在蘇軾任地方官、輾轉於各個任所之際，北宋朝廷的政治鬥爭非常激烈。起因是王安石的變法。前文我們已經說過，王安石變法的目的實質上是富國強兵，改善北宋積貧積弱的局麵。但是新法條例在推行中遭到了一些大臣的極力反對，因此形成了反變法派。因意見分歧，一些老臣紛紛隱退，王安石隻好起用一些“新進勇銳之人”。此時，一批投機鑽營的小人也趁機混入了變法派陣營。這些人假借變法之名，大肆打擊異己，以鞏固自己的地位。王安石在新舊兩派的夾攻排擠下，兩次罷相，並最終於熙寧九年十月退居金陵，不問政事，直至終老。變法派被小人操控，使得變法成為統治階級內部進行的一場嚴肅的政治鬥爭，已經演變成爭權奪利、互相傾軋的“黨爭”。麵對反變法派日益強大的陣營，新派中假意支持新法而謀得高位的小人恐慌難當，他們決定出手反擊。於是，直言敢諫的蘇軾就成為了他們首選的打擊對象。帶頭的是禦史中丞李定、權監禦史裏行何正臣和舒亶等人，他們開始多方搜羅蘇軾的“罪證”。而此時的蘇軾是一位名副其實的實幹家，他在地方上勤於政事，做出了很多成績，深受百姓的擁戴，同時也得到神宗皇帝的多次表揚。所以，那些奸詐的小人在蘇軾政績上尋找不到任何紕漏，便在蘇軾的詩文上做文章，“烏台詩案”應運而生。
“烏台詩案”之“烏台”是禦史台的別稱。此名來源於漢代，據說當時禦史台外有一棵很大的柏樹，上麵棲息著很多烏鴉，所以禦史台從此又被稱為“烏台”。此次蘇軾一案是因詩文而起，所以稱“烏台詩案”。
烏台詩案的導火索是蘇軾在到達湖州任所後，按例上呈給皇帝表謝恩的《湖州謝表》。在謝表中，蘇軾寫了這樣幾句話：“知其愚不適時，難以追陪新進，察其老不生事，或能牧養小民。”（《東坡集》卷二十五）“新進”和“生事”等詞語刺激了一些小人。因為“新進”一詞在變法期間已經成為那些毫無能力卻突然升遷的人的代稱。那些靠“歌頌”變法而迅速得勢的人，認為蘇軾在用“新進”和“生事”等詞語嘲諷他們。於是，這些人開始群起而攻之，陷害蘇軾。他們將蘇軾的詩文收集起來，從中斷章取義，羅織罪名，其焦點主要集中在蘇軾肆意批評新政上。的確，蘇軾有些詩句對新法是有所批評，但那是因為他深入地方，目睹了一些新法的弊端。他借詩文抒發情懷的同時，主要還是想引起當權者的注意，以便於改進政策，並沒有反對朝廷之意。但是欲加之罪，何患無辭。李定等人輪番向神宗皇帝上書，彈劾蘇軾。神宗皇帝在數日內連續收到了四份狀紙。第一份是元豐二年的六月二十七號由何正臣上交的。他首先批評蘇軾的謝表“愚弄朝廷，妄自尊大”，並且特別強調蘇軾對新政的否定。他同時還上交了一本蘇軾的詩集作為罪證。第二份和第三份是在七月二日由舒亶、李宜同時提交的，他們在上交蘇軾更多詩文的同時，還曲解蘇軾的詩文，以此來激怒神宗。七月三日，李定上交了第四份狀紙，聲稱蘇軾有四大該殺之罪。這四大罪從考取進士及第開始批判，直到蘇軾在地方官任上，簡直無所不包。四人在狀紙中都極力建議皇帝將蘇軾處以極刑，“以示天下”。神宗雖然愛惜蘇軾的文才，但是在眾人輪番的狀告中，隻好下旨將蘇軾逮捕，押送回京審訊，準備治罪。元豐二年（1079年）的八月十八日，蘇軾被押解到京城。
蘇軾入獄後，隨即被投入陰暗的牢房。之後的五個多月，李定等人對蘇軾進行了百般折磨，逼迫蘇軾屈認罪行，蘇軾對這些小人嚴詞諷刺，毫不妥協，已做好慷慨赴死的準備。蘇軾入獄後，營救蘇軾的人也很多。這其中包括曾經位居參知政事的張方平和宰相吳充等。這裏還要提到兩個特殊的求情之人：一個是已經退隱的王安石；另一個是神宗的祖母曹氏。王安石和蘇軾之間的矛盾隻是集中在政見上，在才學和為人上，王安石是很佩服蘇軾的。所以在蘇軾被抓之後，王安石上書皇帝說：“安有聖世而殺才士乎？”神宗的祖母曹氏關於二蘇“兩宰相”之說，早就有所耳聞，她極力反對神宗處死蘇軾。神宗也很愛惜蘇軾的才氣，本來就沒有打算置蘇軾於死地，再加之眾人的求情，他於當年的十月十五日頒布了大赦天下的詔令，蘇軾暫時沒性命之憂。十二月二十八日，神宗做出最後的裁決：蘇軾貶居黃州。其他有關官員也都不同程度地受到了牽連——蘇轍因上書營救蘇軾，得罪當權者，被貶到高安。與蘇軾關係密切的黃庭堅和曾鞏等人也都遭到貶謫。曆史上著名的“烏台詩案”至此告一段落。
北宋神宗三年（1080年）二月，蘇軾在其長子蘇邁的陪同下到達了黃州。黃州地處今湖北省東部的長江北岸，北宋時屬於偏僻荒涼之地。蘇軾的官銜是“責授檢校尚書，水部員外郎，充黃州團練副使，本州安置，不得簽書公事”，在名義上說，蘇軾得到的是一個閑職，不能參加公事；實質上，他在某種程度上還是受到朝廷監視的，是一個特殊的“囚徒”。蘇軾在黃州過著簡樸的生活，還經常親自參加勞動。雖然如此，蘇軾卻感到很適意，一度有在此終老的打算。因無公事纏身，蘇軾經常出遊，流傳千古的《赤壁賦》就是他在遊覽赤壁後所作的。但是，百姓的疾苦並沒有被蘇軾忘記，在其《黃州道上遇雪》中，“佇立望原野，悲歌為黎元”，很明顯地表達了這種情懷。蘇軾雖然被剝奪了參加公事的權利，但他總是請求其他官員多為百姓做事。這裏舉一例來說明。武昌一帶自然災害不斷，百姓生活貧困，但是朝廷賦稅卻絲毫沒有減免，百姓竟然被逼迫到溺殺嬰兒的程度。蘇軾“聞之辛酸，為之不食”，於是寫信給鄂州知州朱壽昌，請求賑濟。蘇軾雖然沒有實權，但是他的愛民之心仍然贏得了黃州人民的愛戴。在蘇軾修造房屋時，當地居民紛紛前來幫忙，用蘇軾自己詩中的話說：“四鄰相率助舉杵，人人知我囊無錢。”在黃州居住的五年間，他同當地人民建立了很深厚的感情。