戶口統計出來了，窩闊台汗卻要按照蒙古慣例把他們再分封給宗王權貴將領們。因為成吉思汗在世時就和宗親們約定：“取得天下後，各分土地，共享富貴。”窩闊台繼承這種分封製度，說明他還沒有徹底擺脫蒙古在漠北時期實行的“忽必”和“莎餘兒合勒”遊牧統治方法。“忽必”是蒙語，漢譯為“份子”，即蒙古黃金家族得到財物後，應在宗親中分配，各得一“份子”；“莎餘兒合勒”也是蒙語，漢譯為“賞賜”，即對共同立國的功臣，也應給予一部分“賞賜”，使他們分享權益。竭力想“以儒治國”，推行漢法的耶律楚材當然不能同意這種做法。他知道，如果實行分封，受封者可以獨立治理其分封地，勢必形成許多大大小小不相統屬的領地。這與中原漢地高度發展的封建經濟基礎和中央集權製度是不相適應的，同時也不利於加強大汗的皇權和鞏固對中原漢地的統治。所以，耶律楚材提醒窩闊台汗說：“像這樣裂土分民，容易形成地方割據勢力，使他們權力過分膨脹，造成與中央抗衡，後患無窮。不如多多獎賜給他們金帛財物，就足以體現朝廷對宗親大臣的恩典了。”但分封已定，不易改變。窩闊台汗對耶律楚材說：“朕已經答應了，現在該怎麼辦？”楚材一看這種形勢，隻好提出一個折中的辦法。他建議說：“請朝廷安排官吏收取地方上的賦稅，不許這些分封者擅自收取，以限製他們的勢力。”窩闊台汗聽了楚材的建議，覺得不失為一種補救辦法，同意了楚材的意見，並責令楚材製定一個更詳細的征稅辦法。
耶律楚材在蒙古太宗七年（1235年）編籍戶口和第二年窩闊台汗分封土地的基礎上，主持製定了新的稅法。新稅法包括三項：第一項是稅糧。除特旨或按規定免除外，所有人戶都要負擔。又分兩種；一為丁稅（或稱丁糧），每丁納糧一石，驅丁（奴隸、仆役）五鬥，新戶丁、驅各減半，老人小孩不征。另一為地稅，上等田每畝稅糧三升半，中等田三升，下等田二升，水田五升。
第二項是科差。由當差的民戶負擔。又包括兩種：一為絲料，每兩戶出絲一斤交納政府，五戶出絲一斤交納受封者（投下），每戶共納絲十一兩二錢，屬於政府的民戶也按這個稅額交納。這就是有名的“五戶絲製”。
第三項是諸課。商稅征三十分之一，鹽每銀一兩四十斤，其他各項與以前所定的相同。
耶律楚材製定的這一新稅法，目的是維護蒙古統治者的長治久安，但程度不同地限製了權貴們無止境的搜括勒索，這就觸犯了他們的眼前利益，因此常常遭到阻撓。開頭有人說楚材這一新稅法征收的太少了。楚材聽罷解釋說：“製定法律考慮得要周到一些，一定要避免過於沉重的弊端。比如這個新稅法，開頭不妨輕一些，以後由於種種原因會一天比一天加重，從這個意義上看，這個稅法今天已經過重了。”
權貴們一看不能阻止推行新稅法，又想壟斷國家賦稅的征收權。燕京有個叫劉忽篤馬的人，秘密與權貴勾結，想用50萬兩銀子撲買中原的差發權，沙獵發丁想用25萬兩銀子撲買全國的房地水利權；劉廷玉想用5萬兩銀子撲買燕京的酒稅權，又有西域人想用100萬兩銀子撲買全國酒稅權，等等。耶律楚材得知後，馬上對窩闊台汗說：“這些人都是一些奸人，他們並不從國家利益著想。他們今天捐出一兩，一定要以十倍的數目收回。這樣，賦稅成倍加重，必然引起百姓的憤怒，而這憤怒又是衝著大汗您來的，利益卻被這些奸人們獲得了。”窩闊台汗聽罷，沒有答應這些奸人的請求。楚材從設立十路課稅所征收稅額銀50萬兩，滅金後逐年增長，蒙古太宗十年（1238年）達到110萬兩。
耶律楚材推行新稅法，一直受到地方豪強的反對，在某些做法上，耶律楚材甚至失去了窩闊台汗的支持。可見，在限製、打擊地方豪強割據勢力，維護中央集權統治方麵，阻力之大。
