1954年7月，王誠漢被任命為60軍第一副軍長兼參謀長，同時任軍黨委副書記。1955年1月進入南京軍事學院高級速成係學習。同年9月被中央軍委授予少將軍銜，同時榮獲二級八一勳章、二級獨立自由勳章、一級解放勳章。1957年7月王誠漢以優異成績在南京軍事學院畢業。在一年多的學習期間，他緊密聯係自己20多年的作戰經驗和現代戰爭的實際，努力學習馬克思主義軍事理論和毛澤東軍事思想，學習黨的曆史，學習戰略、戰役、戰術理論和組織指揮藝術，在理論與實踐的結合上有了很大提高。
王誠漢學習結束返回部隊後仍任60軍第一副軍長兼參謀長，並任軍黨委副書記。1960年7月升任該軍軍長，並任黨委第一書記。在任職期間，他為加強該軍的全麵建設，尤其是軍事訓練，做了大量工作。自1957年到1961年，他精心策劃並出色地組織指揮了從營到團到師的實彈戰術演習和軍師反空襲演習。
1962年10月，中共中央發出準備粉碎國民黨軍進犯東南沿海地區的指示，要求全黨全軍全國人民提高警惕，從各方麵做好準備，決不讓國民黨軍的陰謀得逞。王誠漢認真貫徹黨中央的指示，立即投入了緊張的備戰工作。組織全軍大力開展了以控訴美蔣罪行為中心的政治思想教育，掀起了群眾性的殺敵練兵高潮。與此同時，他組織指揮軍屬一個師緊急入閩備戰。1964年2月，60軍召開了第三屆黨代會，在王誠漢的主持下，軍黨委作出《關於立即掀起學習郭興福教學方法的新高潮的決定》。會後，王誠漢深入部隊，指導部隊開展了群眾性的練兵運動和“尖子”培養工作，全軍很快湧現出大批神槍手、神炮手、技術能手以及“尖子分隊”、“尖子個人”。在1964年總部組織的全軍大比武中，60軍各兵種、專業的“尖子分隊”、“尖子個人”取得了優異成績。其中537團3連“步兵連進攻”表演受到葉劍英元帥的高度讚揚。葉帥讚揚他們“個個都像小老虎”，要求把他們的訓練體會“寫出來，貢獻給全軍學習”。南京軍區司令部、政治部聯合發出通知，向全區部隊推薦34個對提高部隊戰鬥力有直接影響的單位、個人“尖子”，其中60軍占了10個單位和個人。
1964年8月，周恩來總理任命王誠漢為西藏軍區（時為大軍區）副司令員。當時，王誠漢的4個孩子都很年幼，最大的8歲，小的隻有3歲，夫人黃麗文又正在住校學習，他到遠離內地的西藏高原工作，會給家中帶來許多實際困難。但是，當南京軍區許世友司令員找他談話時，他毫不猶豫地表示堅決服從組織安排。隨後稍作準備即乘機赴拉薩報到。
到拉薩沒幾天，王誠漢即不顧嚴重的高原不適應症，請西藏軍區張國華司令員、政治部陰法唐主任等介紹西藏部隊情況，他一邊了解部隊情況，一邊積極地開展工作。在下藏軍區工作近五年時間裏，王誠漢主管戰備和作戰，盡管其間經曆了“文化大革命”的嚴重幹擾破壞，但他頂著各種壓力，仍然做了不少實際工作。他經常深入邊防一線指導工作和進行調查研究，綿延3500公裏的邊防線上留下了他的汗水和足跡。1965年9月至12月，遵照總參謀部的指示，為支援鄰邦抵抗侵略，他參與了作戰預案的擬定，組織實施了兩次戰略佯動和7萬民兵武裝遊行示威的聲援行動。1967年9、10月，當邊境發生武裝衝突時王誠漢帶領所分管的西藏軍區作戰部門，認真貫徹毛主席“針鋒相對，寸土必爭”的方針和中央軍委的有關指示，參與了自衛還擊戰的組織指揮，取得了還擊作戰的勝利。
1968年12月，西藏軍區由大軍區改為省級軍區，歸成都軍區建製。1969年3月，中央軍委任命王誠漢為成都軍區副司令員。王誠漢在這個崗位上工作了13年，主管作戰和後勤，同時兼任成都軍區人防委員會副主任、交通戰備領導小組組長、無線電管理委員會主任。
