由於孫思邈醫術高超，一心為民，千百年來一直受到人們的尊敬和愛戴，人們尊崇他為“蒼生大醫”。很多地方都為他築祠立廟、塑像進香，民間流傳很多關於他的故事，有的甚至已經傳為神話。這些神話無不表達了人們對孫思邈的崇敬和懷念，也足以說明孫思邈的形象已根植在人們的心中，千秋不變。
隋末唐初，有一行醫者在京城長安城南為人醫病後在街上行走，見有家開豬腸雜碎的小店，便進去品嚐。他吃時感到泡饃腥味太大，油膩糊口，便向店主了解情況，發現經營一天所收銀錢難養一家老小，生意清淡。便說：“賣腸肚雜碎本錢小，好賺利，是養家糊口的好辦法。但要做好，味兒要美，叫客人吃了第一碗，還想第二碗，回頭再來，這樣才能把生意做紅火！”接著他把自己周遊四方的所見所聞和如何將豬腸、豬肚進行洗、翻、刮、漂、晾等進行加工和煮肉的方法授予店主，又從自己隨身帶的藥葫蘆中取出花椒、茴香、八角、桂皮等八九種藥物，開出配方，最後將藥葫蘆也送給店主，讓他如法調配佐料。當晚，店主就按指點如法製作，不但全無腥味，也不油膩了。第二天小店裏外香氣四溢，顧客盈門，都讚不絕口，座無虛席，生意興隆，店主在人們的議論中才道出了其中的奧秘，並知道這行醫者就是華原人藥王孫思邈。店主為了感謝藥王的恩賜，就把那個藥葫蘆掛在店門頭上，作為招牌，“葫蘆頭”也就由此得名。如今西安的老孫家羊肉泡、同盛祥牛肉泡、春發生葫蘆頭泡三家鼎足，並駕齊驅，均為三秦大地的三大名吃之一，享譽海內外。
唐代的時候，傳說孫思邈為皇後治好病後，唐太宗非常高興，就賞給他許多財物，孫思邈婉拒，唐太宗就要給他官做，他也婉拒。他掛念民間疾苦，誠懇婉辭，唐太宗為嘉獎其德行，封他為“藥王”，並賜給他朝天翹的王帽和赫黃色的王袍。這件事後來被尉遲敬德知道了，他很不服氣，心想自己出生入死，百戰勳功，功勞那麼大都沒有封王，他一個小小郎中竟得了這麼大的便宜，自己竟不如一介山野小民了，於是就去找孫思邈理論。孫思邈遠遠地看到敬德來了，忙把朝天翹彎了下來，將赫黃袍翻過來穿，出現一襲紅緞。尉遲敬德追近，以為是著紅袍的普通官員，便擦身而過。回首一望，老者對他微笑頷首，這正是藥王孫思邈。敬德原想找碴兒，此時心中不覺有點慚愧，孫思邈問：“將軍何事？”敬德說：“請神醫給我瞧瞧”。孫思邈從葫蘆中倒出十八顆金丹交給敬德，說：“每年五月五日服一顆，保你十八載無憂。”敬德接藥道：“果如先生所言，我就為你千秋站班守護。”後來敬德出征遇到了瘟疫，因為有孫思邈所贈金丹的庇護，不但沒有感染上瘟疫，還打了個大勝仗。孫思邈百歲以後辭世，尉遲敬德過十八載壽終，臨終時囑咐部下將自己的像塑於藥王神像之旁，為他站班守護。
太白山下的小山莊有一位活潑俏皮的姑娘。有一天，她在房簷下用竹竿捅馬蜂窩，群蜂圍著蜇她，頭臉霎時被蜇得火辣辣地疼痛。眼睛、鼻子和臉腫得一樣平，脹脹的臉變成圓球似的，雙眼眯成一條縫，疼得大哭大叫，躺在房簷下抱著頭滾來滾去。正巧，孫思邈看病路過此地，聽到哭叫聲，趕快來到王家，上前問道：“你怎麼啦？身上哪兒不舒服？”“不！”那小姑娘說，“被馬蜂蜇了。”孫思邈一看她臉上、頭上腫脹起了疙瘩，果真是中了馬蜂毒。可是藥囊裏沒有治療馬蜂毒的藥，怎麼辦呢？他仔細地想了一下，忙叫過徒弟：“你快到房後去，到陰暗潮濕的地方尋些綠苔來。”不大一會兒，徒弟采來一些綠苔交給孫思邈。他立即把綠苔揉碎，敷在姑娘的頭和臉上。剛敷上不大工夫，姑娘就說涼爽、不疼了。孫思邈囑咐她說：“再接著用綠苔敷，過幾天我來看看。”幾天後，姑娘果然好了，她非常感激孫思邈，跪下來磕頭謝恩。徒弟們疑惑不解地問孫思邈：“師傅，綠苔怎麼能治蜂毒呢？哪本藥書上有啊？”於是孫思邈就給他們講了他發現綠苔能治蜂毒的經過。他說：“有年夏天，我在巷口納涼，看到蜘蛛在一棵槐樹上結網，忽然空中飛來一隻大馬蜂，落在蜘蛛網上。蜘蛛爬過來，伏在馬蜂身上，想吃馬蜂肉，卻被馬蜂蜇了一下，蜘蛛縮成一團，肚皮腫起來了。後來，我看到蜘蛛從網上掉下來，爬到綠苔上打滾，把肚皮在綠苔上擦了幾擦，肚皮就好了。它又爬上網吃馬蜂，又被馬蜂蜇了一下，蜘蛛又跌下去爬到綠苔上滾了幾滾，擦了幾擦，又爬上網跟馬蜂鬥架。就這樣往返三四次，後來終於把馬蜂吃掉了。當時我想，馬蜂毒屬火，綠苔屬水，水能克火，所以綠苔能治蜂毒。這次情況緊急，拿來一試，果然靈驗。”孫思邈沉思片刻，又說：“大蟲吃小蟲，強蟲吃弱蟲。小蟲和弱蟲能夠活在世上，就得有護身法，這些護身法是經過多年體驗後才得到的。我們當醫生的人，應該留心觀察、搜集、研究。”