順治四年（1647年）四月，王夫之聽說永曆帝（南明第三任皇帝）因清軍的追攻而輾轉來到武岡，感到很興奮，就和好友夏汝弼商量，決定奔往辰、沅（今湖南辰溪、沅陵一帶），尋找督師堵胤錫，想通過堵的推薦，然後前往武岡，在永曆朝廷供職，為抗清事業出力。不料剛走到車駕山（在湘陰縣西南九十裏），因大雨連綿，風雷交加，道路泥濘，難以行走，就被迫停留下來。正當他們困頓不堪時，忽然遇到當地士人蕭常賡。
蕭和夏汝弼是舊相識，就邀他們到自己家裏去，“破壁相容”。由於孔有德率領清軍經長沙攻入湘潭，偵邏四出，人人自危，王夫之就和夏汝弼“披榛徑”，登上了“特立於群山之表”的白石峰，在那裏躲藏。八月十四日，王夫之的二哥王參之病亡。王朝聘於悲傷之際，寫信將此事告知王夫之，並叮囑：“汝若自愛，切不須歸，勿以我為念。”寄出這封信的第二天，王朝聘也病倒了。王夫之收到父親的信後，獲悉家中變故，心裏非常不安，就日夜奔波，回到了家裏。他的大哥王介之已“踉蹌先歸”。王朝聘見兩個兒子都冒險回來，很不高興，立刻叫人抬了他，和妻子譚氏及兩個兒子到南嶽潛聖峰居住，以免兒子遭受清統治者及其爪牙的迫害。
十一月十八日王朝聘逝世，年78歲。他病危時叮囑王夫之兄弟：他死後，要把他葬在這“幽迥遠人間”的山麓，勿載“遺形過城市，與腥臊相涉”。這幾句話，充分表現了王朝聘仇恨清統治者的思想，這對王夫之兄弟產生了深刻的影響。
王夫之自父親死後，就和母親譚氏及侄兒王敉（王參之長子）隱居於南嶽蓮花峰的“續夢庵”。他遵禮“守製”，一麵潛心研究《周易》，一麵注視著時局的發展，期待著出現有利的時機去參加抗清鬥爭。
順治五年（1648年）十月，湖廣總督何騰蛟趁著清江西提督金聲桓、副總兵王得仁和廣東提督李成棟先後叛清歸明、牽製了清統治者的很大兵力的機會而發動反攻，收複了湖南很多州縣。王夫之見抗清形勢好轉，也和夏汝弼、管嗣箕、管嗣裘及僧性翰密商，在南嶽方廣寺組織起義，成立了起義軍（夏汝弼因母病和母死後辦喪事，沒有在軍中）。但機事不密，起義軍正要進行戰鬥，卻被那充當清統治者鷹犬的湘潭人尹長民襲擊，致遭潰敗。性翰受重傷，王夫之脫逃。這次起義失敗，王夫之受到很大的刺激，他後來追憶此事，還說：“雖雲與仇戰者，敗亦非辱，而誌事不遂，亦何榮耶！”
王夫之在衡山起義失敗後，為了避免清統治者的緝捕，就帶著侄兒王敉奔往永曆帝的都城——肇慶。王夫之到肇慶後，堵胤錫（當時以武英殿大學士督師常德）奏薦他為翰林院庶吉士，但他因正在“守製”，同時看到永曆朝廷的一些官僚，苟且偷安，營私舞弊，感到很失望，就堅決地推辭了。
順治六年（1649年）春，王夫之了解到永曆朝廷的大臣，隻有以文淵閣大學士、太子少保督師於桂林的瞿式耜，力主抗清，銳意興複，他甚為欽佩，就離開肇慶，赴桂林暫居。這時，江西金聲桓、王得仁兵敗身亡，而從廣東率軍赴贛支援的李成棟也在信豐戰敗渡河時溺死，致使江西又被清軍占領。
與此同時，何騰蛟在湘潭被清軍襲擒殺害，南明各軍相繼潰退，致使湖南又遭淪陷。王夫之了解這種情況後，不僅憂心國事，而且對處於清軍踐踏下的家鄉和他的母親，非常掛念。因之，他便於初夏時和王敉離開桂林回家鄉去。他先到南嶽蓮花峰的“續夢庵”，清理殘書，然後攜帶自己近數年來所寫的詩稿《買薇集》，前往衡陽縣西長樂鄉石仙嶺。
這時他的母親譚氏居住在嶺下很荒僻的“耐園”，由其長子王介之贍養。不料到達那裏時，“土人弄兵”，欲殺害王夫之，雖然王夫之逃匿脫險，但家中財物卻被搶劫一空，連詩稿《買薇集》也被搶去了。譚氏擔心王夫之的安全，命他立刻離境。他隻得又和王敉前往肇慶。不久，到了桂林，寓居於曾和他“相雅善”的張同敞的“小東皋”裏。張同敞是瞿式耜的好友，由於他的宣揚，因而瞿式耜便推薦王夫之和汪郊等一起參加“閣試”，以便永曆朝廷正式授予官職。王夫之聞訊後，上疏請準“終製”。他在桂林，結識了富有愛國思想、精研自然科學的有名學者方以智。當時方隱居於平樂之平西村，王夫之與之“常相聞問”。