剛到成都軍區不久，王誠漢即領受了一個十分棘手的任務。上級決定由王誠漢任工作組組長，謝家祥、張西挺任副組長，率四川省革委和成都軍區工作組，到永川地區宣傳貫徹中共中央“7.23”布告，製止武鬥，穩定形勢，恢複秩序和生產。當時，張西挺和她的丈夫劉結挺是四川風雲一時的造反派人物，派性非常嚴重。工作組到永川後，她多次將工作組決定的部隊行動計劃捅給造反派，給永川地區製止武鬥、收繳武器的工作設置了重重障礙。為排除她的幹擾和阻礙，王誠漢采取了斷然措施：每次部隊行動都由王誠漢一人布置，待部隊出發後再給張西挺通報情況。從而使收繳武器、製止武鬥的工作得以進展。經過3個月的艱苦工作，收繳各種火炮198門，各種槍支6000多支，各種槍彈13萬多發，炮彈628發，手榴彈996枚。這對穩定和恢複永川地區的社會秩序與生產起了重要作用。
到成都軍區工作一段時間後，王誠漢感到由於“文化大革命”，軍區機關幾經折騰，兩派思想對立十分嚴重。麵對錯綜複雜的情況，當時對“文化大革命”已經心存疑慮的王誠漢，千方百計地避免自己介入到兩派對立中去，為此，他爭取機會，多下部隊，多跑邊防，多做點軍隊建設的實際工作。
他頂住一些人散布的“逃避運動”、“單純軍事觀點”的輿論壓力，竭盡全力地抓好所分管的作戰和戰備工作。1969年9月，成都軍區遵照中共中央指示，組織部隊對昌都、邊壩、那曲、日喀則地區的暴亂進行平息。王誠漢參與 了這次平暴的組織指揮。1970年王誠漢帶領工作組，到駐南充的某師等單位進行了近兩個月的戰備工作檢查。隨後又率工作組赴西藏進行戰場勘察。在經過大量調查研究掌握第一手材料的基礎上，他和軍區作戰部門的同誌反複研究論證，製定了成都軍區的多種作戰預案，西藏軍區長期作戰、獨立作戰方案，部隊擴編和機動方案，四川地區人民防空方案等，為完善軍區的戰備方案作出了貢獻。同時，他高度重視部隊的戰備訓練工作。從1970年到1974年，他幾次參與了軍區部隊長途野營拉練的組織指揮工作。1971年9月13日林彪乘機叛逃，全軍進入一級戰備，王誠漢奉命率軍區前指迅速進入指揮位置，隨後又率軍區前指組織指導了全區的作戰訓練。
黨的十一屆三中全會實現工作著重點的轉移之後，已經62歲的王誠漢精神煥發，抓戰備訓練工作的勁頭更足了。1978年初，王誠漢當選為第五屆全國人民代表大會代表。1978年底他參加了軍委召開的作戰會議，會後奉吳克華司令員和鍾漢華政委的指示，抓緊組織了全區部隊轉入臨戰訓練和針對性訓練，並參與了部隊開赴滇南、滇西的組織領導工作。1980年，遵照總參總後的指示，為研究摸索未來戰爭初期部隊水陸輸送的組織指揮和運輸保障問題，王誠漢領導實施了陸軍師機關帶部分實兵的水陸輸送試驗性演習。這次演習在長江上遊江津至宜昌間進行。參加演習的2400餘人，使用各種船隻24艘，行程2400餘公裏（其中水路740公裏），曆時10天。總部和各大軍區、軍兵種的有關領導幹部參觀演習。通過演習，使部隊了解了水路輸送的特點，掌握了規律，積累了大量有價值的資料，學會了水陸輸送的組織與實施，海戰時實施快速機動、靈活反應，得到了總部的高度評價。1982年，為慶祝建軍55周年，王誠漢領導和組織了軍區的閱兵訓練。7月20日，在王誠漢主持下，45個受閱方隊6900多人威武雄壯地從成都市人民南路通過，接受尤太忠司令員、鍾漢華政委和譚啟龍、魯大東等省市領導同誌的檢閱，成都市30萬群眾觀看。閱兵式展現了軍威，增強了軍民的國防意識和戰備觀念。