當時，中原漢族地區的地方豪強割據勢力，主要來自投降了的金國將官和地主武裝首領。他們中間有漢人，也有契丹人和女真人。蒙古汗國攻打金朝時，曾在很大程度上借助了這些人的力量。由於他們從征有功，得勝後又給他們分封了土地人口，使他們逐漸在蒙古政權下形成為割據一方的新權貴。漢族地主武裝頭目的勢力更大，他們掌握著中原蒙古統治區的地方政權，他們在自己轄境內，既統軍，又管民，可以自己任命下屬官吏，征收賦稅，處理刑罰，而且父死子繼，兄終弟及，世襲相傳，專製一方。成吉思汗去世時，河北、山東、山西等地，這樣的地方勢力就有四十幾處。如西京的劉黑馬、永清的史天澤、長清的嚴實、曆城的張榮等。他們小的據有一州一縣，大的控製好幾個州甚至數十城，占地數千裏，領兵數萬，就像唐代的藩鎮一樣。
而蒙古統治者對這些地方豪強割據勢力，采取壓一下，扶持縱容一下的政策。因為還需要他們出兵從征和繳納貢賦。在他們承擔義務，效忠可汗的前提下，蒙古統治者就承認他們稱霸一方的權力，隻是在他們反複無常投靠敵人或不聽從大汗指揮時，才給予一定程度的製裁。這就增加了耶律楚材限製打擊這些地方豪強割據勢力的難度。
但這些割據勢力的存在，從根本上說，是不符合蒙古帝國利益的。它是蒙古早期分封製與中原封建生產關係結合的特殊產物，與耶律楚材提倡的封建大一統和他反複向窩闊台汗說明的漢法設想是格格不入的。具有堅強意誌的耶律楚材雖然覺得此事難度大，但他也還是要力圖去限製打擊他們。
於是，耶律楚材根據“在地方州郡府縣實行軍民財三權分立的政策，使三者互不統屬”的要求與地方豪強勢力展開了鬥爭。
耶律楚材限製打擊地方豪強勢力的態度是堅決的，在這種情況下，有些漢族世侯也采取了較和緩的姿態。如大世侯嚴實，一度對楚材表示不滿，但後來聽了漢儒幕僚宋子貞的勸告，知道楚材“以儒治國”在某些方麵比蒙古傳統的統治方法對他們有利，所以致信楚材，溝通情誼，改善了互相之間的關係。這些漢人世侯在財權上做出了某些讓步，把征收賦稅的權力基本上交給楚材派出的課稅所。然而關於軍民分職，多數當權者采取拖的辦法進行抵製，極力保持自己的權力。
耶律楚材限製打擊地方豪強勢力的計劃，由於碰到了強烈的抵製、反對和攻擊，並沒有能順利執行。隻是在設立了課稅所，製定了新稅法後，在財稅方麵限製了豪強，軍民分職問題不得不擱置下來。當時窩闊台汗正全力以赴攻滅金國，迫切需要契丹、女真的軍隊和漢人世侯的軍隊在前線奮力作戰，為了安撫率領這些軍隊的權貴，也就延緩了地方上軍民分職的實施。但仍可看出耶律楚材作為一個政治家的遠見卓識，在特定曆史條件下他也盡了自己最大的努力。
蒙古太宗四年（1232年）窩闊台汗發動了最後滅亡金國的戰爭。在這場戰爭中，耶律楚材一方麵為了實現他的大一統思想，在軍事方麵積極出謀劃策；另一方麵，他利用自己深得窩闊台汗信任，位處中書令的有利地位，在製止濫殺無辜，保護平民百姓生命財產方麵，做出了突出貢獻。
這年春天，窩闊台汗率領強大的蒙古軍隊，浩浩蕩蕩地殺向金國的最後老巢———汴梁。在未渡黃河前，窩闊台汗下令：“逃難躲藏起來的人，凡是來軍前投降者，均可以免死，否則就要嚴懲。”但有的人卻說：“這些人形勢危急了才來投降，稍微緩和了又要逃走，不殺他們等於白白幫了敵人的忙，還不如把他們統統殺掉。”耶律楚材聽了這種說法，表示堅決不同意，當即麵見大汗說明不能殺的理由，並且建議不但不殺，而且也不必到軍前來投降，應該讓他們返回家鄉安心種地。接著，經大汗批準，耶律楚材製作了數百麵旗子，發給這些躲進山林的難民，讓他們拿著旗子作為歸降的憑證，回歸故鄉，從事生產。使無數百姓免於被無端殺害。
