嚴複反對外國對中國的侵略，並不是不提倡向外國學習。他在《道學外傳》中將清末典型的迂腐的知識分子形象描繪得淋漓盡致，毫不客氣地對他們進行了無情的諷刺和批駁。他認為這些沿著科舉考試的台階，一步一步爬上來的達官貴人，毫無國家觀念和民族感情。長此以往，中國非亡國不可。處在當今世界激烈變革的時代，必須拋去那些毫無實際意義的學問。提倡西學，才能變法圖強。嚴複提倡民主和科學，並用它們來開通民智，就像一條紅線貫穿在他這個時期的文章中。
《國聞報》創刊後，在嚴複和夏曾佑的主持下，緊密地和康有為、梁啟超等領導的資產階級維新運動配合，報道了大量的變法維新的消息。1898年4月，保國會建立，同時召開大會，進行活動，封建頑固派對此怕得要命，橫加阻撓。《國聞報》得知消息，在5月7日刊登了保國會的章程。5月14日發表了參加保國會的簽名單。從19日以後的一段時間裏，一連串發表了康有為和梁啟超在保國會上的演說，刊發了兩篇評論保國會的專文，肯定了保國會，反擊了頑固派對保國會的攻擊。在百日維新時期，《國聞報》積極主動地報道了變法維新活動，為變法維新作了輿論宣傳，嚴複作為《國聞報》的創始人和主編，在宣傳變法維新運動的工作中起了舉足輕重的作用。
嚴複始終不以主編自居，他本人在《國聞報》上發表的許多持之有故、言之成理的政論，也從未署真實的姓名。誰也不知道那些針砭時弊、慷慨激昂的文章出自何人手筆。
《國聞報》從創刊以來，一直旗幟鮮明地宣傳變法維新，當然也就成了封建頑固勢力嚴密監視和蓄意破壞的目標。變法維新運動發展越迅猛，遭到的反撲也就會越猛烈。嚴複為了保存力量，就在報上登了一則告白，聲稱《國聞報》銷路不好，虧損嚴重，從即日起轉賣給日本人，由西村傅接辦。這樣，表麵上此報的經理是西村傅，報上日期也用的是日本“明治”年號，實際上這是嚴複等人使用的金蟬脫殼之計。他們照舊寫文章，編報紙，大力宣傳維新思想，甚至還動用了天津北洋水師學堂的學員，讓他們翻譯外國報紙上的重要時事新聞，供《國聞報》采納，擴大向外國學習的宣傳報道。
但是嚴複等人步步小心，處處設防，仍沒有躲過頑固勢力的迫害。1898年5月，李盛鋒向光緒呈了一道奏折，他說，嚴複作為《國聞報》的主編，將報館賣給日本人，卻又讓北洋水師學堂的學員仍然擔任編譯員，請求嚴加查辦。李盛鋒原以為借此就可把嚴複等定個勾結外賊的罪名，治他們幾年徒刑。誰知光緒將信將疑，命令直隸總督王文昭徹底調查此事。王文昭接到指示後，就派津海關道李岷探親自調查。李岷探經過了解，認為《國聞報》刊登的告白，完全屬實，王文昭根據李的調查，向光緒奏明：“經詳細了解，嚴複被告發事，查無實據，並已通知嚴複及水師學堂學員，今後不得在《國聞報》發表文章。”光緒也沒有再追究。但嚴複卻因為李盛鋒的誣告陷害經受了一場虛驚。
這一場虛驚沒有使嚴複裹足不前，他清楚知道，隻有經得起艱難困苦的重重考驗，才能鍛煉成鋼。他仍如以往一樣主持《國聞報》的編輯業務，鼓吹社會政治的改革。
嚴複的文章，隨著維新運動的向前推進，越來越顯示它們的政治作用和社會影響，尤其是他在1898年1月27日至2月4日的《國聞報》上連續發表的《擬上皇帝書》，提出“窮則變，變則通，通則久”的改革主張，供光緒皇帝參考。居然和同年4月23日光緒的《定國是詔》的內容有許多共同之處。這不是一種偶然的巧合，而是謀求改革的人們的共同認識。這是光緒召見嚴複的原因。
圍繞在光緒周圍的維新派人士建議光緒選拔推行新政人才設立經濟特科，光緒采納了這個意見，並把它寫進《定國是詔》中，接著，順天府尹和詹事府詹事王錫蕃等大官，先後上書光緒，推薦嚴複參加經濟特科考試。王錫蕃在推薦書的案語中，介紹了嚴複的經曆、特長和人品學問。他在推薦書中說嚴複人品卓絕，學問超群，是當今通達時務的難得人才，應該“量才錄用”。光緒從掌握實權後，便開始推行新政，對那些思想開明，銳意改革的“時務人才”，就比較留心注意。嚴複在天津主編《國聞報》，宣傳向外國學習，進行社會改革，現在幾個大官又推薦他，更引起了光緒對嚴複的格外注意。看過王錫蕃的推薦書後，他覺得此人不同尋常，傳令下去，叫嚴複來京見他。