈禧囚禁了光緒皇帝，可對外界卻宣布光緒後勤部病得很重。各國公使不相信，要求派法國醫生進宮控病，慈禧堅決不允許，在各國公使的極力強求下，才答應把法國醫生召進宮來，去給光緒皇帝看病。沒想到，這位醫生看完病以後對人們說：“皇帝血脈正常，根本沒有什麼病。”對此，慈禧很是惱火。
慈禧對光緒皇帝反對自己支持變法一直耿耿於懷，她要廢掉光緒皇帝，另立一個聽話的皇帝。不久，她選中了端郡王載漪的兒子溥俏，立為大阿哥（即皇儲），準備繼承皇位。她這種做法竟遭到了中外許多人的反對。慈禧派人去說服各國駐京公使，讓他們前來祝賀。但各國公使都不為捧這個場，使慈禧非常下不來台。
這時，中國大地上鬧起了反帝滅洋的義和團運動。就連天津、北京也處處設“拳場”。反映了人民群眾對帝國主義的極端憤恨。帝國主義列強要求慈禧對義和團予以鎮壓，並以保護使館為名直接出兵。從渤海灣登陸，向津京進犯。在這時候，有一個謠言傳入慈禧的耳朵，那就是洋人發出最後通牒，要求她把政權交給光緒皇帝。慈禧大怒，決定向美、英、法等八個國家宣戰。慈禧光緒二十六年（1900）六月召開禦前會議，正式向八國聯軍宣戰。
知宣戰幾天後，慈禧竟派榮祿前往各國使館慰問，表示願意馬上停戰議和。榮祿親自領兵來到北禦河橋，在一塊木牌上寫著“欽差大臣榮祿，奉慈禧太後的命令，前來盡力保護使館”。在戰爭進行最激烈的時候，慈禧派奕勖去慰問各國公使，送去瓜果、蔬菜、米麵，放到使館聚集的東交民巷街口，任由洋人自行拿用。在這種情況下，盡管義和團英勇戰鬥，不怕犧牲，也難以扭轉局勢，八國聯軍很快逼近了北京城。
慈禧扮成民婦模樣，光緒二十六年（1900），攜帶光緒皇帝和大阿哥，在部分大臣和太監的簇擁下，狼狽西逃。臨行前，珍妃出麵請求皇上不必西去，應該留下來處理和各國講和的事情。慈禧平日最不喜歡珍妃，此時見她又反對自己，竟命令太監將珍妃推入井中淹死。
慈禧這個不可一世的女人在西逃過程中，吃盡了苦頭。她便又威風起來。逃到西安後，慈禧把巡撫衙門作為行宮，又過起了紙醉金迷的生活。單是每頓飯選菜譜就有100多種，雞鴨魚肉、燕窩海參、應有盡有，每天都要用200多兩銀子。
慈禧早在西逃路上就派李鴻章充當全權大臣，與八國聯軍談判求和。並用光帝名義發布上諭，賴掉她“宣戰”的責任，並把她利用過的義和協和與主戰派大臣作為替罪羊，斬殺了主“撫”的剛毅、徐桐等人，以此討好洋人：一再催促李鴻章、奕勖等與侵略者講和。
八國聯軍明知宣戰責任在慈禧，不再追究。清朝軍隊與八國聯軍勾結起來，扼殺了義和團運動。外國侵略者光緒二十六年（1900）底，提出“議和在綱”12條，慈禧連忙下令：“所有12條大綱，應即照允。”於第二年九月簽訂了《辛醜條約》。條約規定：中困賠償各國軍費白銀4.5億兩，分39年還清，連本帶息共計9.28億兩，以海關稅、鹽稅等作抵押：允許各國在京，津和山海關駐兵；清政府保證禁止國內人懈反對帝國主義的活動。驚人的世額賠款加速了人民的貧困和社會經濟的凋敝。苛捐雜稅又一批一批地壓在了人民頭上。而“使館區”的設立，炮台的平毀以腳北京至山海關一帶駐紮外國軍隊，則嚴重破壞了中國主權。清政府還義務地替侵略者鎮壓中國人民的反抗。清政府已完全變成了帝國主義豢養的一條走狗，為保住自己的地位，在光緒二十七年（1901）八月，西安城張燈結彩，鑼鼓喧天，慈禧一行3000多輛馬車，滿載著金銀、古董，浩浩蕩蕩起駕回京。一路上竟以黃沙鋪路，大肆搜刮，大肆揮霍，窮奢極欲。