這所學校的創立主要是由於何啟博士（1859-1914）的努力，他大概是孫中山所接觸到的、企圖按西方的方式使中國現代化的人們中的第一人。何啟和孫中山一樣，也是中西文化交流的產物。他的父親何福堂在馬六甲皈依了基督教倫敦傳道會，1843年開始在他的家鄉廣東布道。後來，他放棄了傳教活動，成為一個有成就的商人。何福堂對中西文化均有造詣，曾用中文寫過幾本書。他的兒子何啟，在香港皇仁書院（孫中山也在這個書院上過學）畢業後，又到英國去學習，在鴨巴甸大學取得了醫科學位，並當了律師。回到香港以後，他發現中國人不願花錢請西醫診治。如果像在教會慈善機構裏那樣免費治療，西醫可以被接受，但那些付得起診費的人寧願找中醫（這一點也許使孫中山後來放棄了行醫）。然而，何啟的法律造詣，使他成了香港最卓越的市民領袖之一。他幾乎在他那個時候設立的每一個公共團體中任職，他是香港議政局的老前輩，曾連任三屆非官方的議員。
1882年，何啟從英國回來不久，幫助組織了一個委員會，倡議創辦一所為中國病人免費治療的醫院。在他的英國籍妻子雅麗氏逝世後，他即決定自己來承擔這個計劃。這所醫院命名為雅麗氏醫院，以紀念他的妻子。該醫院於1887年竣工，並交給基督教倫敦傳道會經管。除提供現代護理外，何啟還極想使他的同胞受到現代醫學教育，他為此提議該醫院為中國學生辦一所附屬醫校。協助籌建這所醫校的同事，有該校第一任教務長孟生博士和後來繼任他的康德黎博士。和其他教職員一樣，他們兩人也都是殖民地居民，講課是沒有報酬的，何啟的內弟伍廷芳（在香港市政方麵同他一樣著名）也給予支持。所有這些人，尤其是何啟、康德黎和伍廷芳，在孫中山一生經曆的好幾個階段都起了重要作用。
改良還是革命？
在香港期間，孫中山對醫學和政治的雙重興趣不斷發展和加深。但是，在尋求一種政治上的表現方式時，他為一個新的矛盾而苦惱。他從他的家鄉繼承了太平天國的反滿傳統，這個傳統因鄭士良向他介紹了有關會黨的知識而在他身上得到進一步激發。那麼，是信賴這個傳統呢，還是去追求更為體麵的改良主義方針？
孫中山一再向他的同時代人吐露他反對清朝統治的主張。在廣州，他隻有鄭士良一個知己；在香港則增加了幾個。在這些人中，最重要的是多才的陳少白，他注定在將近十年的時間裏成為孫中山的主要副手。陳少白是廣東人，基督教徒，一個出色的古文文辭家，出語尖刻，常常招怨。他在廣州基督教學院（格致書院）學習過，這是一所在早期革命運動中起過關鍵作用的教會學校（後來它成為更為知名的嶺南大學）。陳少白通過中國基督教友的介紹和孫中山認識以後，就決定跟孫一起進西醫書院。他們成了結拜兄弟，同住一個房間，雖然陳少白不久就退了學。
除陳少白之外，還有兩個年青人成了孫中山的摯友。第一個是楊鶴齡，和孫中山同村的富家子弟，在香港經商。先前他在廣州學製圖時，和另一個學徒、廣東人尤列很要好，尤列此時也在香港當店員。通過楊鶴齡，尤列也加入了孫中山的圈子，尤列是三合會的信徒，這就進一步激發了孫中山對會黨的政治潛力的興趣。
這三個人（陳少白、楊鶴齡和尤列）由孫中山主持，在楊鶴齡的商店裏花了不少時間討論政治問題，譴責清廷，頗有點業餘政治家的浪漫色彩。局外人都不把他們當回事，稱他們為“四大寇”。孫中山本人因為欽佩太平天國的領袖，也被起了“洪秀全”的綽號。他在廣東的老朋友陸皓東和鄭士良，這時分別以上海和廣州為基地，當他們路過這個殖民地時，也參加這些聚會。孫中山在學校的化學實驗室裏秘密學做炸彈的驚人之舉，就使這位含苞欲放的激進派的肖像最後完成了。
然而，由於過分強調孫中山在密室中反對清王朝的激進情緒，致使這幅肖像受到歪曲。作為一個接受了幾乎全部西方教育的人和一個現代醫學潛在的先行者，孫中山所具備的條件使他將更多地求助於支持清王朝的改良主義者，而不是更多地求助於三合會。他在香港的經曆使他認識到這兩種可能的選擇。這使他對中國問題有了一個更廣闊的看法，同時也給了他這樣的希望：他可以致力於改革而不必一定要做一個造反者。
