當然，董其昌醉心於參禪悟道，在當時，也是受明末特殊的哲學背景和文化風尚影響所致。從宋元到明初及中葉，程朱理學作為一種皇家欽定的正統思想及哲學觀念，統治著整個中國的思想界。不變的“天理”，森嚴的“等級”，嚴格的“君臣關係”，僵化的“三綱五常”等，窒息了人們的思想，泯滅了人們的個性。正是在這種曆史條件下，王陽明的與禪學相契合的“心學”開始在知識階層普遍流行起來。
王陽明認為，“心即性，性即理”，“虛靈不昧，眾理具而萬事出，心外無理，心外無事”。這種以關注人的主體、關注人的心靈為主要導向的哲學思想，廣泛地蔓延和滲透到各個文藝領域。在戲劇界以湯顯祖為代表，在文學界以袁宏道為代表，在繪畫界則以董其昌為代表。他們都從各自的領域彙集在明代哲學思想的旗幟下同氣相求，遙相呼應，掀起了一股浪漫主義、人文主義的文藝思潮，在作品中把這種“心之本體”中的主體精神充分地顯露出來。
董其昌“三紀之中，自為古今”的藝術抱負與這種哲學中的主體精神是息息相通的。他對這種禪宗式的心學，尤有心得，深受影響。
晚明談禪之風蔚然流行。和西晉時代的清談一樣，當時，大批的文人士子皈依禪宗，如著名文人李贄、袁宏道、陶望齡、陳繼儒、湯顯祖等。董其昌除了用禪宗來比較理學和心學的異同之外，還用禪理來闡論八股和書法，用禪理來詮釋老子，並認為老、莊、列、韓都有與禪相近的地方。因此，他以禪宗的“南北宗”來論畫也是很自然的。
出於對禪宗的偏愛，董其昌為自己的齋室取名“畫禪室”，而且他的論禪著作也很多。《容台別集》卷一便有“禪悅”五十二則，《畫禪室隨筆》卷四中有“禪悅”十六則。他的許多論文、論畫也喜歡借助禪宗的觀點來比喻。董其昌將講求精工製作的繪畫比作北宗，認為這一派繪畫頗類“積劫方成菩薩”的漸教；而把逸筆草草的繪畫比作南宗，並認為這一派繪畫很像“一超直入如來地”的頓教。
可以說，在尋找禪學與書畫藝術在精神內涵的聯係與融合上，董其昌做出了前所未有的貢獻。
文學和繪畫本屬於同一文化思潮之下的產物。當明初繪畫上浙派勢焰高漲之日，也正是文學上以李夢陽、何景陽為領袖人物的前七子的詩文複古運動崛起在文壇之時。稍後，吳門派與浙派同時並存，並逐步取代了浙派的優勢地位，此時文學上王慎中、唐順之、茅坤、歸有光等人的唐宋派古文運動風靡文壇；到了鬆江派，儼然以畫壇正宗淩駕於吳門畫派之上；在文學上，公安派、竟陵派相繼掀起的文學創新運動，席卷著大江南北，文學與繪畫領域表現出了在審美取向上的一致性。
董其昌與公安派的袁宗道、宏道、中道三兄弟過往甚密，曾於萬曆二十六年（1598年）在北京城西崇國寺蒲桃林“結社論學”。作為社友，他們之間存在著不少相同的見解。首先是，他們都服膺於禪宗，都在文學和繪畫上乞靈於禪宗思想，以求從習慣勢力所籠罩的陳陳相因的審美格局中解脫出來。在共同的以主體精神反對古人權威的出發點上，他們各自走上了不同的道路。在三袁那裏，從禪宗思想所得到的是衝決文學上的複古守舊的時風，力求個性解放，擺脫抄襲。而在董其昌那裏，從禪宗思想所得到的，是在傳統的文學和書畫的基礎上，求得有所“悟入”“人須自具法眼，勿隨人耳食也”。從“及法”中做到“舍法”，做到“一超直入如來地”。如果說公安派與鬆江派在接受禪學思想的表現方式上有所區別的話，那麼，鬆江派與竟陵派則表現出趨同性。在竟陵派鍾惺、譚元春那裏，評介古詩，動輒以“禪機”“禪偈”的方式來暗示、闡釋。
晚明興起的鬆江畫派對於吳門派的變革，是和當時文化藝術思潮的整體氛圍緊密相連的。或者可以說，是文化藝術思潮的整體環境促使董其昌提出了“南北宗”論新的審美主張，並以鬆江畫派主導思想的形式呈現出來。
（三）“南北宗”論產生的社會背景
晚明時代，朝綱不振，危機四伏，雖然政權統治在不斷削弱，但中國城市經濟卻在晚明迅速發展起來，特別是東南沿海地區的中小城市發展尤為顯著。如董其昌的家鄉鬆江，萬曆時期人口即達二十萬，以出產棉布、紗布馳名全國。“所出布匹，日以萬計”。當時流傳著這樣的諺語：“買不盡鬆江布，收不盡魏塘紗。”鬆江遂有“衣被天下”的美譽。商業經濟的發展必然會刺激繪畫的商品化。當商賈們富裕起來之後，為了提高自己的社會地位，提高自身的社會形象，書畫需求呈現出空前廣闊的市場。