因為這一舉動實在大了點，加上建成、元吉他們無不時時密切監視著世民的行動，密探幾乎無處不在，所以怎麼能瞞得過他們呢？
齊王元吉抓住了這一把柄，馬上向父皇告了密，還不直接說秦王要謀反什麼的，隻說張亮圖謀不軌，於是高祖立即下詔把張亮抓了起來，下吏部有司案驗。
張亮是位忠心耿耿於秦王的有誌之士。他在有司嚴刑盤問之下，始終沒說一句話，最後隻好把他釋放了，讓他又回到了洛陽上任去。
一次太子建成又想對秦王下毒手，請他到東宮去挑燈夜宴，而在酒中下了鴆毒，幸虧李世民的胃十分敏感，剛喝了一點點便發作了，頓時口吐鮮血達數升之多。
當時他兄弟倆的堂叔淮安王李神通也在座，看他當場即如此大吐，太子以為毒性已夠，就讓神通攙扶著秦王回去了。
西宮中也早有所準備，因為保不住哪次，或許就會遭人暗算，所以什麼金創藥、解毒藥等，一應俱全，馬上對症服用，並立即好好調養，總算又闖過了一次鬼門關。
皇上聽說秦王喝酒喝得不合適，特地來西宮探視。秦王也就沒說有毒等細節，隻是順著說，喝得不合適，沒什麼。於是皇上敕令太子建成說：
“秦王素不能飲，自今以後，再不要去請他夜飲了。”
但也就在這次探視之時，總算又對世民說：
“朕之首建大謀，削平海內，可都是你的功勞。但現在建成他年紀也大了，當太子也已經有些年頭了，朕真不忍心再去奪了他的位。朕已深知你們兄弟間水火不相容，兄弟倆同位於一座皇宮，勢必會磕磕碰碰，以後糾紛會越來越多，矛盾定會越鬧越深。倒不如還派你到東都洛陽去定居，從此以後，自陝以東都歸你主管，而讓他還當他的儲君，將來建天子旌旗，仿照過去漢朝梁孝王的政事那樣，你看如何？”
李世民在病榻上聽父皇說得如此懇切，竟簌簌地掉下淚來，等父皇一說完，便爬下床榻，跪在父皇膝下，再次固辭，說不願遠離父皇膝下，若去了東都，不能朝夕侍奉父皇，心中會不安的。
於是父皇也十分感動，寬慰秦王說：
“天下乃一家，更何況東西兩京之間相距也甚近，朕要是想念你，即可去東都看你；你要是想父皇，也隨時都可來長安，你切莫為此過分悲傷。”
話既說到這地步，李世民也隻好答應了。
但當秦王李世民正準備要遷居東都之際，太子建成與齊王元吉卻又密謀開了，說：
“秦王要是一到洛陽，既有土地，又有甲兵，加上他早已在那裏有所經營，這不好比放虎歸山嗎？到那時，可就再也遏製不了他了，倒不如還把他留在京中，我們就近還好對付他一些，他終究隻是一介匹夫耳！”
於是他倆又秘密地指使一些人向皇上說：
“秦王之左右聞知要到洛陽去，無不雀躍欣喜，看他們這等樣子，恐怕去了就不想再回來啊！”
這樣做還不夠，他倆買通了皇上最親近、最寵幸的大臣們，從利害的角度去勸說皇上，於是本來還在猶疑未決的皇上，下定了決心，製止了讓秦王去東都的事。
謊言重複一千遍也能成為真理，這一點也不假，架不住建成、元吉以及後宮嬪妃們日日夜夜地在皇上耳邊一個勁兒地說李世民的壞話，這樣老皇帝能不信嗎？
高祖李淵正要治罪於秦王時，陳叔達忍不住了，這位舊朝陳宣帝的第十六個兒子陳叔達，字子聰，在陳朝曾被封為義陽王，一入唐，武德元年（618年）即授黃門侍郎，二年又進納言，四年即拜侍中，他善於明辨是非，所以他每有上奏時，大臣們無不矚目，高祖也特別聽得進他的話。他聽說皇上要治李世民的罪，便向皇上進諫說：