首先支持這種願望的是何啟博士，他在這方麵的經曆足以作為孫中山的楷模。由於一年級隻有12個學生，同時，由於何啟除了是該校的名譽秘書外，還兼教課，這樣，就使這兩個人有了充分的彼此熟悉的機會。這個學校的開辦緊隨著何啟決定發表他對於中國政治事務的看法之後。後來，在一位合作者的幫助下，他試圖影響中國的讀者大眾。與此同時，他開始利用香港的英文報紙進行辯論，指出必須用製度上的基本改革來取代政府對軍事防務的片麵關心。他第一篇用筆名寫的文章，對曾國藩的大兒子、前駐倫敦公使曾紀澤的一篇文章進行了反駁。這篇文章代表了這個人的觀點，而這個人對孫中山在香港的思想形成時期和此後很長時間都有影響。
曾紀澤在他的《中國先睡後醒論》一文中堅持認為，在1860年英、法占領北京和經曆了類似的同外國人的災難性衝突以後，中國終於認識到需要新的方針政策。她已不再沉睡，而是完全了解外部世界。作為這種令人高興的發展的證據，他舉出了中國在加強沿海防禦上所作的努力和軍隊的現代化計劃。他對這種優先加強軍事力量的政策表示讚成，並且說，“當中國把她的房子整理好後可以實行改革，但是隻有在她覺得門閂和頂木是可靠的時候，才是討論這種改革的適當時機”。
何啟的回答，徹底駁斥了這種所謂的“自強”綱領。他不否認中國深受外國侵略之害，但指出中國的病根不在軍事上的弱點，而在於“社會的和政治的善惡不分”。他繼續說，外國人要求並取得了治外法權，不是如曾紀澤所暗示的那樣，是因為中國的陸軍和海軍弱小，而是因為歐洲人不信任“中國的法律製度，尤其是它的行政機關”。何啟於是把曾紀澤的優先順序顛倒過來：“一定要有一支有效的海軍，但在此之前必須先進行改革。”他列舉了許多軍事裝備由於缺乏受過訓練的人去掌握而成為廢物的例子，然後指出，對中國來說，在她把房子整理好之前就把門用“門閂”關起來是愚蠢的。他特別提出要在新的基礎上錄用官吏，他指責科舉製度，說這種考試毫無價值，因為它無需現代知識就可以通過，同時這種傳統製度剝奪了那些在國外已受過訓練的中國人為他們的國家服務的機會。
何啟還大膽地提出了發展中國經濟的意見，這種意見代表了新的社會階層，即歐化的資產階級的觀點。他對舉借外債的危險提出警告，建議仿效大多數國家實行的舉借內債的辦法，他認為如果政府更有信用，那麼這種辦法是可行的。他還認為，隻要政府予以鼓勵，私人企業就會為工業的發展提供最好的手段。
何啟作為香港的“華人領袖”，即使他反滿，也不會以自己的名義參加這樣的辯論。然而他對官僚製度的評論，對中國傳統製度的強烈譴責，對注重實際的孫中山來說，其吸引力肯定要比會黨關於複明的空談更大。最重要的是，像何啟和孫中山這樣的人，是否有機會來幫助自己的國家現代化。
1889年，當這個帝國最有權威的官吏直隸總督李鴻章（1823-1901）成為醫校讚助者的時候，孫中山獲得這種機會的希望增加了。李鴻章在一封宣布支持醫校的公開信中，說他很羨慕英國的科學，尤其對英國人注重實際的作風表示欽佩，說他們不同於那些“僅純滿足於理論上者”。這不僅僅是出於禮貌的稱讚。自從英國教會醫生治愈他的妻子後，李鴻章就認為西醫高明，他甚至幫助其中一位醫生麥肯齊博士在天津創辦了一所被稱為“總督的醫院”的新式醫院。1881年，這所醫院開始講授醫學，它成為這個國家少數幾所新式醫科學校之一。而且，由於李鴻章讚助新式技術和領導洋務派，他顯然是那個極為保守的階級中最進步的代表之一。
香港報界的先驅者王韜，也可能通過他的《循環日報》把改良主義的思想灌進孫中山的腦子。王韜雖不反滿，但也是一個製度改革的鼓吹者，這種主張比“自強”派所宣傳的純軍事技術方案更切合中國的實際需要。
