事實上，在笛卡爾和畢克曼兩人的交往中，最初笛卡爾的確從畢克曼那裏了解到許多學術信息，笛卡爾也一度感激和欣賞畢克曼的學識。但在以後的交往中，隨著研究的進一步深化，笛卡爾就不再能從畢克曼那裏得到什麼新的、有價值的東西了，聰明好學的笛卡爾是靠自己的努力寫出《論代數》一書的，這一點，不但笛卡爾心裏清楚，恐怕畢克曼心裏也不糊塗。所以，兩人中間出現這種不愉快，並不是笛卡爾的忘恩負義，的確是畢克曼做得有些過分了。
在尼德蘭，還有一件事讓笛卡爾不順心。荷蘭國內當時雖然無戰事，但荷蘭內部卻陷入統一派和地方派、戈馬爾派和阿爾明尼派的政教紛爭當中。在教會內部，以萊頓大學教授雅克比·阿米尼為首的一方與弗蘭茲·戈馬爾為首的一方圍繞絕對宿命論和上帝選擇等問題展開激烈的辯論，戈馬爾堅持加爾文主義，阿米尼則堅持人的自由意誌原則，雙方爭論的結果導致新教的最終分裂。思想上的分歧很快波及政治層麵，各政黨很快與自己信念相一致的宗教派別相聯係，拿騷的摩裏斯一奧蘭治親王領導的君主派站在加爾文宗派一邊，也參加了這場思想大會戰。這或許也是作為知識分子的笛卡爾為“主子”效力的好時機，可笛卡爾不但沒有這麼去做，而且也沒有按上司的意圖參加這場論戰，他始終保持清醒的頭腦，使自己與這場爭論保持距離。他很滿意自己在布拉達時的狀況，在科學研究中和與學者的交談中不斷地充實自己。他醉心於自己的寫作，並沒有給自己的“主人”提供辯論方麵的“優質服務”，這多少也引起摩裏斯的不快。不過，作為學者的摩裏斯清楚笛卡爾的價值，當笛卡爾在數學上的成果在學術界引起讚譽時，摩裏斯就把自己說成是笛卡爾的“經濟人”，笛卡爾對此也很不滿意，在此後的多次通信中都聲稱自己“不會與那些誇耀自己作品的人有更近的生意往來”。從這裏我們可以看出笛卡爾作為知識分子的獨立和自尊。
在30年戰爭爆發時，笛卡爾正在摩裏斯的軍隊裏服役，1619年4月，他離開了摩的軍隊，先後到丹麥、波蘭、德國旅遊。7月20日一9月9日，他在法蘭克福參加了德國皇帝費迪南德二世的加冕典禮，然後到波蘭的莫拉維，最後又回到德國。這年7月，他加入了巴伐利亞公爵馬克西米連一世所領導的天主教聯盟的軍隊，並參加了進攻波漢姆王軍的戰鬥。11月，冬季來臨，部隊駐紮在德國邊境的一個叫諾伊堡的村鎮裏，附近就是烏爾姆。由於沒有戰事，也就沒有雜七雜八的事幹擾，笛卡爾後來回憶到：“在那裏，因為我找不見任何人消遣，同時，幸好沒有任何掛念和欲念打擾我，我整天關在一間暖房裏，在那兒我有足夠的閑暇和我自己的思想打交道。”笛卡爾回憶中所說的暖房就在烏爾姆。
1614年11月10日，笛卡爾在參加完德皇加冕禮後經過長期旅途回到烏爾姆，由於旅途的勞累和理性的“狂熱”，他就在這裏的客店要了一個安靜的房間，然後鑽進“火爐”（北歐當地農民家裏一種常用的設備，爐堂是空的），在裏麵沉思了一整天。像得到什麼神靈的啟示一樣，他突然之間意識到，應該建立一種“普遍的數學”，也就是說，應該把數學方法推廣到其他學科。晚上，他做了三個夢：
第一個夢，是個非常恐怖的夢。他夢見自己正走在大街上，他感到自己的身子總往右傾，這讓他感覺到很別扭。他在有意識地調整自己的走路姿勢，忽然一陣暴風雨襲來，傾盆大雨從天而降，一陣颶風把他吹得向左邊旋轉了三四圈，許多幽靈出現在他的麵前，他嚇得慌忙逃進教堂躲了起來。他被惡夢嚇醒後，感到非常痛苦，他以為這是惡魔在勾引他，使他不能完成自己的任務。兩小時過去了，他還是久久難以入睡，於是他就向上帝祈禱，祈求上帝支持他，並饒恕他的罪惡和缺點。祈禱使他減輕了痛苦，他又入睡並做了第二個夢。
第二個夢，笛卡爾聽到震耳欲聾的雷聲，他被這雷聲驚嚇而醒。醒來後，他覺得滿屋子都是火星（笛卡爾經常半夜醒來，感覺到眼前星光閃爍，甚至連周圍的東西也看得見）。笛卡爾心有餘悸，但他很快又用哲學作出了符合自己的理解，他認為那雷聲是“真理降臨到他身上，來占有他的一種信號”。他通過哲學調整了自己的情緒，心裏漸漸平靜下來。