王誠漢在擔任成都軍區副司令員期間，為加強西藏邊防建設作出了巨大努力。他曾率工作組7次進出西藏進行邊防調查。其中有3次是乘坐汽車從川藏公路進出。川藏公路全長2400餘公裏，其中盤山公路地段很多，崎嶇不平，到了大雪封山季節，路麵鋪滿冰雪，異常艱險難行。王誠漢率工作組乘車進出藏和在西藏調查研究中，曾多次遇到險情。一次從山南翻越加察山到林芝途中，他乘坐的汽車陷在泥石流造成的泥沼裏麵，幸被路經此地的野營拉練部隊救出。又一次從崗巴到亞東途中，路上積滿冰雪，王誠漢指揮工作人員用鐵鍬、十字鎬刨開路麵冰雪為汽車開路，冒險前行。在有的地段，為防汽車打滑，他們隻好把皮大衣鋪在路麵上，讓汽車緩緩通行。入夜以後，車輛無法繼續前進。王誠漢不顧高寒缺氧、凍餓疲困，和工作人員一起步行前進，深夜時分才趕到亞東。他就是以這種拚命精神，走遍了西藏軍區除墨托以外絕大多數邊防站點，對西藏地區的兵力部署、戰備設施、地形地貌、邊防敵我態勢等情況十分熟悉，被軍區機關的同誌稱為“西藏通”。1973年3月，他率成都軍區和西藏自治區的45名同誌參加了中央在北京召開的全國陸地邊防會議；1974年8月，他在拉薩主持召開了成都軍區邊防工作會議；1975年2月他召集了軍區所屬各大單位領導同誌參加了支邊工作會議；1976年11月，他又參加了總參、總政、總後在北京召開的專題研究西藏邊防建設的座談會；1982年他主持審定了1983年至1985年《西藏邊防建設三年建設規劃》。在這一係列的會議上，由於他對西藏邊防建設問題的深刻了解和研究，他提出的許多建議，引起了總部和軍區主要領導同誌的重視，一些建議逐步地成為現實。在軍委、總部的關心、重視和軍區黨委的領導下，通過邊防三年建設規劃的實施和內地部隊的援建，西藏部隊的獨立堅守能力大大提高了。
1982年9月，王誠漢出席了黨的第十二次全國代表大會，當選為中共中央委員。10月，中央軍委任命王誠漢為成都軍區司令員、黨委副書記。王誠漢與政治委員萬海峰同誌密切配合，團結率領軍區黨委“一班人”，為開創成都軍區工作的新局麵做了大量工作。
王誠漢一走上成都軍區司令員的崗位，就按照積極防禦的戰略方針和鄧小平同誌把教育訓練放到戰略問題的重要位置上的思想，以很大精力抓軍事訓練工作。他向部隊反複強調：在帝國主義、霸權主義還存在的情況下，無論國際形勢發生什麼變化，常備不懈的戰備觀念不能變，準備打仗這個軍隊工作的著重點不能變，教育訓練的戰略位置不能變。他要求全區部隊，從擔負未來作戰任務出發，加強臨戰擴編和機動訓練，提高快速反應能力；從戰區部隊預定作戰地域的實際出發，加強適應性訓練，提高寒區和熱帶叢林地帶的實戰能力；從現代戰爭的特點出發，加強近似實戰條件下的合同作戰訓練，全麵提高藏、走、打、吃、住、管的能力；要突出幹部訓練，努力提高組織指揮合同作戰的能力；要克服以往單純抓步兵訓練的習慣，把步、裝、炮、通、化、工、偵等各兵種及後勤訓練捏在一起抓合練，提高整體作戰能力；要著眼於未來戰爭的特點和發展，積極穩妥地推進軍事訓練的改革。在他的倡導和推動下，1983年成都軍區部隊掀起了一個軍事訓練的高潮。軍區相繼召開了“訓練改革優秀項目和優秀教練員表演會”、“炮兵訓練改革現場會”和“軍區教育訓練會議”。1984年，在整黨工作十分繁忙的情況下，全區仍自下而上地開展了軍事訓練比賽活動，並於8月舉行了全區軍事訓練比賽大會。出席這次會議的代餘人，進行了168個訓練項目的比賽和表演，評選和向全區推薦了39名優秀教練員標兵，63名優秀教練員。