人們弄不清光緒召見嚴複的意圖，嚴複接到諭旨後，懷著惶惶不安、又驚又喜的心情，於1898年9月上旬的一天，乘火車抵京，準備接受光緒的召見。
當嚴複在宮內官員的帶領下來到乾清宮，向光緒“萬歲萬歲萬萬歲”地請過安後，光緒就問道：“本年夏季，有人告發你在天津《國聞報》當主筆，其中的議論文章都是你親筆寫的嗎？”
嚴複一聽，心裏就亂了分寸，但他稍稍調整了一下煩亂的心緒，很快鎮定下來，回答說：“臣非該報主編，不過經常寫點文章，交給它發表而已。”後來光緒不再追問他是不是主編，而是想了解嚴複寫過的幾篇得意的文章，於是嚴複便說出了在《國聞報》連續六七天刊登的《擬上皇帝書》。光緒就叫他重抄一份送來，嚴複解釋說：“臣當時是希望皇上變法自強，提出了許多供您參考的意見，如今皇上聖明，已下了《定國是詔》，許多問題已開始實行，臣之言論，已沒有多大價值了。”光緒便叫嚴複把主要內容告訴他。
嚴複頓時高興起來，覺得光緒的確是真心誠意要變法自強，順口把《擬上皇帝書》中的治標四策（整頓經濟、訓練軍隊、與友好國家建立外交關係、和鄰國搞好關係）和治本四策（確定國家的政治體製、培養時務人才、體察民情、建立良好的社會風氣）滔滔不絕地說了一遍，然後又引用司馬遷的話說：“窮則變，變則通，通則久。”
光緒聽後感慨萬端，對嚴複說：“我們中國守舊的人太多，像你這樣提倡變革的人太少了。”
嚴複深受感動和鼓舞。他想：皇上對變法如此熱心，對自己如此重視，我怎能不竭盡全力，利用報刊和講壇，宣傳維新變法。
嚴複被光緒召見時，住在通藝學堂。通藝學堂是清政府刑部主事張元濟親自創辦的一所提倡西學、培養維新人才的學校。
中日戰爭失敗後，張元濟深受刺激，經常和文廷式、陳熾、沈曾植等，在北京宣武門外陶然亭聚會，議論時政，暢談變法。1896年後維新思潮像潮水一樣洶湧澎湃地發展，更激起了張元濟提倡西學和變更時政的熱情。他聯合幾名官員，請求各省捐款讚助，在北京宣武門象坊街租賃房子，作為校舍，準備開辦培養新學人才的學堂。
嚴複得到消息後，立即舉雙手讚成，並主動協助張元濟進行工作。他為學堂起名為“通藝學堂”，又幫忙物色稱職的教員。
通藝學堂開辦後，所學功課主要是英文、物理、化學、數學等自然科學知識。為了配合教學，學堂還購置了不少外文書籍和實驗儀器。供教師和學生使用。學生的來源，一部分是社會名流學者，一部分是清政府官員中具有維新思想的人。通藝學堂從創辦以來，名聞京津，深受維新人士的稱讚。
張元濟在供職期間，經常把一些新書新報送給光緒閱覽。自然，他親手創辦的通藝學堂，也就為光緒所知曉。
1898年5月，光緒在西苑勤政殿召見了張元濟。張元濟將學堂情況詳詳細細地向光緒作了彙報。光緒聽了彙報，十分滿意，鼓勵他把學堂辦好，培養出一批維新人才，並要他轉告學生，好好學習，為推行新政效力。