在“清流四諫”中，張佩綸表現最為突出，動輒彈劾大臣。例如：侍郎賀壽慈，尚書萬青藜、都被彈劾而丟官罷職。寶廷比較圓滑，看到“清流”占盡了風頭，後麵有李鴻藻撐腰，又有慈禧放縱，也跟著參劾大臣。
等到“清流”失勢，他馬上給自己安了一個“風流”的罪名，要求降罪罷官。從那以後，他就再也沒有出來做官，自己飲酒賦詩，樂得逍遙。黃體芳上疏彈劾董恂，皇帝以為措辭過激而沒有采用，本應降兩級任用，因忠心可嘉，免予處分。陳寶琛曾上書彈劾寶望，不久，皇帝下詔說：“寶鋆在軍機大臣職位上供職多年，還沒有過失。陳寶琛說你害怕困難，做事看情麵，沒有確實的證據。但是，既然有了這一奏折，說明你在平時不能與大臣友善，致使別人參奏你。你深受皇恩，尚有精力。應該為國盡忠，以公事為先。對工作要殫精竭慮，不能因循守舊。今降為副職。”看來，朝廷還是對“清流”有縱容的嫌疑。
對於他們的意見，基本上是有奏折必然處理，言辭過激也不予追究。
“清流”們在肅清政治，維護清王朝的統治方麵，確實起到了很大的作用，但是，當戰爭真正來臨的時候，僅憑他們的一腔報國熱情是無濟於事的。
1882年4月，法軍在越南攻陷河內，企圖向北越過紅河，進犯雲南，黑旗軍將領劉永福率部抗擊法軍。8月，法軍把侵略的矛頭指向中國。一麵封鎖東京灣，一麵要挾清政府撤回劉永福的黑旗軍。是戰是和，在清政府內部出現了兩派勢力。李鴻章、奕訢等人是主和派；左宗棠、曾國荃等人是主戰派。“清流”們理所當然積極主戰，陳寶琛、張佩綸聯合上《陳越南兵事折》，極力保薦雲南巡撫唐炯、廣西布政使徐延旭率軍進入越南，支援越南軍隊抗擊法軍。他們的一番慷慨陳詞，堅定了朝廷出兵援越的決心，依二人所奏，派唐炯、徐延旭帶兵進入越南。後來，因為唐徐指揮無能，在北寧、太原被法軍打得潰不成軍。朝廷震怒，將這兩位大臣，革職查辦，定為“斬監候”。軍機大臣奕新被慈禧太後說成是因循守舊、貽誤戰機，然後把他趕出軍機處，接替奕新是慈禧一派的奕譞。
唐徐二人的越南兵敗深深刺痛了陳寶琛。其中固然有指揮、士氣等各方麵的原因，但是主要的還是法國軍隊素質較高，使用的武器先進，以及完善的後勤保障等方麵的因素。想罷多時，覺得必須把自己的想法上奏朝廷，就寫了一封奏折。奏折分析了唐徐二人越南兵敗的原因，建議清軍也要參照西方的軍隊進行訓練，並對如何籌集軍費、如何選用軍官、如何練兵、如何製造使用武器提出了自己的想法。主張建設軍隊要根據日時代的變化而變化，任用的大臣要有務實的精神，籌集軍費要有長期持久的機製。朝廷研究了陳寶琛的奏折，認為挽救時局就得依靠這些有見識的“清流”們，於是把這些人派到地方上擔任軍職。陳寶琛被派為南洋會辦大臣，吳大澄被派為北洋會辦大臣，張佩綸被派為福建會辦大臣。
慈禧這樣處理以後，繼續謀求對法國議和，奕譞入主軍機處以後，派李鴻章向法國尋求妥協。李鴻章通過德國出麵調停，最後終於促成了與法國的談判，於1884年5月11日在天津簽訂了《中法簡明條約》。哪知條約簽訂以後，還不到期限，法國就要接管越南北部的清軍防地，並於6月下旬進攻諒山，炮擊清軍陣地，打死清軍代表。清軍被迫還擊，將法軍擊退。這次事件本來是法國首先違約，但它通過外交途徑向清政府提出抗議，要求中國立刻從越南北部撤軍，賠償軍費2.5億法郎。
清政府於是派曾國荃為全權代表、陳寶琛為會辦，與法國人進行談判。曾國荃在談判之前，曾接到上諭，告訴他清政府的底線：賠償費用萬萬不能答應；越南須照舊向清政府進貢；劉永福的軍隊，如果法國人提到，必須由清政府安排處理；中越分界線應在關外的無人地帶劃分；中法在雲南通商，地點應選在保勝，法國人抽取的稅金不能超過百分之五等等。讓曾國荃可以在上述條件以內靈活掌握，全權負責。於是，曾國荃、陳寶琛在上海與法國代表談判。可是在談判中，曾國荃利用手中的權力，擅自許諾賠償法軍撫恤費50萬兩白銀。陳寶琛氣得當時就離席而去。回到住所，陳寶琛餘怒未消，對曾國荃說：“這次本來是法國人的責任，我們絲毫不能退讓，況且朝廷有旨在先，‘賠償軍費，萬萬不可答應。’在明天的談判中，你要立刻收回你所說的話。不然的話，我立刻上奏朝廷。”曾國荃也有滿肚子的委屈，就沒有好氣地說：“你不當家不知道柴米貴，完全按照朝廷的意思，能談得下來嗎？談判破裂以後，法國人接著進兵就有了借口，再發生戰爭，誰負這個責任？將在外君命有所不受，既然朝廷讓我做全權代表，我就應該當機立斷。以少量的賠款換取罷兵休戰，這不很好嗎？”陳寶琛一聽這話，更上火了：“國家沒有尊嚴，全是你們這樣的苟且求全之輩，一味屈服於外國的勢力。如果無理的戰爭就能得到賠款，我們的國家就會更多的被歧視。今天是法國，明天是英國，後天是美國，這樣，我們大清不就完了嗎？”就這樣，你說我苟且求全，我說你危言聳聽，你一言我一語的就爭吵起來了。到了晚上，陳寶琛覺也沒睡，就連夜寫起了上奏的折子。大意是說曾國荃苟且求全，擅改聖意，有損我大清國威，要求撤職查辦、另派代表。不久，上諭就下來了。要求陳寶琛對曾國荃奉旨申斥。曾國荃受到申斥以後，心中很難受，也很不服氣，朝廷不知談判之艱難，現在是真的談不下來呀。維護朝廷尊嚴，我已經盡了力了。於是也連夜寫了奏折，大意是：陳寶琛在上海時，不顧談判的艱難，經常說一些不切實際的高論，每一件事都與我發生抵觸。