馬士英像曆史上所有的奸佞一樣，不但有強烈的權力欲，而且還有強烈的金錢欲。他通過種種卑劣手段聚斂錢財，中飽私囊。
江南地區自三國以來，經過曆代勞動人民的開發，到了明代已發展成為土地肥沃、物產富庶的經濟中心，成為明朝的主要賦稅供給區。早在宋代，大詞家柳永就極口稱讚江南的繁華和富庶。他描繪道：“煙柳亙橋，風簾翠幕，參差十萬人家”、“市列珠璣，戶盈羅綺，競豪奢”。他還寫到了江南如畫的風景，升平的生活：“有三秋桂子，十裏荷花，羌管弄晴，菱歌泛夜，嬉嬉釣叟蓮娃……千騎擁高牙，乘醉聽簫鼓。”升平安樂、美麗如畫的江南到了晚明則被馬士英一夥的搜刮聚斂弄成了一座蕭條淒涼的人間地獄。
江南的水陸交通很發達。馬士英就把貪婪的目光投向了江南的水上航運業。他在長江各處遍設關卡，並由太監親自坐鎮，對過往船隻課以重稅，每隻船所征稅額高達200至300兩銀子。
當時，江南人民盼望朝廷能夠厲兵秣馬，重振旗鼓，收複京師。馬士英便利用人們的這種普遍心情，打著“興複”、“助餉”旗號，到各地去搜括錢財。他不但巧立名目進行搜括，還大幅度提高鹽、酒等日常生活必需品的稅額，以致賣一斤老酒就得征一文錢。這些錢財絲毫未用做軍餉，反而源源不斷流入馬士英私囊。
飽受戰亂及水旱災害蹂躪的江南經濟經過反複折騰，更加凋弊不堪。老百姓為了活命，不得不背井離鄉，流落四方，出現了“萬井悲風，千裏赤地；蒿萊極目，雞犬無聲”的淒涼景象。但權奸馬士英所想到的隻是自己的私利，哪裏會顧及老百姓死活？不久，馬士英別出心裁地想出了一個生財絕招。他上疏給皇帝，說現在國庫空虛，財源枯竭，為籌措經費計，請求免除府州縣的童生應試，改為以交納錢銀多少確定童生名次。皇帝聽說國庫空虛，感到很緊張，因為這意味著自己玩樂享受的物質基礎受到威脅。因此當即糊裏糊塗地同意了馬士英的主意。馬士英遂作出詳細規定：交納銀錢多的，可以不經過考試，便可穩穩當當地獲得生員資格。並同時規定，上等戶人家必須交納六兩銀子，中等戶四兩，下等戶三兩，直接送到學院查收。一時間，各地一哄而起，生員人數劇增。當時溧陽知縣李思謨對這種現象很是不滿，下令停止溧陽童生納錢的做法，但馬上被馬士英連降了五級。
這種納錢代考的風氣很快蔓延開來，使得賣官鬻爵的勾當愈演愈烈，甚至連朝官也可用錢買。馬士英規定了許多官職的價格。如，武英殿中書納銀九百兩，文華中書納銀1500兩，內閣中書納銀2000兩，待詔納銀3000兩。於是，許多豪強縉紳趨之若鶩，一時間搞得烏煙瘴氣，朝政極為腐敗黑暗。正如一首民謠所諷刺的那樣：
中書隨地有，都督滿街走；
監紀多如羊，職方賤如狗；
陰起千年塵，拔貢一呈首；
掃盡江南錢，填塞馬家口。