隨著對改良主義的情況有了新的了解，孫中山開始顯示出他能夠立即熟練地抓住各種相互衝突的目標的才能，以及策略上的靈活性，達成了他一生經曆的特點。雖然他私下培育著反滿的情緒，但他熱切地盼望由權貴倡導的溫和的改良，這種改良既帶有權貴的威望，又有著合法的標記。在1890年至1892年間，孫中山向兩個進步的官吏提出了改良的建議。
其中一個是鄭藻如（死於1894年），一位傑出的學者和官吏，中過舉人，是前駐日本和美國的公使，1880年在天津任海關道時是李鴻章的下屬。他和孫中山的確切關係不得而知，但他們在香山縣的共同祖先可能提供了一種聯係。孫中山在1890年給鄭藻如的信是溫良恭儉讓的典型。孫中山聲稱他“翹首以期用世”，建議效法西方，成立進步的學會，以促進農業和蠶絲業的發展，同吸鴉片煙的惡習鬥爭。他強調一些人所熟知的改良主義的主題，諸如普及教育，挽救民生危機，以及開辦造就“人才”的學校等等。教育，尤其是掃除文盲，被看成最重要的事情。甚至婦女和兒童也必須識字。孫中山說，如果這樣，“則人才安得不盛，風俗安得不良，國家安得而不強哉！”
孫中山接近的第二個著名人物，是有影響的買辦、香山人鄭觀應。傳說孫中山在學醫期間，曾給鄭觀應送去兩篇文章，後來收在有名的改良主義小冊子《盛世危言》中。其中一篇被認為就是《盛世危言》中題為《農功》的一章，這篇文章再次呼籲改進農業，特別是蠶絲業。不論孫中山是否係原作者，正文中曾提到一個“同鄉，孫翠溪”的，對植物學很感興趣，希望研究歐洲的農業改革，這表明鄭觀應多少是認識孫中山的。
孫中山的這些活動以及想得到人們承認的其他嚐試，可以說都沒有得到什麼反應，他仍然隻是一個地位低微的醫科學生。然而，他已經覺醒了的對革新中國的興趣並沒有減退。重要的是，在香港的5年生活使他相信，中國非變革不可。據他後來回憶說，香港較為誠實而有效的行政管理，把他家鄉的腐敗和落後更加明顯地襯托出來了，他是每逢假期必定回家去的。
在學醫期間，孫中山表現出旺盛的求知欲望和多方麵的興趣。他把私人教師陳仲堯從廣州帶來幫他補習中文，還跟康德黎學打板球。凡是以後能幫他實現中國現代化做出貢獻的學科——達爾文主義、法國大革命的曆史、中國地理和農學，他都認真鑽研。然而，孫中山對醫學的興趣還是主要的，如果說他不是一個出眾的醫科學生，那也是個具有獻身精神的醫科學生。在香港不論是同其他三大“寇”的聚會，還是對改良主義的興趣，沒有一個政治活動分散過他的主要精力。
孫中山是康德黎的得意門生之一，這位醫生在訪問中國的麻風病村莊時，曾帶他隨行當翻譯，康德黎的這項研究後來得獎。事實上，孫中山幹得很出色，他獲得一筆獎學金用於支付自己的費用。
1892年，孫中山想當一名學者的願望實現了。當時，在原來的12個學生中，隻有他和另外一個人成功地完成了學業。他的成績最好，得獎最多。然而，在這成功的時刻，他又麵對另外一個難題，這就是他不願完全放棄自己的政治抱負。在中國，新式醫學真有施展的場所嗎？
甚至在學校創辦時，在教會圈子裏就有一些人對此持懷疑的態度。例如，1887年，《中華基督教醫學報》就對是否會有足夠的具有英語知識的中國學生願意學醫表示懷疑。該報認為，因為少數懂得英文的人，在商業或是在外交使團和海關機構中，能得到更多的收入。第一個班級中隻有這樣少的人畢業，這個事實似乎證實了這種擔心。
但是，更重要的問題是，由歐洲人培養出來的中國醫生有沒有出路？該報指出，“在香港或者上海這樣的地方機會尚且有限，何況別處？”由於大多數中國人不願花錢看西醫，所以一些外國人覺得，在今後許多年內西醫最好是由教會讚助。
此外，這個醫科學校的課程沒有完全遵照英國的標準，所以該校的畢業文憑不被香港醫學總會所承認。孫中山雖然是“從香港西醫書院領有準許內、外科開業行醫證書的人”，但這種證書沒有給他簽發出生和死亡證明的權利，也沒有給他任何法律上的保護。然而，作為一個中國人，他倒可以享有“對草藥醫生的有限保護和承認”。換句話說，雖然他學的是西醫，但在法律上隻有一個普通的中國草藥醫生的地位，而後者是根本不需要畢業文憑的。