他說趙令穰、趙伯駒、趙孟頫的畫風，雖然妍美，但不媚俗；他認為董源、米芾、高克恭三家的畫風，雖然縱逸，但有法度。可見，董其昌本人的審美思想，具有很廣闊的包容性。當然，他有時直接指出一些畫家的習氣，未必不符合實際。
在清代，皇宮羅致和容納了一大批禦用工匠和畫家以及能畫的文學侍從之臣。王原祁在康熙皇帝在位時，就曾以翰林學士、戶部侍郎和《佩文齋書畫譜》總裁等官職供奉皇帝，他的官職可謂居於當時統領書畫藝術的最高地位。因此，鬆江畫派的勢力隨著王原祁聲望的尊崇而大大提高。為了迎合皇帝的欣賞趣味，體現太平盛世的氣象，在王原祁那裏，鬆江畫派畫家筆下有董、巨遺風的荒率、靜逸、超脫的情致消失了，代之以造境構圖上的“龍脈開合起伏”和用筆皴法方麵愈演愈烈的程式化和概念化。宮廷中，還有一個以書畫供奉皇帝的畫家董邦達。他的官階比王原祁更高，他是翰林院編修，侍讀學士，屢次被擢任為工部尚書、禮部尚書。他的畫風在婁東、虞山派之間，雖有元人和董、巨筆意，但實際上主要是師法“四王”，尤其是他的用墨深得董其昌的法脈。在董邦達聲譽最隆時，人們將他與董源、董其昌一起稱為“古今三董”。他也最善於迎合皇帝的審美趣味，比如連山點景的屋宇都是整齊的界畫風格，不再出現隱士的茅屋草舍了。
以王原祁、董邦達為代表，鬆江畫派的後繼者最終走上與宮廷趣味相結合的道路，從而完全改變了文人畫興盛於江湖的處境，形成了官方“院畫”風尚。鬆江派整體上的高逸、清曠、野逸之風，逐漸黯然衰微。
另外，“南北宗”論也導致了宗派觀念在畫壇的泛濫。即便是血脈正宗的鬆江畫派“四王”也被分為婁東和虞山兩派，王鑒為王時敏族侄，王翬少時從學於王鑒，後又出入王時敏門下，他們卻又各分為“兩宗”，門派之間，常抬高自師以壓倒別派，互相攻訐。
但是，清代還有一些畫家，諸如石濤、漸江、髡殘、八大山人、龔賢等，卻在畫壇的“正統”畫風之外，學古變法，師法自然，以天地造化為師，把傳統的文人山水畫，推向了一個前所未有的境界。他們的山水畫創作，表麵上似乎是對鬆江畫派單一審美思想的叛逆，但他們的繪畫風格所呈現出的文人山水畫嶄新格調，未嚐不可以看成是對董其昌有關文人畫理想的另一種別出心裁的解讀與實踐。
鬆江畫派是中國古代繪畫史上理論觀點最鮮明也最富有學術性的畫派。通過對文人畫師承路徑的清理和疏導，鬆江畫派的理論和實踐，讓吳門畫派的末流不再囿於文、沈二家而能上追古人。鬆江畫派對文人畫理想的重構，拓寬了晚明畫壇的師承對象，在當時有著重要的現實意義。
鬆江畫派的開創者們出於重構文人畫理想的本意而提出的“南北宗”論，發揚了中國繪畫史上兩種具有對比性的繪畫風格和審美觀念。但他們的“尊南抑北”，則把剛健、躁動、鬱勃和具有激烈情緒的創作，乃至於雄渾、博大、沉厚和氣勢豪縱的繪畫列於貶抑之列。正是由於鬆江畫派的排斥，北宗一係的山水幾乎在有清三百年間不曾得到延續和發展。不僅金陵畫派、新安畫派、姑熟畫派等具有改革思想的畫派，因正統思想的壓製，僅限於一時一地的流傳，而且也將具有叛逆精神、頗富剛健之美的“揚州畫派”視為異端，視之為醜怪。
當然，我們不該把這錯誤歸於鬆江派的創始者，這種流弊隻能看成是一個曾經盛極一時的流派，發展到一定曆史階段所產生的“末流之失”，這也是曆史上任何一個曾經具有創新精神與改革意義的畫派都曾經曆過的。