同年，蒙古大軍渡過黃河，幾路包抄，把汴梁城圍得鐵桶似的。金哀宗及其軍政大臣驚恐萬狀，向蒙古軍求和，而汴梁軍民則奮勇抵抗，用震天雷、飛火槍等火器打擊攻城的蒙古軍，使蒙古軍中炮死傷的人極多，迫使蒙古軍暫時轉去打擊支援汴梁的軍隊。蒙古太宗五年（1233年）初，金哀宗懾於再次圍攻的蒙古軍的壓力，帶著一部分臣僚和軍隊出奔，輾轉逃至歸德（今河南商丘），命元帥崔立繼續死守被圍困的汴梁城。戰爭進行了數月，蒙古軍向汴梁發動了最後攻擊，元帥崔立投降，汴梁城破。在汴梁即將攻破時，統率圍城大軍的元帥速不台，派人向窩闊台汗報告說：“汴梁城對抗了那麼長時間，使我們花費了很大力氣，死傷了很多士兵，今天我們很快要攻占此城，占領後應當實行屠城。”
原來蒙古的軍事傳統是，攻打一個地方，如果守敵敢於進行一刀一箭的反抗，就被認為是抗拒命令，打敗後就要對這個地方進行殘酷的屠殺。顯然，這是遊牧民族的一種落後的、殘忍的報複手段。耶律楚材得知這一消息，心急如焚，趕忙騎馬飛奔至窩闊台汗的宮帳，麵見窩闊台汗說：“將士們風餐露宿，英勇作戰數十年，為的就是爭奪土地和人民。如今就要得到土地了，可把人口殺掉隻剩荒地又有什麼用呢？”窩闊台汗聽罷，麵露猶豫不決神色。他在遇到實際問題時，是沿襲蒙古傳統；還是學習中原漢法；常常是拿不定主意。耶律楚材接著說：“大凡金朝方麵的弓矢、甲杖、金玉等能工巧匠，以及官民富貴之家，都聚集在這座城市裏。如果把他們都殺了，我們就一無所得，也就等於白白打了這一仗。所以，我們不應該進行屠城，應該把這些人口留下來為我們效勞。”窩闊台汗終於為楚材所打動，發了一道詔書，要求速不台等前方將領“除完顏氏一族外，餘皆原免”，即隻準殺金朝的皇族完顏氏，其他人等統統不予追究。當時在汴梁城中躲避兵災的147萬人口，終於免遭屠殺的慘禍。隨著窩闊台汗以及其後的一些蒙古帝王逐漸接受了中原漢族的傳統統治方法，蒙古對汴梁的這種寬大政策，在以後攻取淮河、漢水流域的各個城市以及攻打南宋時，也得到沿用，並成了一種定例。使蒙古統治者改變了當初那種隻圖攻城略地、搶奪財物、亂殺人口的落後習俗，更著眼於大一統，耶律楚材在其中起了重要的作用。
蒙古太宗六年（1234年）春，蒙古與南宋軍隊聯合攻破蔡州，金朝皇帝完顏守緒自殺，金國滅亡。隨後，蒙古大軍準備北撤休整，再做大的舉動。但就在他們撤走不久，當初俘獲的大批俘虜逃去十之七八。窩闊台知道這一情況非常生氣，當即下詔嚴令：“凡是給逃亡的俘虜提供住宿及飲食的人，一律統統殺頭。並且不管是城市鄉村，如有一家人違犯了這一禁令，其餘人家都要牽連受處罰。”這個禁令一下，老百姓都非常恐慌，雖然是父子兄弟隻要被俘虜過，就再也不敢正眼相視。造成這些逃民沒人敢收留，紛紛餓死在路途上。耶律楚材看到這種情景，同情之心不禁油然而生，他又要站出來為這些無辜百姓說話。他向窩闊台汗進言說：“十多年來，我們安撫保護百姓，是因為他們對國家有用的緣故。當南北勝負未分的時候，考慮到怕他們心懷二心對國家不利，而禁止他們互相來往或許還算應當。今天敵國已破，中原黃河以南的老百姓都是朝廷赤子，他們走又能走到哪裏去？去了又有什麼關係呢？怎麼能夠因為一兩個俘虜而使數百人受牽連致死呢？”窩闊台汗聽了耶律楚材委婉中又暗含鋒芒的話，覺得有道理，於是下詔解除了這個禁令。