“秦王有大功於天下，不可黜也。況且他性情剛烈，要是去挫折他，壓抑他，他會憂憤得受不了，甚至會得場意想不到的大病，到那時，陛下可就悔之莫及了啊！”
這一席話雖簡單，可分量不輕。再加上是出於輕易不向皇上進諫，而皇上又最喜歡聽他進諫的陳叔達之口，所以皇上倒也聽進去了，就沒治世民之罪。
這一下齊王李元吉可急了，於是他親自出馬，但又不敢在公開的朝堂上提出，隻是找了個機會，乘皇上寢宮中無人，單獨秘密地向父皇提出，請求快快殺了秦王。高祖李淵此時已接受了陳叔達的正確思想，所以回答齊王元吉說：
“他可有平定天下之功，而罪狀又不顯著，能找出什麼名正言順的理由來殺他呢？”
“秦王初平東都之時，就顧望一再，幾乎不肯返回長安來，而到處去散發錢財布帛，樹立私恩；後來又多次違背父皇的敕命，這不是謀反，又是什麼呢？像他這樣的人，就是應該速速殺滅，以免後患。這又何患無辭呢？”
齊王元吉的話似乎也有一定道理，但這回老皇帝沒接受元吉的挑唆。
皇室兄弟之間的矛盾越來越白熱化，弄得秦王府的屬僚們都手足無措，個個謹小慎微，深怕自己之小不忍，會亂了秦王的大謀。
行台考功郎中房玄齡便對長孫無忌說：
“現在秦王與他兄弟間的嫌隙已形成，一旦禍機竊發，我們王府與朝廷要一敗塗地，這可是社稷國祚之憂啊！倒不如去勸秦王行周公之事，以安家國。目前存亡之機緣，已到了間不容發的地步，要辦必須立即辦，當機立斷。”
長孫無忌馬上回答說：
“我懷此想也已久矣，隻是總不敢開口，今日吾公所言正合吾意，我一定好好對秦王去說。”
長孫無忌入秦王府對李世民一說，李世民馬上讓他去把房玄齡也召進府來，三個人一起當麵談。
房玄齡一見秦王便說：
“大王功蓋天地，隻有大王才應承當社稷大業。今日所形成之憂患危機，未嚐不是好事，乃天讚我成功也，請大王不必狐疑。”
李世民當然一時還下不了決心。
房玄齡於是又會同府屬杜如晦一同去勸說秦王，讓他下決心誅殺建成、元吉兄弟。
說到房、杜二人，在唐朝開國大業乃至貞觀之治中，都是不可不表的重要人物。
房玄齡名喬，字玄齡，以字行，齊州臨淄人。他的曾祖父房翼，是後魏的鎮遠將軍、宋安郡郡守，襲壯武伯；祖父房熊，字子威，一字子彪，釋褐州主簿，父親房彥謙，好學不倦，通《五經》，仕隋為涇陽令。
當高祖李淵與秦王李世民高舉義旗，入關至渭北時，房玄齡杖策謁拜於秦王軍門，秦王與他一見如故，外加還有溫彥博的推薦，所以立即讓房玄齡署渭北道行軍記室參軍，彼此引為莫逆的知己。
從那時起，房玄齡始終罄竭心力地侍奉秦王，每當平定一寇一地之後，大家都競相去爭搶珍寶古玩，隻有房玄齡卻爭著去網羅人才，並選上好的推薦到秦王的幕府來，碰到有謀臣猛將，則要與他們結為好友，敬之如賓，所以謀臣猛將們也無不願為他竭盡死力。
房玄齡如此赤心忠良為秦王，秦王自然敬愛他，更甚於愛自己的眼睛。
再說這位杜如晦，他字克明，乃京兆杜睦人士。他的曾祖父杜皎，周朝時贈開府儀同大將軍、遂州刺史，祖父杜徽，任周朝河內太守，父親杜吒，仕隋為昌州長史。
當秦王李世民平定京師之後，即引杜如晦為王府兵曹參軍，不久又遷任陝州總管府長史。
那時秦王府中英才俊傑輩出，有不少都被父皇補調另予任用，秦王還真怕手下人才被父皇調空了。
此時房玄齡也已看到秦王有這塊“心病”，便對秦王說：
