由於耶律楚材備受窩闊台的重用，因而引起了一些大臣的嫉妒。石抹鹹得卜就非常恨耶律楚材。因為前幾年耶律楚材去燕京辦案，把他的外甥給殺了。還有一部分人反對耶律楚材所推行的措施，也對耶耶律楚材的夫人蘇氏是北宋著名文學家蘇軾的四世孫女，她的好多親戚都在南方，經常有些書信來往。粘合重山由於和耶律楚材都是中書省重要官員，所以，兩人交往比較密切，粘合重山經常到耶律楚材家裏商討國家大事。粘合重山是金中都留守粘合答的孫子，算是金國的皇族，而耶律楚材曾為金國大臣，加上耶律楚材大批任用金朝舊臣，這不免使人產生一些猜疑。石抹鹹得卜派人四處遊說各宗王，說耶律楚材有謀反之心。石抹鹹得卜曾親自到成吉思汗的弟弟斡赤斤府第，對斡赤斤說：“耶律楚材任中書令，率先用舊朝的臣子，一定有謀反之心。”宗王們本來就對耶律楚材有懷疑之心，現在又有人挑撥耶律楚材和他們的關係，於是都派使者到都城和林，請求窩闊台大汗殺耶律楚材。窩闊台聽到耶律楚材有謀反之心，很是生氣。他心裏想，好一個耶律楚材，我父子待你不薄，而你卻敢有私心。窩闊台下令先把耶律楚材和粘合重山革職拿問。
命令下來，蒙古武士分頭赴耶律楚材和粘合重山的家。這天耶律楚材正在家裏和粘合重山商討開漕運的問題。忽然，家人耶律偉光急急忙忙跑進來，嘴裏喊道：“不好了，外麵來了許多武士要捉大人。”耶律楚材對耶律偉光說：“不要驚慌，我自己會處理的。”正說著，蒙古武士衝進屋裏，不等耶律楚材辯解，就把他捆綁起來。粘合重山剛想上前阻攔，武士見到他便喊道：“這下省事了，兩人一起抓走。”說完也把粘合重山給捆住。耶律偉光一看這架勢，急得不知如何是好。耶律楚材對他說：“快去給察合台親王送信。”蒙古武士把二人帶到窩闊台麵前。窩闊台對他們說：“你們二人知罪嗎？”耶律楚材說：“臣等心係國家大事，不知罪犯哪條？”窩闊台命令先把他二人押下去，以後再做處理。
石抹鹹得卜聽說耶律楚材被抓起來了，心裏很高興，上書請速殺耶律楚材以謝天下。窩闊台抓耶律楚材的時候，心裏很是生氣。等事情一過去，他又覺得事情有點蹊蹺。他命人給察合台親王送信，以征求他的意見。沒過幾天，察合台親王就來到都城。窩闊台對察合台說：“王兄你為何親自到此？”察合台為什麼這麼快就來了呢？原來耶律偉光早已派人給察合台送信了。察合台聽說耶律楚材被捉起來，很是吃驚，恐怕耶律楚材有性命危險，急忙動身趕赴都城，半路上遇見去給他送信的使者，所以察合台親王來得要比窩闊台預想的要早。
窩闊台把眾親王和大臣狀告耶律楚材的事原原本本地說了一遍。察合台對窩闊台說：“他們告發耶律楚材有充足的證據嗎？”窩闊台命人把石抹鹹得卜找來，讓他和耶律楚材當麵對證。石抹鹹得卜做賊心虛，哪敢和耶律楚材對證，隻得承認自己是誣陷耶律楚材。窩闊台一聽氣不打一處來，對侍衛說：“先把石抹鹹得卜捉起來，留待以後發落。”窩闊台急忙命人把耶律楚材和粘合重山釋放，並擺上酒席給二人壓驚。席間耶律楚材向察合台親王請安，察合台拍著耶律楚材說：“你受委屈了。”耶律楚材忙說：“臣受點委屈倒無所謂，隻是怕壞了大汗國的大事。”窩闊台聽到這兒，非常慚愧，親自給耶律楚材和粘合重山每人滿了一杯酒，算是向耶律楚材他們賠罪。吃完飯，耶律楚材和粘合重山分頭回家了。這幾天蘇夫人都急壞了，恐怕自己的丈夫有什麼閃失，今天看他平安地回來，心裏很高興。家人耶律偉光也過來見過老爺。耶律偉光對楚材說：“石抹鹹得卜這老狗，膽敢陷害老爺，將來有機會一定饒不了他。”耶律楚材揮揮手示意讓他下去。
說起來也巧，沒過多久，石抹鹹得卜的家人卻告發他犯有違法之事。石抹鹹得卜留守燕京稱霸一方，做了許多不法之事。窩闊台讓耶律楚材處理這件事。許多人都勸耶律楚材把石抹鹹得卜殺了。石抹鹹得卜本人也很害怕，覺得這次自己命在旦夕。誰也沒有想到，耶律楚材不但不落井下石，反而在窩闊台麵前為石抹鹹得卜求情。
