牛頓在劍橋大學所用的筆記本，是他入學後最早買的，正是這個筆記本，讓他記錄下了自己的讀書體會，這個筆記本充分體現了他勤奮思索、大膽實驗的治學風格。
牛頓在劍橋買的最早的兩本書是：霍爾的《編年史》與斯雷登的《四王朝》。雖然在牛頓的本科生筆記中沒有留下什麼讀書心得，但是編年法卻留了下來，並一直沿用著，這與他研究預言有著密切的聯係，看來他對這點是比較感興趣的。
根據牛頓在臨終前的一次談話來看，也就是在1663年的時候，他考察過天罡占星術，但是時間不是很長。因為占星術沒有列入課程中。
語言學和哲學是當時比較流行的學科，是當時知識界比較感興趣的課程，生動形象，非常有活力。但是，這兩門學科與所學課程不相融合，牛頓還是頗有興致的學習這兩門課程。
他在本科學習期間，曾接觸過這些文獻，對語音學有了興趣。但是這些興趣沒有堅持多久，便被哲學的興趣給占據了，從此以後，他就沒有研究過語言學。
他在記錄學習心得時，是從筆記本的兩端開始的，而中間大部分都是空白的。有兩頁記錄著笛卡兒的形而上學，這兩頁使他正閱讀的亞裏士多德哲學突然停止了。
隨後的幾頁成為了“哲學問題表”，還寫上了小標題，準備記錄新閱讀材料。再後麵，他在標題“柏拉圖和亞裏士多德是最好的朋友”上方寫下一句口號。不論後麵再寫什麼東西，不再有柏拉圖和亞裏士多德任何觀點。
學習筆記中的“問題表”，從頭至尾都記錄著讀笛卡兒著作的心得，可以說牛頓把笛卡兒的著作完全吸收了，但是從來沒有對亞裏士多德這樣做過。
事實上，牛頓沒有完全依靠笛卡兒的思路走，他還讀過奧爾特·查爾敦的英文概要和皮埃·加爾蒂的譯本，也許還有其他的原著。他讀過伽利略的《對話》，但卻沒有讀過伽利略的《談話錄》。他讀過托馬斯·霍卜斯、亨利·莫爾、約瑟夫·葛蘭威爾、羅伯特·波義耳、凱納耳姆·第戈比等人的著作。
劍橋大學的學習和把牛頓引向新哲學沒有多大聯係。當時笛卡兒已是大名鼎鼎，也不需要導師再提出任何建議。應用笛卡兒的學說那是確定了的，尤其是劍橋大學的那些活躍分子。牛頓對笛卡兒也很向往，並下定決心來研究他。
除了笛卡兒之外，牛頓已經由一位作者引到了另一位作者，直至達到全新的思想天地。牛頓最終發現了自己在劍橋應該追尋的東西，並且將它們據為己有。這也正是劍橋的寬鬆環境所帶給他的方便，也由於他的導師沒有對他進行任何幹擾，牛頓才得以毫無妨礙地追逐自己的興趣。
在學習筆記中，牛頓定下許多小標題，以此來記錄自己的讀書心得。小標題從物質特性、地點、時間和運動等一般題目開始，到宇宙的秩序，接著是大量的感官特征如稀度、流度、軟度，隨後是關於劇烈運動、隱秘特征、光、色、視覺、一般感覺等問題，最後結束時的各種問題，有些在最初的目錄中並沒有出現。