楊漣、周朝瑞、左光鬥等人就這樣被莫名其妙地下獄，直到第一次過堂後，才知道被誣受贓。左光鬥與楊漣等人商量，決定先招供，然後在移送法司後再翻供。
於是在第二次過堂就都承認了。沒想到承認後沒有被移交法司議罪，反而是更加殘酷地拷打，逼著吐出贓銀。
這些東林官僚平時都是極清廉的，哪有幾萬兩現銀，於是更是打得殘酷，三日一堂、五日一堂，壓杠子、夾腦袋、帶枷鎖鐐、烙、刺、夾、棍一齊上，舊創未複，又加新傷，幾個大臣的家人在京城東奔西走，籌措銀兩贖人，但京城是魏家的天下，誰敢借給他們銀兩。楊漣等人無醫無食，屢受重刑，很快就瀕於死亡邊緣。第一個死去的是楊漣，抬屍的人發現楊漣體無完膚，麵部被打的血肉模糊，爬滿了蛆蟲。屍體上有一個土袋子壓著，兩個耳朵都釘進了鐵釘。第二個死去的是魏大中，大中家徒四壁，異常貧寒，死後六七天不讓抬出，結果屍體腐爛。左光鬥死後，其兩腿已被打斷，僅有一筋相連，肌肉已爛掉，隻剩下白骨。蛆蟲滿身，麵目不能分辨。顧大章也是血肉模糊、慘不忍睹。
魏忠賢把持的東廠成為最恐怖的特務機關，東廠番役到處橫行，京城內外人們對東廠畏之如虎，一次，兩個人在酒館喝酒。其中一個喝醉了，大罵魏忠賢，另一個就怕他得禍，勸他別說。這時門外進來一個人，故意挑逗那個醉者，那醉者乘著酒勁說：“他能奈何得我？能剝了我的皮嗎？”那人冷笑一聲，亮出了東廠番役的身份，將那醉者綁去，活活剝了皮。
魏忠賢在宮外大肆屠殺，客氏便在宮內殘害光宗的嬪妃和朱由校的嬪妃。朱由校的裕妃張氏懷孕，過期未生，客氏就在朱由校麵前說她是妖精，將其關在一個死胡同內，不給吃、不給喝，偶爾天下大雨，張氏爬在地下喝屋簷下滴下的雨水，最終被折磨而死。馮貴人嚐勸朱由校罷內操，客氏大怒，將其賜死。朱由校所寵愛的成妃李氏曾借機會在由校麵前為馮貴人辯解，被客氏知道後矯旨革其封號，也像對張氏一般對付她，誰知李氏預先在各個牆角、壁縫間藏下食物，因此得以不死。
依靠高壓和濫殺，魏忠賢儼然成了明王朝的“皇帝”
黨羽眾多，內廷有宦官，外有文臣“五虎”、武臣“五彪”
以及“十狗”、“十孩兒”、“四十孫”等，自內閣六部以至於四方總督、封疆大吏，全是魏忠賢黨羽和客魏兩家的親屬。這些黨羽們獻媚取寵，無所不能，還為他歌功頌德，浙江巡撫潘汝幀上疏，請建魏忠賢生祠後。生祠很快在美麗的西子湖建立起來，坐落在關公與嶽飛廟之間，有一位提學副使黃汝亨從門前經過，微微歎息一聲，結果被守祠的太監當場打死，地方不敢過問。自此以後，各地生祠林立，規模也越來越大，越來越華麗。每一個生祠都請皇上命名，全是些“廣恩”，“崇德”、“仰德”、“旌功”、“德芳”、“威仁”、“嘉猷”、“隆勳”、“報功”、“感恩”、“存仁”之類的玩意。
但魏忠賢的好日子也沒有持續多長時間，身體非常強健的朱由校自公元1626年春劃船落水以後，身體便日漸虛弱，竟然一病不起了。自從生病之後，朱由校再也無法玩樂，時間長了，也就慢慢開始反思起自己來。
終於是良知有所發現，開始注意他周圍的人，對自己的張皇後也逐漸注意起來。
張皇後喜靜厭遊、通達事理、深明大義.對國事家事都有一定的看法。這就與朱由校的性格水火不容。張皇後看到客氏、魏忠賢橫行霸道，亂國亂政，心中十分氣憤。有一次，張皇後在讀《史記》，朱由校玩得滿臉是汗跑進來了，問張氏讀的是什麼。張氏說是《趙高傳》。