但是，我們能感覺到他頭腦中萬有引力觀念的形成過程。很多人認為，彗星是來自於外界，並不屬於太陽係，也不受它的規律約束。胡克對於彗星作出解釋時，就把它從天體間的引力中排除了。哈雷在1680年也持相同看法。
牛頓給弗蘭姆特斯的信中也提到了這一點，他隻是將這種力視為太陽係的特例，太陽係包括相關的天體。這個時候他並沒有歸納出萬有引力定律。
這段時間牛頓和弗蘭姆特斯的信件往來比較頻繁，他倆的合作很愉快，但後來因為牛頓急於證實他的理論，頻頻催促弗蘭姆特斯寄給他資料，弗蘭姆特斯慢慢感覺到心力交瘁，力所不及，但仍對牛頓的理論評價極高。在他給牛頓的信上說：“我的工作就像在收集金砂一樣，而您卻將它淘洗成了純金，而且又做了進一步加工，使它變成了精美的、更加實用的成品。如果沒有您的細心思考，我的工作就可能變得沒有價值。”
他們兩人合作一段很長的時間之後，弗蘭姆特斯因為辛勞過度，身體健康情況變得很糟，並患上很嚴重的頭痛症。
牛頓由於長期為精神衰弱所困擾，也知道疾病帶來的痛苦，他很及時地寫信給弗蘭姆特斯，信中充滿同情與關懷：
親愛的弗蘭姆特斯：
收到您的來信，知道您最近頭痛比較厲害，我非常地關切。弗多勒博士也曾有過這樣的困擾，他拿了一塊布纏住頭骨部分，使它感覺麻痹，這樣會感覺好一些，也許這是比較好的治療方法，您可以試一試。
弗蘭姆特斯感覺到牛頓無微不至的關懷，他很想繼續為牛頓提供一些觀測資料，可是身體實在支撐不了，他隻好放棄。不過，還有其他原因，他一直都不太喜歡哈雷這個人，他擔心自己會成為哈雷的工具。由於弗蘭姆特斯不再提供月球的觀測資料，牛頓的研究工作也隻有暫時擱下。
雖然牛頓沒有與弗蘭姆特斯繼續通信，但他對彗星的興趣還沒有消退。當1682年的彗星出現時，他認真觀察並記錄了它的位置。1680年以後的時間裏，牛頓係統地收集記錄有關彗星的信息，用標題進行了分類，比如，與太陽相對的算為一類。
牛頓改變了對彗星軌跡的看法。他斷言太陽和行星的向心引力，與距離成平方反比，並且認定太陽的引力要比行星大得多。同時，在一係列關於彗星的論述中，他放棄了彗星的直線軌跡的見解，並接受其曲線軌跡。最大曲點與近日點相合。如果彗星返回，曲線就是一個“橢圓”，如果不返回，那麼它就接近一條雙曲線了。無論牛頓在1681年春天是如何勉強，他還是發現了行星軌道動力學可以應用於彗星。
1695年9月，牛頓寫了一封信，信中對弗蘭姆特斯說：
哈雷根據我研究的結果，推算出他在1683年算出來的彗星軌道，和你的觀測結果是相同的，對你所提供的資料表示感謝。
前些日子我從家鄉回來，最近還想再去玩一玩，恐怕對月球問題的研究還要放一放，剛好你可以趁這個機會，好好養身。
這是牛頓給弗蘭姆特斯的最後一封信，自此以後，兩人就沒有書信來往了。