6月11日至9月21日，短短的100多天中，光緒接連發布了100多道新政詔書，有時一日數令，傾瀉而下，令人目不暇接。最多的一天竟頒布了11條維新諭旨（9月12日）。詔書內容是全方位的，涉及政治、經濟、軍事、文教各個領域。政治上，超擢任用維新派，罷黜守舊派官吏；廣開言路，鼓勵官民上書言事，準道府州縣官和一般士民上書，後者由都察院原封進呈，隨到隨遞，勿須拆看，不準積壓，“舉國歡蹈，爭求上書，民間疾苦，悉達天聽”，改變了自古以來皇帝與小民隔絕的狀況；精簡機構，京內裁詹事府、通政司、光祿寺、鴻臚寺、太仆寺、大理寺等；裁汰冗員。軍事上，裁汰綠營、冗兵，采用西法精練新式陸軍、籌辦兵工廠；增強海軍力量，培養海軍人才。經濟上，建立國家銀行，編製國家預決算，節省開支；成立農工商總局、鐵路礦務局、農會商會；整頓礦務商務，廣開利源，鼓勵墾荒，鼓勵商辦鐵路、礦務、實業；頒布振興工藝給獎章程，獎勵實業方麵的各種發明；裁撤驛站，設立郵政局；廢除滿人寄生特權，準其自謀生路等，促進中國經濟繁榮，保其固有利權不被掠奪。文教上，廢除八股文，改試策論；創設京師大學堂，將各省書院和過多祠廟改為學堂，鼓勵地方和私人辦學，各級學堂一律兼習中學和西學；允許自由創辦學會、報館；設立譯書局，編譯外國新書；派人出國遊曆、留學。等等。
這些有利於民族資本主義經濟發展和資產階級文化思想傳播的變法詔令受到了維新派和開明人士的熱烈歡迎，所謂“如春雷之啟蟄，海上誌士歡聲雷動，雖謹厚者亦如飲狂藥”。但僅憑一個無實權的傀儡皇帝所頒發的雪片般的詔令，即想在短期內改變一個有幾千年曆史的傳統社會，將之納入近代化軌道，談何容易！掌握中央和地方實權的大員，除湖南巡撫陳寶箴以外，幾乎沒有人執行變法詔令，束之高閣還算好的，絕大多數是群起反對。變法遭到了極大的阻力。對當時社會形勢略微有所了解者，對此都不會感到意外。但光緒不但大感意外，而且非常氣憤。他像所有幼稚的年輕人一樣，想當然地將他的對手簡單化、絕對化，歸結為是慈禧的後黨搗亂。維新派看到他“有不顧利害，誓死以殉社稷之意，於是益放手辦事”，實際他早已喪失理智，不再考慮策略，一味色厲內荏、咄咄逼人地向後黨開刀。集中表現為拋開現行體製另起爐灶。9月4日，光緒將禮部原六堂官全部罷黜。9月5日，超擢譚嗣同、林旭、劉光第、楊銳為四品軍機章京，此後“凡有章奏，皆四人閱覽，凡有上諭皆由四人擬稿”。他親書：“昨已命爾等在軍機章京上行走，並令參預新政事宜。爾等當思現在時事艱危，凡有所見及應行開辦等事，即行具實條列，由軍機大臣呈遞，俟朕裁奪，萬不準稍有顧忌斯飾，特諭。”並免去李鴻章、敬信在總理衙門行走等。這種做法操之過急，過早地激化了矛盾，無疑是向慈禧發出挑釁，導致後黨分子向他動手。
慈禧早有防備，光緒《明定國是詔》發布後第四天，慈禧即迫令光緒一天中連下三道上諭：第一，以“漸露攬權狂悖”的罪名將協辦大學士、戶部尚書翁同龢開缺回籍；第二，打破太後歸政以後不再接見官員的成例，規定新授任的二品以上官員，均須具折後再到太後麵前謝恩。各省將軍、都統、督撫、提督等官亦須一體向太後具折謝恩；第三，任命榮祿署理直隸總督（不久實授），統領精銳的北洋三軍，即董福祥的甘軍、聶士成的武毅軍和袁世凱的新建陸軍。與光緒有聲勢無實效的措施相比，慈禧這幾招，招招是隱含殺機的辣手。開缺翁同龢，人以為光緒是為打消守舊派疑慮、消除阻力，忍痛從命，但無異是去掉了光緒的主心骨，抽掉了帝黨的頂梁柱。六年後，翁同龢悄然死於江蘇常熟老家，臨終留詩雲：“六十年中事，淒涼到蓋棺。不將兩行淚，輕向汝曹彈。”奕譞死後，光緒越來越依靠翁同龢。現在兩個靠山都不在了，他與慈禧的對抗卻愈益升級和公開，可以想見他的沮喪和缺乏信心。要新任之官向太後謝恩，實際是慈禧通過抓人事大權而幹政的信號，光緒因之更加神經質，召對時每一句話都要思前想後，深恐被廷臣抓住把柄而向慈禧告發。榮祿的任命，更等同於慈禧在軍事上控製了京畿。經過數十年的虐待和摧殘，慈禧了解光緒個性深處的懦弱、戰栗、不知所措和無抵抗主義，單憑感覺就知道如何製服他。她做了上述部署，就不再做什麼，仍舊在頤和園裏寫字看戲、靜觀事態發展。不出慈禧所料，光緒“驚魂萬裏，涕淚千行，竟日不食”。他本抱著慈禧支持的僥幸心理，但慈禧上述措施在他意料之中，又在意料之外。他的天真和懦弱使他有預料卻無防備，也無法防備，於是突出了意料之外。但他已無退路，隻能硬著頭皮頂下去，大力推行變法維新，造成某種既成事實，以鞏固自己的地位。
隨著變法的深入，慈禧和光緒的分歧越來越大。9月14日，光緒第11次赴頤和園，請示開懋勤殿辦事，擬安插維新派康有為等為懋勤殿顧問。這是康有為的建議：仿先朝開懋勤殿議事，選舉英才，並邀請東西洋專門政治家共議製度，將一切應革之事全盤籌算，然後施行。如此一來，軍機處將被架空。有說當光緒向慈禧提出這一請求的時候，“太後不答，神色異常”。從慈禧的表情上看，光緒感到變法已出現危機。有說慈禧被激怒，痛責光緒壞祖宗之法，要把祖宗家業葬送在康有為之手。光緒雖當時硬頂：“兒寧可壞祖宗之法，不忍棄祖宗之民，失祖宗之地，為後人恥笑。”但他麵色蒼白、大汗淋漓，感到前所未有的恐懼。自7月以來，京師便流傳著“換皇上”的謠言。光緒得知自己將在9月間陪慈禧一起到天津閱兵，不禁揣測那是否是慈禧以其心腹榮祿發動兵變、廢立皇帝、解決新黨的一著將軍之棋呢？9月15日，光緒擔心後黨近期內要采取非常行動，於是帶給維新派一道密詔，如下：