耶律楚材對窩闊台說：“大汗您將南伐金國，正是用人之際，不應斬殺大將；況且石抹鹹得卜為人驕傲自大，容易引起他人的誹謗；大王不如派他到前線作戰，給他一個立功贖罪的機會。”窩闊台聽後，免去了石抹鹹得卜死罪，讓他帶兵攻打金國。石抹鹹得卜看到耶律楚材這樣處理事情，感動得熱淚盈眶，感謝耶律楚材的救命之恩。
耶律楚材的不計個人得失，以國家大事為重的做法也使窩闊台很受感動。窩闊台曾私下裏對大臣說：“耶律楚材不計較個人恩怨，處處為國家大計為重，真是寬厚的人，你們應該向他學習。”窩闊台把眾親王的使者大罵一通，然後把他們轟走。他對耶律楚材說：“我聽信小人之言，險些害了我的左膀右臂。”耶律楚材說：“臣委身於國家，生亦為君臣，死亦為君鬼，死都不吝惜，隻是想給陛下多做些事情，使天下民眾過上好日子。”
蒙古國期間，大汗對於各種宗教組織持保護態度。當時，各種教門都在蒙古地區傳播，道教的全真教在這個時期發展很快。前麵已經提到，全真教首領丘處機曾去漠北行宮，晉見成吉思汗。成吉思汗對他很是賞識，命丘處機掌管天下道門，常住燕京右極宮。丘處機死後，由他的弟子尹誌平擔任全真教首領。但是，丘處機的二弟子李誌常也有繼承丘處機教主之位的野心。他們兩人在全真教中都有一定的勢力。李誌常常在丘處機身邊，有機會接觸一些達官貴人，和楊惟忠私人交往不錯。楊惟忠是窩闊台時期的顯臣，並且年輕有為，但正因為年輕，有時辦事欠考慮。李誌常為了奪全真教首領，請楊惟忠幫忙。楊惟忠命一家人，扮成逃軍，晚上投宿到尹誌平所住的道觀。這天晚上，尹誌平正在燈下閱讀經卷，忽然有人敲門，他叫道童開門，發現一個衣服破爛的年輕人。這人自稱是過路行人，天晚了，請求尹誌平讓他投宿一夜。尹誌平也沒多想，就命道童領他進院安排住處。時間不長，道觀外麵忽然人聲嘈雜，伴隨著砸門之聲，有人大喊：“快開門。”嚇得道童趕緊跑去開門，往外一看，見是一隊官兵，忙問：“各位軍爺到此有何貴幹？”官兵也不理會，徑直走進觀中。尹誌平對官兵說：“你們私入道觀想幹什麼？”這時官兵發現了那個青年，把他抓了起來，一個領頭的軍官對尹誌平說：“誰是這兒的主事道長？”尹誌平說：“我就是。”那個領頭對尹誌平說：“大汗國法律規定窩藏逃軍者當燒其房屋，這裏是道觀就免了，隻有鎖你跟我到官府走一趟。”誌平沒有辦法，隻得跟他們到了官署。根據蒙古法令，逃軍被抓住者，處以死刑；為逃軍提供食宿者也要入獄。第二天，尹誌平被投到大獄中。李誌常暗中收買獄卒，讓他在監獄中把尹誌平殺掉。獄卒收到李誌常的好處，就用刑杖將尹誌平打死在獄中。那個冒充逃軍的家丁，由楊惟忠買通官府，從死囚牢中找了一個替死鬼，家丁就又回到了楊惟忠家。
尹誌平死後，他的弟子們覺得事情蹊蹺，暗中調查這件事。楊惟忠的家人有一同鄉是全真教道士，兩人之間常有些來往。有一次，兩人吃飯期間，這個家丁把他冒充逃軍陷害尹誌平的事給說了出來。道士表麵上沒露聲色，但心裏卻將這件事記得清清楚楚。這就是“說者無心，聽者有意”。這個道士回到觀中，就將這件事與其他道士講了。尹誌平這派道士於是就控告有人謀害尹誌平，案子很快就送到了耶律楚材手中。
耶律楚材帶著那個和楊惟忠家人是同鄉的道士到楊惟忠家。正巧，那天楊惟忠不在，耶律楚材下令把所要抓的家人找到，然後帶回官府。等楊惟忠回到家，聽說耶律楚材到他家來抓人，心裏很害怕。晚上，他就到耶律楚材家中，請求耶律楚材不要深究這件事，以免傷兩家和氣。耶律楚材不但沒有答應楊惟忠的要求，反而說如果楊惟忠與這件事有關連，也應負法律責任。
楊惟忠碰了一鼻子灰，沮喪地回到家中，他想看看耶律楚材的動靜，然後再做下一步打算。
