繼維新變法失敗之後，在中國又出現了“山雨欲來風滿樓”的局麵，不久就產生了震撼世界的義和團運動。
對義和團是撫還是剿，慈禧猶豫不定，群臣也眾說紛紜，莫衷一是。而榮祿善觀顏色，並作了周密的思考，他表麵上反對招撫義和團，而暗中卻支持縱容義和團來對付洋人。
恰在慈禧猶豫不決時，載漪抓住了西太後內心活動的症結，唆使人偽造了一個“清太後歸政，廢大阿哥”等為內容的“外交團照會”。這個照會是通過榮祿傳到西太後手中的。而榮祿收到這一密（稟）後，沒有經過一番研究和推敲，也沒有與當時熟悉外情的許景澄、袁昶等人詳密商量，確定其消息來源是否可靠，就火速稟報了太後。這樣，西太後大發雷霆，決意向洋人宣戰。
這次戰爭除天津方麵的戰鬥外，在北京，主要是清軍與義和團共同包圍攻打使館。攻打使館的主要是兩支部隊，一支是榮祿統轄下的董福祥的甘軍，另一支是榮祿直接指揮的武衛中軍。這兩支很有戰鬥力的部隊猛烈地進攻了使館，但是進攻的對象也是有所選擇的。
義和團和榮祿、董福祥的軍隊攻了十幾天後，並無進展，於是又把武衛軍的炮隊調去助攻，大炮架設在城牆上，距使館咫尺之地。隻要大炮一發，使館將夷為平地。但炮隊的統領張懷芝卻想到了後果，立即找榮祿說：“現在不怕使館攻不下，就怕攻下後引起麻煩。到時候，我將成為罪魁禍首了。請中堂大人發一道手令，我好遵照辦事。”榮祿穩坐在他的虎皮交椅上，半閉著眼睛，一言不發。張懷芝又說：“中堂大人不說話，我是不會走的。”榮祿無奈，才慢吞吞地說：“橫豎大炮一響，宮裏總是聽得見的。”張懷芝恍然大悟，就命令炮隊向使館後的空地上射擊。一天一夜，炮聲不絕，耗費了彈藥無數，使館卻未損分毫。
慈禧等人在大敵當前、困難深重之際仍然致力於清算戊戌變法，孤立乃至廢掉光緒，接連下令殺害曾支持戊戌變法和光緒帝的官員。榮祿對慈禧的舉動有點擔心，在殺五大臣時，榮祿曾對慈禧委婉地說：“祖宗時不輕易殺戮大臣，臣誠請太後三思而行。”但榮祿的委婉規勸絲毫無效，反遭到慈禧的一頓怒斥。隻是在殺大學士王文韶時，榮祿又出麵勸解，以“文韶忠謹，曆事多，人言不足信”為由，王文韶方才獲免。
聽說八國聯軍打到北京了，慈禧驚惶失措，同榮祿策劃，準備西逃。榮祿建議道：“應當首先給使館一封書信，請求停戰、議和，我想，他們是會同意的。”慈禧聽後似感到絕處逢生，連連點頭，但又擔心光緒會落到洋人手中，所以還是決定西逃。
慈禧西逃後，榮祿充任留京辦事大臣。不久，慈禧又命榮祿為全權大臣，與洋人議和，但洋人不允。榮祿在義和團運動期間，曾以武衛中軍攻打使館，而董福祥又是榮祿的部下。洋人殺禍首，榮祿自然在名單之中。榮祿於是求救於李鴻章。李鴻章與榮祿交情甚篤，又經常與洋人打交道，經他出麵求情，榮祿才得以脫身事外。