不過，有的標題下麵什麼也沒寫，而其他的標題下麵寫得比較多，那一頁寫不完，就另找地方續寫。說明問題表合理地表達出牛頓不斷探索的精神。
牛頓這種探索的產物之一就是對永恒運動發生了興趣。機械哲學所描繪的世界處於不斷的流動之中。牛頓想到了各種設備如成形的風車與水車，以此來開發不可見物質的流動。
例如，他認為重力就是由一種不可捉摸的不可見物質下降而引起的，它作用於所有物體，使它們下落。“凡重力射線可通過反射或折射而製止的，就可通過這兩種方法之一得到永恒運動。”他還畫出了能使不可見物質流旋轉設備的草圖，在“磁學”的標題下，他也畫出了模擬設備。
牛頓的推論，從整體上反映出了他的功績，這也預示了他在科學生涯當中，將專注的課題以及他著手研討的這些課題的方法。他所列出的一組標題而且表達了它們的內容，這是牛頓的實驗探詢法的基礎。
在“天上的物質與天體”這一標題下，牛頓增加了幾個問題。他指出：“依據笛卡兒的理論，日食、月食是不可能發生的，因為堅實的物體和天上的流體物質都可以在旋渦中傳遞壓力。在這些段落中，每一條意見都表示一個實驗，一個對一種臨界現象的觀察。如果這種理論成立的話，那麼這種現象就會出現的。”
在波義耳的著作當中，牛頓發現了試驗這種理論的一個建議：將潮汐與氣壓計的讀數聯係在一起，就會得出同樣的壓力。
牛頓對光和視覺也產生了濃厚的興趣，在做這方麵的實驗時，不需要任何設備，隻需兩隻眼睛。當他全神投入進去時，從來不考慮任何後果。
在做一個幻覺實驗時，他用一隻眼睛長時間看太陽，直到眼睛看到的所有白色物體變成紅色，黑色物體成了藍色為止。“我眼中的精靈好像五彩斑讕的陽光迷住了”，物體慢慢恢複正常時，他就閉上眼睛，“增強自己看到太陽的幻覺”。
這時，他眼前就會出現各種各樣的斑點，且顏色不一，他再次睜開眼後，白色的物體又變成紅色，黑色的物體又變成藍色，這就好像他一直在看著太陽，沒有離開過似的。他得出結論：他的幻覺能像太陽一樣充分激勵其光感神經。
牛頓這樣做實驗，差不多要把他雙眼都給毀了，他隻好停下來，接連下來的幾天都待在黑暗環境中，這才使色彩的幻覺消失。從那以後，牛頓不再把精力放在太陽上了，但是從來沒有讓自己的眼睛停下來。
過了一年後，他在研究顏色的理論時，拿出了一把錐子，並放在眼睛與下眼眶之間，慢慢壓近眼睛的底部，以此來改變視網膜的曲率，邊壓邊觀察出現的各種色圈。為了抓住機會去發現未知的東西，牛頓是從來不考慮後果的。