在某些大是大非問題上，法藏始終能把握好分寸，與時俱進，甚至為國分憂。武周萬歲通天元年（696）五月，契丹族首領李盡忠等，在今遼寧朝陽一帶舉兵反唐，造成大亂，近七八個月的時間，叛軍連陷幾座城池，矛頭直指河北中南部一帶，唐朝十八萬大軍棄甲而逃。在這緊急關頭，武則天又調二十萬軍隊出師討伐，同時還詔令法藏依經作法，協助王師。君令如山倒，法藏於是沐浴更衣，建立道場，內部放置十一麵觀音像，默默吟念祈禱。據說數日後，叛軍看見有無數神兵洶湧而至，觀音騰空閃現，一時間，天鼓之聲不絕於耳，敵兵膽戰心驚，不戰自亂。唐軍隨即平定叛逆。武則天大喜，稱讚法藏的恩德和神兵的威力，於是改年號為神功元年。
當然，將法藏的法力吹得神乎其神，似乎可抵幾十萬大軍，的確言過其實，但就客觀效果而言，他對穩定人心、鼓舞鬥誌，也曾產生了一定的影響。
五 重譯華嚴
武周聖曆二年（699），法藏以近六十歲的高齡，參與重新翻譯《華嚴經》。
《華嚴經》全稱為《大方廣佛華嚴經》，又稱《雜華經》，是印度大乘佛學經典的一部分。大約在公元二——四世紀之間，南印度、西北印度和中印度都先後流行《華嚴經》。我國在東漢時，《華嚴經》中的《兜沙經》，就已經有了譯本，至唐朝時，有關此經的篇章譯本就達三十五部之多，但其中較早、較全的漢譯本，當屬東晉時譯注的《華嚴經》，分六十卷三十四品。不足的是，晉譯經卷，譯文繁雜，許多地方不符合原意，並且《入法界品》內有兩處脫落。三百多年以來，晉譯本照舊，無人更改，法藏時常歎息，有時默默凝視西天，希望有所補救。680年，中印度和尚雲日照來中國時，正好帶來了《華嚴經》的梵文典籍。當法藏知道雲日照所帶梵文本中有《入法界品》時，他便和雲日照一起，翻譯、校對、查尋。據說二人譯注時發出的聲音，如雷震蕩。
《人法界品》終於被完整地譯成漢文，整個譯文流利順暢，言簡意賅。
天授元年（690），是個在中國曆史上永載史冊的年代。這一年，武則天終於廢棄唐朝，改國號為周，自稱聖神皇帝，將洛陽改為神都。同時，武則天向天下頒布《大雲經》，在全國各地興建大雲寺。之所以如此，據說後涼時曇無讖翻譯的《大雲經》中，記載有菩薩“為化眾生，現受女身”的說法。於是有些人就穿鑿附會，說武則天就是彌勒佛降世，應該代替李唐作皇帝。武則天建立周朝後，就廣泛推行崇佛政策，她派遣使者，去今天和田一帶，請來沙門實叉難陀（中譯：雲喜學），讓其講解佛經。
同時又詔令法藏去洛陽大遍空寺，共同參加筆受。
武周證聖元年（695）初，法藏從長安出發，奔向洛陽。長安至洛陽，大約有八百五十裏的路程，又值冬季，寒風刺骨，黃土滾滾。潼關、函穀關兩側，聳立著數十丈高的斷崖絕壁，綿延數十裏。大約二三月間，法藏抵達洛陽，他不顧旅途勞累，立即投身譯場。真是天公作美，這次翻譯的正是《華嚴經》，而義淨、弘景、圓測、神英、法寶等各位名僧大師，均列席就坐，真是人才濟濟，滿堂生輝。法藏奉旨進行筆受。這次翻譯搞得有條有理，壯觀非凡，譯經寺前，百葉蓮花盛開，譯經寺內，各位大師字斟句酌，勤勉有加。
有一天，武則天興致勃勃地光臨大遍空寺，親自探視翻譯進展情況，並賞賜飯食，以示慰勞。武則天的幸臨，表明皇室對佛教事業的關心和支持，法藏等人譯經的勁頭更足了，信心更大了。後來，譯經場所改到佛授記寺，法藏愈顯得精神煥發，老當益壯，他借這次新譯的有利時機，將以前雲日照補譯的兩段經文插入新譯經書。這次譯經時間長達四年之久，至武周聖曆二年（699）方才完成，新譯《華嚴經》長達八十卷。
這次新譯的《華嚴經》，盡管增添上《如來現相》、《普賢三昧》、《華嚴世界》等，可仍有遺漏。為了填補缺陷，求真求全，法藏不厭其煩，全身投入，他以晉唐兩譯本對照梵本，把雲日照的譯文補在雲喜學的缺遺處，使得整部《華嚴經》文續義連，流傳至今。後人讚頌他的貢獻時說：“彌補缺漏，譯全華嚴，就好像將初期的小泉細水變成大泉急流，也恰恰相似月虧達到月圓，一片圓明，光耀輝煌。”
武周聖曆二年（699），佛授記寺各位大德法師，邀請法藏在本寺演講新譯成的《華嚴經》。武則天聽到消息後，特頒敕令，宣布十月五日為開始講演之日。這一講，法藏思路開闊，引經據典，揮灑自如，發揮得體，贏得普遍好評。臘月十二日晚，這已是他兩個多月以來，連續講經的又一個晚上，他滿懷自信和自豪感，覺得以前未曾有過的興奮、舒服和快樂，他聲若洪鍾，氣勢磅礴，當講到《華藏世界品》時，講堂和寺院忽然發生震動吼聲。