慈禧太後看到光緒帝中意的是德馨的女兒，如果入選妃嬪，必會有奪寵之憂，匆匆地命公主把兩對荷包授給站在最後的長敘的兩女兒。光緒十四年十月初五日（1888年11月18日），慈禧太後下懿旨宣布光緒帝的後、妃一並選定。光緒十五年正月（1889年2月），光緒帝舉行大婚禮，正式冊封葉赫那拉氏為皇後。
葉赫那拉氏與光緒婚後，光緒對她感情上的疏遠。而珍妃年輕活潑。在光緒帝料理政務當中，給予大力協助，光緒帝寵愛她。光緒專寵珍妃。那拉氏因失寵，醋意大發，由嫉而恨。為了泄憤，常在慈禧麵前說珍妃的壞話。珍妃入宮之初，慈禧太後見她聰慧乖巧，有時讓她侍在身旁批覽奏章。到後來，慈禧太後得知那拉氏怒於珍妃姐妹。
光緒二十一年（18985）適值慈禧太後60大壽，福洲將軍出缺，那拉氏皇後欲將此職位給她的舅舅，因珍妃頗得光緒帝寵愛，便求珍妃請於光緒帝，珍妃卻謝給。葉赫那拉氏認為珍妃恃寵而驕，竟敢違抗皇後的意誌，氣衝衝地跑到慈禧那裏告珍妃欺壓皇後。聽說敢欺壓皇後的竟是平日嫉恨的珍妃，便說要給皇後出氣。
有一天慈禧突然傳令同豫軒侍奉珍妃的宮女、太監等到儀鑾，詢問珍妃平日的起居情況。宮女太監驚恐萬狀，跪伏在地上，說“珍主子從來沒出過大差錯。”慈禧聽後懷疑宮女太監護著珍妃不說實話，喊過掌刑太監：“給我打！”太監被打得皮開肉綻，仍和前麵說的完全一樣。這時珍妃正好趕到儀鑾殿，她被眼前的情景弄懵了，還未開口，慈禧把一腔怒氣轉向她，讓太監掌嘴，命她說實話。珍妃一向被皇帝寵幸，如今當眾受辱，痛不欲生，仍不向太後低頭。慈禧更加惱怒，下令奪其妃號降為貴人，宮女太監減逐大半。
下麵這兩個例子，便清楚地看出光緒、慈禧、那拉氏三方麵是如何鬥心勁兒的了。
慈禧太後有一天到景仁宮去，行至流水觀音地方，見撐船太監未穿宮袍，勃然大怒，認為這是對她不尊敬，下令杖打，當時宮杖未到，便下令讓人拿轎竽打，直條得太監皮開肉綻。
慈禧到了景仁宮，橫眼立目，皇後和珍、瑾二妃都被慈禧的威風嚇昏了過去，慈禧連忙去告訴光緒帝，光緒聽後，說：“死就死了，此後永不立後。”光緒帝又一次發怒，把皇後的發簪拔下摔碎，那簪子乾隆時的遺物，皇後向慈禧訴苦，慈禧表情沉鬱，沒有多說話，隻是叫她以後注意點兒。這件事後，皇後與光緒帝分居。
戊戌政變後，光緒被囚在瀛台，身同囚犯，不準皇後、妃、嬪隨便接觸，準許皇後每月初一、十五兩到瀛台看望。覲見時，有多名太監在旁邊監視，葉赫妹子拉氏和光緒素無感情，隻是三言兩語問安後便退出，有時光緒帝一言不發，以目送之。
那拉氏在孤寂的宮廷生活中，開始找些事來填補空虛，她學會了養蠶。每天觀察蠶的生長，吐絲做繭，見蠶變成蛾飛出，感慨萬分。絲成後，她還拿到慈禧太後那進裏去鑒賞，慈禧也取出年幼時所製的絲來與皇後的新絲比較，兩者同樣的精美。光緒二十六年七月（1900年8月），八國聯軍攻入北京，那拉氏隨慈禧太後、光緒帝逃奔西安。次年回京後，仍然默默無聞地過著孤寂的生活。
光緒三十四年（1908）光緒皇帝和慈禧太後先後去世。慈禧太後生前指定那拉氏皇帝為太後來下稱隆裕太後，葉赫那拉氏以剛繼位一天的小皇帝名義發布諭旨：“嗣後軍國政事，均由攝政王裁定，遇有重大事件，必須取皇太後懿旨者，由攝政王麵請施行。”葉赫那拉氏從此攝取了清朝大權。