這次比賽表演大會，對於落實戰略方針和戰區的備戰措施，探索現代技術條件下人民戰爭的指導藝術，提高戰區整體作戰能力等，都起到了很大的推動作用。王誠漢在以極大精力抓軍事訓練的同時，高度重視培養軍地“兩用人才”的工作。在他走上軍區司令員崗位的當月，就深入部隊調查研究，及時發現和充分肯定了第50軍148師443團培養軍地“兩用人才”的做法。在他的熱情支持下，148師政委蕭懷樞在軍區介紹了這方麵的經驗，從而推動全區部隊普遍開展了“兩用人才”的培養工作。
1983年10月黨的十二屆二中全會後，全黨開展整黨工作。王誠漢和軍區黨委常委一起領導了軍區機關和部隊的整黨工作。他認真貫徹執行黨中央關於“統一思想，整頓作風，加強紀律，純潔組織”的整黨方針，對保證軍區整黨健康穩妥地發展發揮了重要作用。在領導全區整黨工作的同時，他自覺地以普通黨員的身份參加到整黨中去。整黨開始時，他在《人民日報》上發表了《領導幹部在整黨中要做好樣子》的署名文章。文章說：“過去，我們整頓下麵的問題多，教育別人的時候多。這次整黨中，領導幹部不管職務多高，不管資格多老，都要和普通黨員一樣，接受黨的教育和審查，加強黨性鍛煉，提高馬列主義思想水平。”王誠漢在整黨中以自己的實際行動表明了一個老黨員的高度覺悟。為了找準自己的問題，他逐個找常委委員和部分機關幹部談心，聽取他們對自己的批評意見。尤其注意聽取在過去運動中反對過自己的同誌和平時工作中對自己有意見的同誌的批評意見。在廣泛聽取意見的基礎上，他寫下了萬餘字的《對照檢查》，在軍區黨委常委會、軍區黨委擴大會和軍區機關黨員幹部會上分別作了三次檢查。他的誠懇的檢查深受廣大黨員幹部的好評。
在軍區司令員的崗位上，王誠漢麵臨的一個突出問題是許多幹部紛紛來信來訪，要求解決曆史遺留問題。成都軍區在“文化大革命”中是重災區，幾經反複和折騰，造成的曆史遺留問題較多。粉碎“四人幫”以後的一段時間裏，由於“兩個凡是”的錯誤方針嚴重阻礙著撥亂反正，還由於“左”的影響和派性一時難以徹底清除，在批判林彪、江青兩個反革命集團的過程中，有些單位把十年動亂中強加在一些同誌頭上的不實事求是的東西翻騰出來，糾纏不清，又傷害了一些同誌。盡管前屆黨委在處理曆史遺留問題上做了不少工作，但仍有一些問題未得解決。不徹底解決這些問題，不利於安定團結，也勢必影響各級領導集中精力開創工作的新局麵。為此，王誠漢和萬海峰一起，責成軍區政治部，對仍存在的曆史遺留問題作了深入係統的調查研究，在廣泛聽取各方麵意見的基礎上，經黨委常委反複醞釀討論，提出解決的辦法，並報告總政治部，然後以軍區黨委的名義下發了《關於進一步處理好曆史遺留問題的意見》的文件。文件確定，要按照宜粗不宜細、團結一致向前看的方針和實事求是、有錯必糾、錯多少糾多少、不錯不糾的原則，抓緊處理和糾正曆史遺留問題。在貫徹這一文件的過程中，王誠漢親自出麵找一些同誌談心，做耐心細致的思想工作。個別同誌包括有的曾經擔負過領導職務的同誌，對解決曆史遺留問題有不同看法。王誠漢就以黨的三中全會的路線和政策開導這些同誌，幫助他們轉變認識。對過去被錯誤批判、處理而怨氣很大的同誌，王誠漢就引導他們曆史地看待過去運動中出現的錯誤和偏差，啟發他們顧全安定團結的大局，不要去計較同誌間的個人恩怨，而要把仇恨集中到林彪、江青反革命集團身上。通過王誠漢、萬海峰和軍區黨委“一班人”的共同努力，解決了一大批同誌的曆史遺留問題，促進了軍區機關和全區部隊的團結和工作。