“府僚被大量調走，倒也並不足惜，而杜如晦此人特別聰明有見識，又諳達世事，是位王佐之才。要是大王隻是守個藩鎮什麼的，那他倒也不一定有用；要是大王想經營四方，則此人可是不能或缺的。”
李世民聽了房玄齡這番話，十分驚訝，便回說：
“你要是不說，我幾乎就要失卻此人啊！”
於是專門上奏父皇，任杜如晦為府屬之官，這樣父皇也就不能再調他去任別的什麼職務了。
後來杜如晦一直跟著秦王，去征伐劉武周、王世充、竇建德等，他都與秦王一起，參謀於帷幄。這一段曆史時期，國事頻仍，往往必須做出正確的判斷才能決勝，而隻要聽從杜如晦的意見，總可穩操勝券，他的判斷與決策真是剖斷如流，總是讓人深深地心服口服。
正因為房、杜二人有如此之不凡與重要，所以太子建成與齊王元吉對秦王世民的嫉恨也往往轉而把矛頭對準他們倆。有一次太子建成就對齊王元吉說：
“秦王府中雖人才濟濟，但最讓人擔心的隻有杜如晦和房玄齡兩個。”
為此，兄弟倆又在父皇麵前進讒言，專說他倆的壞話，結果一度還真被高祖李淵斥逐於秦王府之外。
太子建成與齊王元吉又嫉妒秦王府的驍勇良將，便想法子去挖秦王的牆腳。
他倆便把矛頭頭一個對準了尉遲敬德，為了買通他，秘密地派人送了一車金銀器物到他的府第，還附去書信一封，想要招收他。信中說：
“願迂長者之眷，以敦布衣之交。”
尉遲敬德絲毫不為這一整車的金銀財寶所動，不但原車退回，還回書道：
“敬德乃蓬戶甕牖之人，遭隋末亂離，久淪逆地，罪不容誅。幸得秦王賜以更生之恩，今又策名藩邸，唯當殺身以為報。而於殿下無功，不敢謬當重賜，若私交殿下，乃是二心，徇利忘忠，殿下亦何所用！”
如此開誠布公而又斬釘截鐵地頂住了皇太子的“厚賜”，自然大大激怒了皇太子，從此太子建成就與他絕了交。
而尉遲敬德則將此事原原本本地告訴了李世民，李世民便對他說：
“我公之心堅如山嶽，雖積金至鬥，我也深知絕動不了我公之心的，太子既然要‘厚賜’，我看隻管收下好了，我是絕不會懷疑我公之心的。這樣倒可與他有所交往，從而還可知道些他們的陰謀，豈非良策？要不然，大禍很快要降到我公頭上了啊！”
尉遲敬德一向仗義疏財，哪會去要皇太子的那車賄賂。
結果還真未出秦王之所料，齊王編造了一套罪名，告到高祖那裏，高祖李淵即把尉遲敬德抓進大獄，讓有司去偵查治罪，有司又查找不到任何真憑實據，李世民又多次向父皇請求免他的罪，因為他也確實沒什麼罪，所以最後隻好又放了他。
建成、元吉他倆又把第二個矛頭指向了程知節，他們的狀還總是一告一個準，高祖李淵即讓程知節外放，到康州去當刺史。
程知節就是不願意走，對秦王說：
“大王的股肱羽翼都被人一個個全掰盡了，光留下大王，還能維持多久呢？我程某死也不願離大王他去，請大王早日下定決心，定好計策，與他們幹吧！”
程知節就是不願外放，高祖也拿他沒辦法。
建成、元吉的第三個矛頭指向了右二護軍段誌玄，還是老一套，想拿金帛等財物去收買，結果又碰了一鼻子灰。
李世民的心腹一個個被調走，最後，隻剩他的舅子長孫無忌尚留在府中，再加上舅子的舅子雍州治中高士廉、車騎將軍三水候君集，以及尉遲敬德寥寥可數的幾位了。他們個個心中比李世民本人更焦急，所以日以繼夜地勸李世民早早下手，誅殺太子建成與齊王元吉，而此時李世民還是下不了最後的決心。
