笛卡爾還把探討真理的活動與日常生活加以區分。他認為，人們在日常生活中，並不需要等到事事都弄得清楚明白才去行動，“我主張甚至用不著總是等待會有可能的事物，而有時必須在許多完全不認識和不可靠的事物中選擇一個並且決定下來”。至於探求真理的認識活動，笛卡爾認為，那就應該遵循他所發現的認識規則。把這兩個方麵的問題區分開來是有一定的好處了，他既可以劃清界限、澄清是非，也避免了人們的誤解和保守勢力的反對。比如笛卡爾的普遍懷疑，是有明確的使用界限的，它僅僅用在探求真理前的排除階段，作為方法論，它要求人們對未經理性思考的東西不能無條件地加以接受，但他並不要人們在日常生活中也普遍地懷疑一切，倘若如此，那就由於違背生活規則而成為世人的笑柄。笛卡爾不會使他的理論重蹈懷疑主義的覆轍，在這方麵，笛卡爾始終有著清醒的認識。
第六，反駁者提出，笛卡爾一方麵認為上帝的本質和存在是統一的，另一方麵“我”是不完滿的，既然不完滿，就不可能認識完滿的上帝的本質，那你怎麼得出上帝存在的結論呢？“你自己也承認你不過是不完滿地懂得無限……既然凡是在上帝裏邊的東西都是完全無限的，那麼什麼精神能夠非常完滿地懂得上帝裏邊一點點東西？你怎麼能夠足夠清楚、分明地觀察了上帝是什麼呢？”笛卡爾首先指出反駁者在這個問題上三段論式的錯誤，然後指出上帝的本質和存在是統一的，因為上帝本身的無限、永恒、完滿決定了他存在的必然性，如果我們否認了上帝的本質，那麼，“人類的一切知識都將既無絲毫理由，又無任何根據而被完全推翻”。笛卡爾認為，雖然“我”不完滿，但依我們所擁有的理智“足以認識上帝的本性是可能的”，至於我們在認識上帝的本質和存在時所產生矛盾，其實並不是上帝的矛盾，而是我們自己思維中的矛盾，“一切矛盾性僅僅在於我們的概念或思想裏因為它不能把互相矛盾著的觀念結合到一起，並不在於在理智之外的任何東西裏”。笛卡爾還從邏輯上反駁了對方的一些錯誤。
第七，反駁者提出笛卡爾關於靈魂不死的論證不充分，而且提醒笛卡爾，僅僅從靈魂和肉體的區別中並不能把這個問題說清楚，他們希望笛卡爾能用幾何學方法來論證上帝的有關問題。
笛卡爾對這個問題並沒有太大的興趣，他認為，關於靈魂不死主要“取決於上帝的純粹意誌”，遠不是人類的理智力量所能規定得了的。他仍然堅持自己的方法，認為隻有把靈魂和肉體區別開來，才能看到它們的性質，肉體和靈魂是兩個不同的實體，笛卡爾認為，目前還沒有什麼事例和根據讓我們相信靈魂隨著肉體的消亡而消亡，至於有人提出上帝可以使靈魂隨著肉體而消亡，笛卡爾不屑一顧地說：“這隻有由上帝自己來回答。”看來，對靈魂不死等問題，笛卡爾寧願把這類問題交給宗教界解決，而不願在此做更多的論證和結論，更不願陷入宗教界的爭論之中。
“在你們向我提出的東西裏，我看不出有什麼是我以前在我的沉思裏沒有解釋過的。”看來，笛卡爾對神學家和學者們提出的這幾個問題並不是很滿意，不過他還是接受了他們的一些建議，對自己的寫作風格做了解釋，還特地按照幾何學方法論證了上帝的存在及靈魂和肉體的關係問題。笛卡爾認為，自己敘述的次序是，“提出的東西應該是用不著後麵的東西的幫助就能認識，後麵的東西應該是這樣地處理，即必須隻能被前麵的東西所證明”，笛卡爾的方法實際上遵循了從“抽象到具體”的思維方法。笛卡爾認為，自己的證明方式是“分析法或決定法”，所謂分析法，按笛卡爾的理解：就是“指出一條一件事物由之而被有條不紊地發現出來的真正道理，同時也指明結果如何取決於原因”。他認為古代幾何學運用的是綜合法，是自結果中檢查原因。但他們並不是不用分析法。笛卡爾認為分析法“是最真實、最好的教學方法”。他希望在沉思中運用分析法“清楚、分明地領會第一概念”。為認識和發現真理尋找一些切實可行的方法和規則，這正是他寫作本書的目的之一。
笛卡爾附在本答辯後麵的《按幾何學方式證明上帝的存在和人的精神與肉體之間的區別的理由》一文也是非常值得一讀，他不但對思維、觀念、客觀地、形式地和卓越地等概念做了精確的定義，而且為了便於與讀者的理解與溝通，他還對讀者提出了7條要求，最後又論證了一些公理和命題。
2.群英會戰與霍布斯的直接辯論
當笛卡爾把他的書稿轉給在巴黎的好友麥爾塞納時，霍布斯當時也恰巧正在巴黎。他當時正因自己的著作《利維坦》而在法國避難，他是英國著名的哲學家，曾當過弗蘭西斯·培根的秘書。這個大笛卡爾8歲的哲學家，也是個“讚賞數學方法的人，不僅讚賞數學中的數學方法，而且讚賞數學應用中的數學方法”，他的性格和笛卡爾正相反，率直、果斷，“不耐煩做精微細膩的事情，太偏向快刀斬亂麻……比較善掄巨斧，不擅長揮舞細劍”。這兩個思想觀點和性格迥異的人在進行辯論，一定很有意思。