燕京事務處理完畢後，耶律楚材帶著家小隨著塔察兒在眾怯薛軍保護下，回到大蒙古國的發源地也是汗廷所在地大斡耳朵，已是第二年即1229年3月的下旬。
此時還在監國的成吉思汗第四子拖雷在成吉思汗生前處理國事的金頂大帳召見塔察兒和耶律楚材。聽過塔察兒講述完到燕京後的一切，拖雷十分高興，對耶律楚材好一番稱讚，當即獎賞他十名男奴隸、十名婢女，還有一頂豪華大號帳篷、六頂小號帳篷，供耶律楚材和家人、奴仆居住。
耶律楚材將石抹鹹得卜的諸多貪暴所為講給了拖雷。拖雷很生氣，卻沒有罷石抹鹹得卜的官，隻是行詔各地：“日後非奉璽書，不得擅自征發；因當大辟者，必待報，違者罪死。”
國不可一日無君，成吉思汗已辭世一年半，至今仍由拖雷監國，何日才能終止？接下來，為了爭奪汗位的繼承權，蒙古帝國內部進行了一場緊張激烈的鬥爭。在這場爭鬥中，耶律楚材以他的威信和才能，發揮了特殊的重要作用。
在汗位虛空期間，按照蒙古習俗由幼子拖雷監國。拖雷一直跟隨在成吉思汗身邊，接受了成吉思汗留下來的大部分軍隊財產，勢力比較大，所以他不甘心讓位於窩闊台。
這時，耶律楚材深感國家不能一日無主，於是對拖雷說：“確定汗位繼承人是國家的大事，應該早一點落實。否則對國家沒什麼好處。”
拖雷聽罷說：“現在條件還不成熟，等過些天選擇好日子再說吧。”
耶律楚材緊接著說：“最近就是很好的日子，正宜確定汗位繼承人。”
拖雷知道耶律楚材從來不隨便說話，但他還是悻悻地說：“父汗在世時曾經說過，你是天賜我家的。我從來不曾薄待過你，你為什麼要和我分心呢？”
耶律楚材一笑，說：“在下若真是長生天賜給大汗家中的，也將屬於大汗整個家族，不會僅僅屬於其中的一位。”
拖雷再也忍不住了，咬牙切齒地說：“可你在竭力推我三阿哈（窩闊台）即汗位，是吧？”
耶律楚材挺了挺胸，說：“確實如此，因為窩闊台是大汗生前指定的繼位人！大汗生前有恩於在下，在下必須肝腦塗地來報答。所以我不能因為你已在監國就見風使舵，做出違背大汗的事來。”
拖雷惡狠狠地問道：“可你知道這樣做的結果嗎？”
耶律楚材捋著雪白的胡子淡淡地說：“一死而已，也好早日拜見大汗。可你百年之後，將如何麵對你的父汗呢？”
拖雷再也不好故意推托了，同時他也不敢違抗成吉思汗的遺命，於是想利用蒙古“忽裏台”製度來解決問題。蒙古“忽裏台”製度就是召開蒙古諸王、重臣大會來研究決定汗位繼承等重大問題。在這個會上，雖有成吉思汗遺命，但還要由大會來決定。如不同意還可否決。
就這樣，拖雷決定在成吉思汗二周年祭奠的前後舉行忽裏台，來確定大汗的人選。
於是，在成吉思汗忌辰前，分封在各地的蒙古諸王們都帶著家人、侍衛乃至大軍，從四麵八方趕來汗廷所在地大斡耳朵。
在成吉思汗忌辰的前三天，拖雷率領數十萬眾或騎馬、或步行、或坐著牛車離開了大斡耳朵，前往西北四百裏外不兒罕山裏的成吉思汗埋葬地薩裏川。
薩裏川位於不兒罕山的起輦穀內，是山穀中一片較高的平原。成吉思汗生前有一次打獵來到這裏，見這裏風景秀麗，便下了馬坐在一株老樹下歇息，對隨行的拖雷等人說：“這個地方日後就做我的墓地吧！”但在後來，成吉思汗率軍西征經過鄂爾多斯草原時，又被那裏的美景吸引，情不自禁地丟下了馬鞭，說：“這裏是衰亡之朝的複興之地，是太平盛邦的久居之地，是梅花幼鹿的成長之所，也是白發老翁的安息之鄉。我百年之後，可葬在這裏。”
經過拖雷與幾位兄長商量，決定將成吉思汗的遺體埋葬在薩裏川，而將他的衣冠埋在鄂爾多斯草原（即今內蒙古伊金霍洛旗的成吉思汗成吉思汗的葬禮由奉命監國的拖雷主持。蒙古族由於自古過著遊牧生活，從來沒有墓地，死後有三種葬儀，一為棄葬，即暴屍荒野，三日內被野禽吃掉為吉，謂之“升天”；二為火葬，將屍體架在木柴上焚燒；三為土葬，裝入棺材掩埋。棄葬為奴隸采用，火葬適用於平民，隻有尊貴、富有的人死了才會埋葬。人們選了稀有的三抱粗的梡木，從中間縱向鋸成兩半，當中鑿空成人形，大小適當，將成吉思汗的遺體用白布纏了四十九層，放入其中，將兩半木合上，用三道黃金圈固定，再加髹漆四十九遍，才下入深坑掩埋。參加掩埋儀式的隻有少數近親，其他人在遠處跪著放聲大哭，看不到這裏的情形。和棺材一同埋葬的，還有大量的美味佳肴、奶、酒及各種生活用品，還有從各可卜溫、那顏家中挑選出來的四十匹配著金鞍的高大駿馬、四十位珠光寶氣的妙齡美女。
葬畢，墳墓不封不樹，即不起墳丘、不樹墓碑，由眾人騎著馬將這一帶踏平，使埋葬處再也看不出來痕跡。拖雷這才帶著眾人離去，命一千騎兵將這一帶守衛起來，不準任何人進入，直到第二年草木生長起來之後。但在馬踏墓地之前，要在下棺處殺一隻幼駱駝，讓生它的母駱駝流著淚看著，而後將母駱駝牽走，單獨飼養。