崇禎十七年（1644年）五月，王夫之聽到李自成指揮大順軍攻入北京、崇禎帝自縊和寧遠總兵吳三桂引清兵入關，以及清統治者進入北京等消息，非常震驚，“數日不食，作《悲憤詩》一百韻，吟已輒哭”。不久，王夫之聽說福王朱由崧在南京即位（即弘光帝），感到十分激奮。十月，他赴東安訪友，了解到弘光朝廷的君臣對占據北京並調兵南下的滿洲貴族缺乏警戒，不禁發出了“擊楫意不伸，臣浪終難弭”的慨歎，表現了對時局的深憂。在這種心情的支配下，他決定繼續在南嶽的深山中隱居，並在那“層巒聳翠，瀑布飛濺”，“景色清幽，人跡罕至”的蓮花峰的半山腰建造“續夢庵”，作為自己和父母等的“避兵常居之所”。
順治二年（1645年）夏，明湖廣提學道堵胤錫興修南嶽的二賢祠（祀朱熹、張栻），囑咐王夫之和王介之、夏汝弼經營其事，增建前棟。不久，王夫之聽說清軍攻破南京，弘光帝在蕪湖被俘，續寫了《悲憤詩》一百韻。閏六月，南明駐紮於衡山燕子窩的黃朝宣部和駐紮於攸縣的張先壁部，肆行搶掠，“弱肉強食”，當地和鄰近地區的人民，備受荼毒。王夫之和二哥參之侍奉父親王朝聘到耒陽、興寧（即資興縣）和永興避難。十一月，他們才回到南嶽“續夢庵”。適堵胤錫重建方廣寺，便托王夫之和王介之、管嗣裘、夏汝弼襄助。
順治三年（1646年），王夫之開始研讀《周易》。他將研讀《周易》的一些心得，分別寫成劄記（後編為《周易稗疏》），為以後進行係統的探索作好準備。接著，他編纂《蓮花誌》五卷，對南嶽蓮花峰的“沿革”“形勝”“古跡”“名遊”“祀典”“禪宿”“物產”等，都作了簡明的敘述。三月，王夫之到湘鄉訪友。他通過耳聞目見，覺得湖廣地區存在著危機：南明湖廣總督何騰蛟於上年九月接受了大順軍將領劉體純、袁宗第、郝搖旗等聯合抗清的要求。
不久，何又同意與統率大順軍主力部隊的李錦、高一功和李自成之妻高氏聯合抗清，並奏準隆武帝（南明第二任皇帝），將這一部分大順軍稱為“忠貞營”，由提學道堵胤錫負責“節製”。隆武帝擢堵胤錫為僉都禦史，巡撫湖廣。由於湖廣地區駐軍近百萬（包括南明部隊和大順軍），籌劃糧餉，極為困難，因而何騰蛟便創辦“義餉”，增加租稅，每畝田地較原額增加五倍多，仍不敷開支，又預征兩年的錢糧。“賕吏承風，追呼每劇，又開告訐，籍沒民財充餉，旦夕傾數十家以為常。”弄得物議紛騰，人心動搖。同時，何騰蛟和堵胤錫各為督師（何為湖南督師，堵為湖北督師），存在矛盾，互相傾軋，這對於開展抗清鬥爭，是極不利的。王夫之了解到上述情況，非常焦急，就冒著“盛夏”的酷熱，前往湘陰，會見了湖北巡撫章曠（王夫之於崇禎十五年參加鄉試時的房考官）“指畫兵食，請調和南北督師，防潰變”。對於籌劃“兵食”一事，章曠隻是點點頭，而對於王夫之請求他調解何騰蛟和堵胤錫之間的矛盾，他卻有所諱忌，竟對王夫之說：“本無異同，不必過慮。”王夫之不敢再說，就失望地回去了。
王夫之提出的意見，章曠並未付諸實現（當然，也難以實現），所以他憂慮的問題終於發生：一方麵，苛峻的征斂仍未能滿足境內駐軍的糧餉的需要，那些駐軍（主要是南明原有的軍隊）就肆行劫掠，大失民心，而劉體純、袁宗第率領的大順軍，則因缺乏糧餉而考慮脫離何騰蛟（冬，劉、袁率軍離開長沙北上）；另一方麵，何騰蛟和堵胤錫之間的矛盾未能解決，而“兩府幕賓，半無賴士，益相構煽，遂成猜離，湖南北不相協應，而瓦解之形勢成矣”。
九月，王夫之得到隆武帝於汀州（治今福建長汀）被清軍擒殺的消息，又續作《悲憤詩》一百韻。此時，王朝聘也很悲痛，為了假經術以議政，他命王夫之記錄他關於《春秋》的學說。他認為胡安國所著《春秋傳》中的一些內容，如強調“兵權不可以假人”，旨在重“內防”而“削指臂之勢”，乃是“以趙普猜製之術說《春秋》”，對後世十分有害；又如沿襲劉向、劉歆“尚變複”的觀點而“核災異，指事應”，也是荒謬的。因此，他要王夫之把他這些研究《春秋》的見解記錄下來，以期有裨於世。當時王夫之隻錄其梗概，作為以後撰寫專著的基礎。十一月初四，王夫之的妻子陶氏病故，年僅25歲。