他後半生對唐宋名家的作品，朝夕揣摩，臨池不輟。萬曆三十一年（1603年）董其昌49歲之時，他對晉、唐以來名人法書加以評定題跋，編纂成《戲鴻堂帖》。《戲鴻堂帖》因梁武帝評鍾繇法書“群鴻戲海”之語而命名。初刻以木板，板毀於火後，模勒上石嵌於“香光室”。此帖集曆代名家法書凡十六卷，這是他藝術生涯中值得記載的一件大事，但因其中有偽劣之作及摹勒不精，此帖曆代評價不高。
60歲時，董其昌書藝漸趨成熟，他真正領悟到“書家妙在能合，神在能離”的真諦，從而開始進入旺盛的創作階段。他出入鍾繇、二王、顏真卿、楊凝式、米芾、李邕等諸家，形成了古淡、率真和蕭散的個人風格。
董其昌對自己取得的書法成就很自負，常常有意無意地和趙孟頫相比。在李日華所著《味水軒日記》中就載有董其昌這樣的題簽：“行間茂密，千字一同，吾不如趙。若臨仿曆代，趙得其十一，吾得其十七。又趙書因熟得俗態，吾書因生得秀色。趙書無不作意，吾書往往率意。吾當作意，趙書亦輸一籌，第作意者少耳。”
他又在《論畫》中說：“吾與書似可直接趙文敏、第少生耳，而子昂之熟，又不如吾有秀潤之氣。”
董其昌多次用“生”“率意”“秀潤”和“蕭散”評價自己，從中也可以看出他在書法上的審美追求。在繪畫方麵，董其昌也多得益於他的書學成就。
和對書法的自我評價一樣，董其昌對自己的繪畫水平更為自負。他常常說，他和趙孟頫同學於北苑（即五代時的董源），但“未知鹿死誰手”，而對於明代畫家，文征明是當時最負盛名的吳門畫派的領袖，董其昌認為自己與文征明不分上下，各有短長。他認為，他的畫雖不如文征明精工細製，但在古雅秀潤方麵，他要更盛一籌。他甚至說自己的畫，沒有一點兒李成、範寬的俗氣。李成、範寬都是北宋的山水畫大家，可見董其昌自我期許之高。
董其昌17歲學書，22歲學畫。他從臨摹“元四家”中黃公望的作品入手，後來又從收藏家手中借來宋人真跡臨摹，尤其對南宋畫家馬遠、夏圭、李唐的作品焚膏繼晷、用功極猛，並把自己和這些大家作品的沉浸與周旋，說成“望見古人門庭”，猶如“與諸家血戰”。
37歲時，董其昌告病還鄉，搜集“元四家”的作品臨摹，悉心揣摩他們技法的淵源所在。後來他領悟到了“元四家”多以董源為師，他也應該追根溯源，從那以後，董其昌就特別注意收藏五代畫家董源的作品。據《畫禪室隨筆》所記：“吾家有董源《龍宿郊民圖》。”又如：“董北苑《蜀江圖》《瀟湘圖》，皆在吾家……又所藏北苑畫數幅，無複同者，可稱畫中龍。”以及“餘家所藏北苑畫，有《瀟湘圖》《商人圖》《秋山行旅圖》……”這裏所說的“北苑”即是指董源。
萬曆二十四年，他通過一位任中書舍人的同僚，設法購得黃公望的《富春山居圖》，並驚喜地發現此畫勝於當朝項元汴和王世貞收藏的所有黃公望的畫作。第二年，他又購得《瀟湘圖》，這是後來傳入董其昌手中的董源兩幅大卷軸中的第一幅。董其昌對這幅《瀟湘圖》特別珍愛，幾次巡遊都身攜此圖，手不釋卷，展玩不已。
在“元四家”中，他特別喜愛黃公望和倪瓚，尤其是倪瓚，董其昌認為他平淡天真，既得荊、關、董、巨遺意而又能自成一家。董其昌山水畫受傳統影響，主要是以這兩人為主。比如在63歲所作《高逸圖》中，山石皴法以側筆為主兼用折帶、披麻皴。側筆效擦，正是倪雲林山水的麵目。
董其昌43歲所作的《婉孌草堂》（私人收藏），是寫贈陳繼儒的。乾隆題詩幾滿通幅，後曾為端方所藏。可稱中年時期的精品。45歲所作的《山水圖卷》（藏南京博物院）是他這個時期的又一代表作。上海博物館藏的《山莊秋景圖》扇麵，上題“癸卯秋日畫贈新宇丈，玄宰”，是他49歲時的作品。畫麵用柔潤闊綽的線條勾寫，並加以水墨渲染，一望可知其技法源自黃公望和王維。