引起免疫接種不良反應的原因十分複雜，其中有些原因已搞清楚，有些尚不清楚。有的可能是單一因素引起的，有的則是幾種因素共同作用的結果。這些因素包括：生物製品即疫苗本身的因素，如生物製品的生物學特性、必要的添加物（在生物製品的製造過程中，常需要添加一些必不可少的物質，如培養基中的某些營養物質、動物血清、動物組織、細胞殘片等）和附加物質（如防腐劑、佐劑等）；生物製品使用的因素，如接種部位不正確、注射器材消毒不嚴等；機體個體因素，某些接種對象由於健康、精神因素或處於某種特殊的病理生理狀態，例如過敏性體質、免疫功能低下、精神緊張、體質衰弱、低血糖、癲癇等。預防接種反應分為一般反應和異常反應兩種。一般反應是在免疫接種後發生的，由生物製品本身所固有的特性引起，症狀輕微，一般不需要醫療處理，主要有發熱和局部紅腫，同時可能伴有全身不適、倦怠、食欲不振、乏力等綜合症狀。異常反應是指免疫接種後發生的、與一般反應性質和臨床表現有所不同的、較為嚴重的反應，如：暈厥、無菌性膿瘍（化膿）、急性休克、過敏性皮疹、血管性水腫、局部組織壞死、變態反應性腦炎、接觸性皮炎等。其發生率雖然極低，但症狀嚴重，需要給予適當的醫療處理。
一些常用的疫苗，預防接種時可能發生的異常反應如下：脊髓灰質炎疫苗——常見反應有發熱、惡心、嘔吐；麻疹疫苗——常見反應有發熱、皮疹；
百白破疫苗——常見反應有局部紅腫、發熱、頭痛以及局部或全身蕁麻疹、休克、驚厥；乙型腦炎疫苗——局部紅暈、低熱、過敏性皮疹、紫癜、休克、高熱；流行性腦脊髓膜炎疫苗——發熱、局部紅暈、硬結、無菌性膿瘍以及頭暈、惡心、瘙癢。
在眾多的接種對象中，很少會出現免疫接種的不良反應，即使有不良現象也是輕微的。尤其是隨著現代科學的進步，生物製品製造工藝的改進，使其成分純度提高；同時對製造疫苗使用的菌、毒株的優選，生物工程的應用，使真正的免疫接種不良反應減少到了極低水平。當然疫苗接種中概率很低的不良反應，也是不容易避免，更不要因噎廢食，因為接種疫苗保護了千千萬萬的接種對象擁有健康。
哪些人不適宜接種疫苗
預防傳染病的有效、經濟及可靠的方法是接種疫苗。但是，並不是所有的人、在任何情況下都能接種疫苗的，每種疫苗都有其適宜的接種對象、接種時間、接種劑量，也有其禁忌症。哪些是暫緩接種疫苗或不要進行疫苗接種呢？（1）接種對象有免疫缺陷或正在進行免疫抑製劑治療期間，如應用腎上腺皮質激素、放射療法、抗代謝化學療法等治療期間，不能接種活疫苗。（2）有急性傳染病接觸史和處於急性傳染病恢複期的孩子不宜接種疫苗。因為孩子已與傳染病患兒有了接觸，雖然尚未發病，但有可能得病，此時打了預防針，就會與某種傳染病碰在一起，等於是同時“得了”兩種病。在急性傳染病的恢複期，孩子的身體裏正在產生該種傳染病的抗體，如果再打預防針就會幹擾抗體的產生，使抗體的量減少。（3）有慢性心髒病、腎髒病、肝病的人也不宜打預防針。有這些慢性病的人體內的蛋白質常常減少，而形成抗體的主要成分就是蛋白質中的球蛋白。因此這些人打預防針後形成的抗體少，所起到的預防作用差，同時還可能給原來的病帶來不良影響。（4）腦發育不全或有驚厥史的孩子不宜接種疫苗，因為他們打預防針時，可能引起嚴重的神經係統反應，因此不宜接種。（5）經常患蕁麻疹、喘息等過敏性疾病的人，不宜打預防針，否則可能產生過敏反應。（6）嚴重營養不良與佝僂病兒不宜接種。（7）腹瀉嬰幼兒，一日大便超過4次以上者，不宜服用小兒麻痹糖丸。應待腹瀉痊愈後再服用。（8）接種百白破混合製劑後出現嚴重的接種後反應，發熱虛脫、休克、抽搐、體溫超過40．5℃或有其他神經係統症狀者，應停用百白破，而隻注射白喉及破傷風類毒素二聯製劑。（9）近期注射過多價的免疫球蛋白的人群，在6周內不可以接種麻疹疫苗。（10）一般情況下，感冒、輕度低熱者暫緩接種疫苗，好後再接種疫苗。