神宗對立朱常洛為太子的請求十分反感.因而對支持朱常洛為太子並上疏的大臣以各種罪名加以貶抑。然而，能左右萬曆的皇太後卻支持“立長”。一天，神宗去請安時，太後問為什麼不盡快冊立常洛。神宗吭哧了半天說：“他是宮女的兒子。”太後一聽勃然大怒，斥責道：
“你也是宮女的兒子！”嚇得神宗從此才不敢再公開反對立長子。但神宗還是不喜歡他這個長子，便借口皇後還有可能生出嫡子，長期不立太子。
到了公元1592年，嫡皇子還未出生，而11歲的朱常洛卻還沒有接受正規教育。大臣們還是在爭取立朱常洛為太子，但神宗沒有鬆口，於是采取迂回戰術，請求按太子預教的祖製，為朱常洛配備一套東宮官屬，教他讀書，並學習為君之道。神宗雖然反對，並尋找機會壓製那些疏請預教最為激烈的大臣，但還是在其他大臣的堅持下，隻得於次年下令舉行預教典禮，一切儀注都與東宮講學一樣。
朱常洛非常珍惜這個來之不易的機會，對父親的種種刁難，都默不作聲地忍受了。不僅這樣，他還相當注意表現自己的才華，爭取人心。大臣們也為他勤於苦讀，聰穎不凡；勤於思考，旁通大旨而不斷向神宗稱頌。神宗終於在立儲之爭中敗下陣來，於7年後將朱常洛立為太子，此後不久，朱常洛又舉行了冠婚禮，至此命運之神終於向他微笑了？
但命運似乎還在考驗他的耐心，又采取了種種方法來折磨這個未來的光宗皇帝。首先是被安排住在條件非常差的慈慶宮，並規定未奉召不得入見。神宗也不維護他作為太子的地位和尊嚴，三番五次地停止他的出閣講學，公元1605年冬，朱常洛的長子朱由校出生了，但神宗對這個天大的喜訊卻無動於衷。之後母親病逝，神宗也遲遲不賜諡母，直到大臣們催促，神宗才賜諡肅靖皇貴妃。對於這件事，朱常洛一直耿耿於懷，等他即位後，立即尊諡母親為“孝靖皇太後”，並歸葬定陵。
朱常洛很清楚，父親對自己這個太子根本就不放在心上，再加上以想讓自己兒子福王朱常洵成為太子的鄭貴妃為首的反對勢力，朱常洛的太子地位搖搖欲墜。但鄭貴妃集團的一次魯莽，竟然幫助了朱常洛，使得他的太子地位最終確立下來。這就是鄭氏集團策劃的明末“三案”中的頭一案“梃擊案”。
為了推翻朱常洛的太子地位，鄭氏集團竟然想出刺殺朱常洛的辦法來，派一個大漢，手持棗木棍棒，於公元1615年夏天的一個傍晚悄悄闖進了朱常洛居住的慈慶宮，結果被宮中的內侍抓獲。隨後便查清這是一樁謀害案，並牽扯到了鄭貴妃的兩個內侍龐保、劉成身上。
朝中大臣借此機會，指責鄭貴妃一家是此案的主謀，要求查辦。鄭貴妃給嚇壞了，隻得跑去向神宗哭訴，但此案事出有因，幹係太大，神宗也沒辦法，隻好叫她去找皇太子朱常洛，讓朱常洛為鄭貴妃開脫。鄭貴妃隻好來到慈慶宮求朱常洛，朱常洛倒也寬宏大量，立即請求父親神宗予以解決。神宗此時也真是神速，在輟朝25年之後親自出麵了斷此案，下令將凶手處死，將龐保、劉成秘密杖死，其餘有關人犯被發配邊地。
梃擊案後，朱常洛的太子位總算是徹底穩固了。神宗因他在關鍵時候幫了大忙，而開始對他另眼相待，眼看廢立不成的鄭貴妃為了將來不遭報複，則一反常態，對其加倍逢迎，經常贈以錢財、珠寶，還從她的宮女中挑選了八名最美的送給朱常洛。就此之後，朱常洛滿麵春風，竟將以往的屈辱全拋在腦後，恣意放縱，耽於享樂，酒色財氣，無所不沾。
但他用將近4年時間辛辛苦苦熬來的皇位，竟在一個月後便連同自己的身子骨交了出去，真是得不償失。
公元1620夏，明神宗終於一命歸西，39歲的朱常洛即位，是為明光宗。由於他在太子地位鞏固後，為彌補以前的損失，極力縱情酒色，有時一夜竟臨幸幾個女子，因此在登上皇位之前身體就早已空虛不堪，所以在登基大典上臉色蒼白，渾身微顫，隻能勉強支撐到儀式結束。
在短短一個月的執政時間裏，朱常洛還是幹了一些有意義的政事，在群臣的幫助下，首先是罷礦稅使，下令罷免全國境內的礦監、稅使和中使衙門裏的中官，停止任何形式的采榷活動。隨後便給邊防增加餉銀，他下令由大內銀庫調撥二百萬兩銀子，發給遼東經略熊廷弼和九邊撫按官，讓他們犒賞軍士。並撥給運費五千兩白銀，沿途支用。他還專門強調，銀子解到後，立刻派人下發，不得擅自入庫挪作他用。之後就是補官缺，將一批曾為他能當上太子和為礦稅等事上疏獲罪的大臣提拔上來，使朝中各部都滿了額數，但又因此矯枉過正，造成了前所未有的“官滿為患”。