直到太子建成他們真要向秦王世民下毒手時，他才讓長孫無忌悄悄去把房、杜二人找入秦王府作最後決策。李世民知道王府前後左右已被秘密監視，所以讓他倆都改穿了道士服，略作化裝，分頭趁夜潛入王府。房、杜二人也一致勸秦王快下決心。
正巧這時突厥又來犯邊，太子則在父皇麵前推薦，讓齊王督領諸軍去北征，還向父皇說二弟不可信，更不可再派他出征一類的話。
高祖李淵當即答應了。齊王元吉便督領右武衛大將軍李藝、天紀將軍張瑾等去救援烏城。元吉趁派他上陣之機，又向父皇提出還需讓他親自挑選一些將領，父皇當然也同意。他便挑選了秦王府的尉遲敬德、程知節、段誌玄，還加上一個秦王府的右三統軍秦叔寶，都必須陪他一同北征，這還不算，又從秦王府調走了最精銳的將士一大批。
這時率更丞王晊向秦王李世民秘密地報告他所探知的情報，他說：“太子對齊王說：‘現在你既已得到了秦王的驍勇猛將，擁有幾萬兵眾，我要與秦王一同在昆明池給你餞行，就乘此機，派壯士們把秦王拉殺於幕下，然後就啟奏皇上說他是暴死，我想父皇是不會不相信的。到那時，我當派人去向父皇進說，讓父皇授職掌軍國之大權於我，而你則把已到手的尉遲敬德等輩統統活埋了，這一來，又有誰敢不服我們？’這情報可是千真萬確的啊！”
李世民聽到這些，心中沒法不毛，便把這情報又告訴了長孫無忌等人，他們當然就更進一步勸說秦王要在他們行動之前把他們解決了。而李世民歎息道：
“骨肉間之相殘殺，乃古今之大惡。我也已明知禍在旦夕了，但總還想等他們先發動了，然後我們再以義來討伐之，那樣不更好嗎？”
尉遲敬德聽秦王如此說，便頭一個開了腔：
“人之常情，有誰不愛惜自己的死節呢？如今大家都願意以死來侍奉吾王，這是天公之授意啊！現在禍機已一觸即發，而吾王還是安然不動，不以為憂，大王縱然可以自輕，但怎麼能輕忽社稷宗廟呢？大王今天要是不采用我說的去做，我隻好則身於草澤之中，再不能留在大王身邊，而束手讓他們去捕殺啊！”
這話還真說動了秦王之心。長孫無忌怕秦王還會反複，馬上補充說：
“今天要是不聽敬德之言，那麼大勢去矣！無忌與大家也隻好跟著敬德一同走了，再也沒法繼續侍奉大王了！”
李世民聽到長孫無忌也要走，便說：
“我所說的也並非全無道理，還請公等好好想想！”
尉遲敬德進一步直言批評秦王，他義正辭嚴地說：
“大王今天處事狐疑，非智也；臨難不決，非勇也。大王平素蓄養的這麼多勇士都還在大王身邊；在外的人，現在也已召入府第來了。隻要我們穿起盔甲，帶上兵卒，這已成了大事的一半，隻要我們一發動，還怕大事不成嗎？”
李世民又找了幾位府僚來問問，看看他們又有什麼看法，而他們都說：
“齊王是個凶殘乖戾之輩，他終究是不肯侍奉秦王您這位兄長的。近日又聽說，護軍薛實對齊王說：‘大王之名，合起來，正好是一個唐字，大王一定會繼皇位主政的。’而齊王聽了後樂滋滋地說：‘隻要把秦王除了，至於拿下東宮，還不是易如反掌的事？’這位齊王跟著太子謀亂還沒成事呢，倒已萌發了謀取太子之心，真可謂謀亂之心永無厭足，他是什麼都幹得出來的。要是讓這兩個人得了誌，恐怕這天下將不再歸唐所有了啊！以大王之賢能，要取締這兩個人，還不就像在地上撿起一顆芥子那麼容易？為什麼大王偏要去徇匹夫之節，而忘卻了社稷之計呢？”
李世民聽後，覺得都在理，但還是難下最後的決心。於是大家又問他說：
“大王以為舜算是什麼人呢？”