政變後的幾天中，維新派和支持變未能的帝黨官員或被捕、或革職、或遭終身監禁，無一幸免。對於一切新政，當然要一律推翻。慈禧為了表明她“勇於納諫”和並不專權，一天，她詢問大臣：“新政和祖宗的法各有什麼利弊？”在場的榮祿裝著很公允的樣子說：“變法是為了富強，也不是不可以。但富強之道，無非是開礦、通商、練兵、製造機器罷了。其他治國的大經大法，祖宗早就替我們想得很周到了，決不允許有什麼變更。”與此同時，朝中的滿族官員還聯名上疏，請求慈禧廢除新政。這樣已經廢棄的八股製度，已經裁撤的衙門，已經罷免的官員又統統恢複了。
慈禧是一心想廢黜光緒的。但是，了解中外大事的軍機大臣榮祿不讚同此事。然而勸說慈禧談何容易，榮祿為此內心極為焦躁。適逢大學士李鴻章受諭任兩廣總督。在上任前，他向榮祿辭行，見榮祿麵帶憂色，就問道：“什麼事令你這樣煩憂？”榮祿憂心忡忡地答道：“南海雖邊遠，但實在是一大都會。你到那兒任職，朝廷就無南顧之憂了。你此次出行將高舉遠引，跳出是非之圈，福誠無量。而我受恩至大，責任也最重。近日來，求生不能，求死不得，真不知該如何是好？”接著，榮祿把慈禧欲廢黜光緒帝的謀劃和盤托出，告訴李鴻章。李鴻章還未聽完，便急切地高聲說道：“此等大事，現在怎能這麼做？試問你有幾個頭顱，敢於嚐試此事？如果嚐試，必定危險萬狀。各國駐京使臣，首先抗議。各省疆臣，更會有仗義聲討之舉。你應該速去密陳太後，成敗利鈍，在此一舉！”榮祿聞此言，悵然若失，感到非同小可，馬上請求單獨召見。
慈禧召見了榮祿，榮祿問：“傳聞將有廢帝之事，是嗎？”慈禧反問道：“你認為廢帝之事行嗎？”這時並不同於朝堂之上、群臣之前，榮祿用不著拐彎抹角，他直率地說：“太後要行廢立之事，誰敢說不行！但現在他的罪狀還不充分，一旦廢棄，難免會引起混亂。所以，奴才以為這件事不可不慎重！”榮祿的擔心不是沒有根據。自政變之後，輿論紛紛，人情洶洶。“皇帝有病，生命垂危”，甚至“要換皇帝”這類傳說遍及全國。有的報紙還公開作了宣傳。大臣們對廢黜光緒的意見也不一致。有些大臣反對廢帝，而有些大臣卻極力策劃廢帝活動，如崇綺、徐桐等擬就請求廢帝的奏疏後，曾拉最受西太後寵信的實權派官僚榮祿署名，準備讓他領頭搞聯名奏請。但榮祿此人更有心計，他對內外的反應一直有所顧忌，尤其是惟恐惹怒列強以致不好收拾。因此，榮祿不願在廢帝的事上搞得過分露骨，對崇綺、徐桐的再三鼓勵沒有明確表態。榮祿看慈禧麵有難色，於是獻上了一條“妙計”：“現在皇帝年齡已大，一直沒有皇子，不如選擇宗室近友為大阿哥，當皇上的嗣子，兼嗣穆宗（同治帝），皇帝當年接任的詔書中已經講了這層意思，別人不會說長道短。太後可把大阿哥弄來，養在宮中，慢慢用他來取代皇上，這不是名正言順的事情嗎？”
光緒二十五年（公元1900年）臘月二十四日，慈禧宣布以光緒帝名義頒發的立儲詔書：立端王載漪之子溥儀為大阿哥。