嶽飛被解除了兵權後，秦檜怕他還會再壞自己的事。紹興十一年（1141年）8月初，秦檜黨羽、禦史中丞何鑄與殿中侍禦史羅汝楫上章彈劾嶽飛爵高祿厚、誌滿意得，藐視朝廷、目無君主，要高宗對嶽飛“速賜處分，作就閑飼，以為不忠之戒”。
秦檜把副本交給嶽飛，逼迫他辭去樞密副使之職。
然而這仍不能使秦檜罷手，他下了至死方休的決心。10月，秦檜又勾結貪功嫉賢的張俊，收買了嶽飛的部將王俊，指使王俊誣告嶽飛的長子嶽雲及其部將張憲謀反，把二人逮捕下獄。接著，又派人到廬山把嶽飛騙至臨安，以謀反罪下獄，由禦史中丞何鑄負責審訊。何鑄曾受秦檜指使彈劾過嶽飛，可當他真正麵對這位精忠報國、凜然不屈的英雄時，聽他義正詞嚴地譴責秦檜的賣國罪行時，終於被嶽飛的一身正氣所懾服。他掉過頭來開始同秦檜據理力爭，為嶽飛辯解不白之冤。秦檜惱羞成怒，撤掉何鑄，改用萬俟內占繼續審理。
嶽飛被關入大理專獄後，韓世忠對這種無端的陷害恨之入骨。他質問秦檜：“王俊告發嶽飛有謀反之意，相國可曾查到了真憑實據？”麵對這咄咄逼人的質問，秦檜半晌無言，許久才奸笑道：“莫須有（也許有吧）。”韓世忠聽後憤憤說道：“‘莫須有’的罪證怎麼使天下人信服呢？”
這真是欲加之罪，何患無辭！然而嶽飛麵對如此卑劣的行徑和一係列慘不忍睹的嚴刑逼供卻從未屈服，拒絕在所謂的“供狀”上畫押。
朝野上下的正義呼聲使秦檜寢食不安，他深感事情拖延越久，自己越難下手。他白天黑夜在房間裏走來走去，那群無恥的黨羽也緊張地盯著他緊皺的兩眉、陰鷙的雙眼。他終於停下來，揮手做了一個“砍”的手勢。
紹興十一年十二月二十九日（1142年1月28日），正是舊曆除夕的前一天，杭州城的百姓忙忙碌碌地準備迎接新的一年，祈盼著來年的安康，從此不再妻離子散，不再國破家亡。然而就在這一天，嶽飛被押上了風波亭。他北望中原，感慨萬分，禁不住奮筆疾書“天日昭昭！天日昭昭！”八個大字，英勇就義。
一代忠臣良將就這樣被秦檜以“莫須有”的罪名陷害致死。嶽飛被害後，秦檜仿佛掃除了前進途中的最大障礙，從此眼前便是一馬平川了。