第二天，耶律楚材審問那個家人。這個家人自恃有楊惟忠給他撐腰，很是不在乎，就把整個事情的原委都說了。耶律楚材問他：“你家主人為何要謀害尹誌平？”家人答道：“小人也不知道，主人讓我去做，我就去做。”耶律楚材對楊惟忠非常不滿。
耶律楚材令人將這家人的口供記錄下來，接下來楚材命衙役把口供又和這家人對證，這名家人依靠楊惟忠平日裏作威作福，以前也沒有見過這種陣勢，今天看樣子要動真格的了。這時候，家人有些害怕了，不敢在供詞上簽字。耶律楚材讓人給他用刑，這個家人支持不住，最後在供詞上簽了押。耶律楚材拿著供詞到窩闊台麵前狀告楊惟忠徇私舞弊，陷害他人。窩闊台下詔，處罰楊惟忠銀2000兩，對他的家人處以死刑。楊惟忠從此就和耶律楚材結下不解的冤仇。
太原路轉運使呂振，副使劉子振都是當時有名望的儒士。當初耶律楚材推薦他們出任太原部轉運使，使他們由落魄的窮知識分子一躍變成朝廷命官，二人本應該為國家效力。但是這兩個人非常貪財，轉運使是負責把地方上繳國家的金錢運到都城和監督地方財政的長官，在當時有很大實權。這二人互相勾結，貪汙錢財，後來被查出。窩闊台非常生氣，下令將二人斬首。窩闊台責備耶律楚材說：“你總向我灌輸孔子之教可行天下，說儒者為好人，可為什麼會出現這種貪汙之徒呢？”耶律楚材答道：“君主父親教育臣子和兒子，並不想讓他們行不義之事，三綱五常，是孔聖人的名教的精髓，所有的國家，沒有不用聖教的，這就好比天上一定要有太陽和月亮。哪能因為一個士大夫的得失，就使萬世常行的名教毀壞於我朝呢？”窩闊台聽了這番話後心情有所好轉。
這時，楊惟忠出來上奏說：“耶律楚材身為國家大臣，給國家推薦這樣的人才，必有私心作祟。”窩闊台一聽，也覺得對，自從讓耶律楚材掌管漢事以來，事無大小都由他操辦，自己隻是下詔而已，他會不會欺騙我呢？想到這他就命人將耶律楚材捆了，免去一切官職，聽候發落。一連幾天，窩闊台也不理睬耶律楚材的事。窩闊台也不想殺耶律楚材，隻不過想殺殺他的銳氣。幾天過去了，一天窩闊台早朝，命人將耶律楚材押上朝堂，讓人給他鬆綁。耶律楚材說：“陛下且慢，我是國家公輔，正式官員，前些天你命人將臣捆綁，是因為臣有罪，應當讓滿朝文武都明白，有罪就應該伏法，今天，你又把我釋放，是因為我無罪。這種國家大事哪能是出爾反爾之事，就像小孩玩遊戲一樣。如果像這樣，國家的大事，又怎能實行呢？”眾大臣都非常吃驚，認為耶律楚材是有點不知好歹，也都暗暗給耶律楚材捏把汗。窩闊台說：“我雖然是大汗，難道就沒有過錯嗎？”最後耶律楚材說：“如果陛下能答應做臣的十個條件，我就鬆綁。”
那麼耶律楚材提哪十個條件呢？第一，信賞罰，就是要求窩闊台對待大臣們應該賞罰得讓人信服。第二，正名分，就是做任何事，都應事出有名。第三，給俸祿，大臣的薪水應由國家按品級發給俸祿，不應讓大臣自己從下屬上貢的財物中支取。第四，官功臣，讓有功之人充當國家的官吏。第五，考殿試，通過科舉考試來選拔人才。第六，均科差，這是賦稅方麵的要求，蒙古統治者對待蒙古地區和中原地區的科差不一樣，對中原地區科差比較偏重。第七，選工匠，由於蒙古統治者對於有匠籍的人給予很大優惠，可以減免差役。所以有許多人冒入工匠籍，這樣國家的收入就減少了。第八，務農桑，蒙古貴族初下江南，許多人主張將南方的耕地改為牧場。耶律楚材非常反對這條意見，他認為將來的統治中心一定要南移，為了加強統治，就必須采取當地比較高級的耕作方法，所以他提出了務農桑。第九，定土貢，蒙古國有一習慣，就是每到節日，地方上的官都要向皇帝進奉禮物。耶律楚材以前也向窩闊台建議過，但窩闊台沒有采納，這次耶律楚材又舊話重提。第十，製漕運。耶律楚材說完這十個條件，太宗窩闊台樂了，他說：“愛卿你這十個條件我都依了。”原來耶律楚材在被押禁的一段時間內，大腦並沒有閑著，他針對當前社會的一些弊病，想出了十條解決的辦法。窩闊台再次命人給耶律楚材鬆綁，耶律楚材這才讓士兵鬆綁。