孫思邈在治療方麵有很多奇特的方法，其實這些方法很簡單，但往往能收到神奇的效果。一天，有個人來找孫思邈，說是一位婦女生下了一個已經斷了氣的小孩，問還能不能救活。孫思邈看那嬰兒，嘴上全是汙血，全身發紫，一動不動，真像是斷了氣。他先用幹淨的棉花擦去了嬰兒嘴外和口中的血，又叫人取來幾根大蔥，用蔥白輕輕抽打嬰兒的身子。過了一會兒嬰兒“哇”的一聲哭了起來。他叫人趕快打來一盆溫水，把嬰兒放到盆裏，揉搓他的身子，抱了起來，再把身上的水揩幹。這樣，沒有吃藥，也沒有紮針，就把那個看去像“死”了的嬰兒救活了。孫思邈對人解釋說：“嬰兒生下後，淤血留在口中。肺氣通暢，嬰兒就沒有危險了。”
一個小夥子的一隻眼睛被什麼東西撞了，眼睛腫得就像一個熟透的桃子，痛得他直叫。小夥子被人攙扶著來找孫思邈治療。孫思邈一看患處已經發青，充滿淤血。他認為應先排除淤血，然後再用藥。但是傷患的地方在眼部，若用針挑，一不小心就會把眼球刺壞。他冥思苦想，終於想出了一個好辦法。隻見他急忙跑到後院去，在水池邊撈了一會，捉了幾條蟲拿回來，叫病人躺在炕上，將那蟲放在淤血上邊，旁人一看，原來是幾條螞蟥。用它怎麼治病呢？大家都感到稀奇。眨眼之間，隻見那螞蟥蜷曲了幾下，便叮破了紅腫的淤血，吸吮起來。不一會兒，螞蝗的身子越來越粗，病人的瘀血卻越來越少，快要吸完時，孫思邈馬上把螞蟥拿掉。他用清水洗淨患處，再給病人敷上些藥膏，叫他休息著。不過一個時辰，小夥子就完全輕鬆不痛了。他起身對孫思邈感謝道：“我的眼睛剛才腫得那麼厲害，一會兒工夫就被您老人家治好了，真是神醫呀！您這種治療方法真是奇妙，我還從來沒聽說過呢！”孫思邈笑著說：“這也是我以前從百姓中學來的，今日恰好給你用上了。”就這樣，孫思邈用螞蟥吸血腫的神奇妙法一時盛傳，他的名聲更大了。
出於尊敬和愛戴，很多地方都為孫思邈築祠立廟、塑像，為他塑像時，甚至還讓他騎在虎身上，這又是怎麼回事呢？傳說有一次，孫思邈在深山老林裏挖藥，遇到一隻老虎，躲也躲不及了，隻好準備與老虎拚了，但老虎並沒有傷害他的表現，反而流露出哀求的眼光。孫思邈感到很奇怪，大著膽子問老虎，“你到底想幹什麼？你若要吃我，就搖三下頭；你若是有求於我，就點三下頭。”老虎聽了，忙點了三下頭。孫思邈走近老虎一看，老虎傷得不輕，但他一想，老虎要吃人，我不能給它治，挑起藥擔要走，老虎咬住他的鞋角硬是不放。孫思邈與老虎約法三章：“我治好你的病，今後你不能再傷害生靈。”老虎忙又點了三下頭。孫思邈每天都精心為老虎治病，終於治好了。一天，老虎銜來一塊大金子給孫思邈，孫思邈大笑說：“老虎啊，你不了解我。我連官都不願做，還要金子幹什麼？”老虎想想也對，既然不要金子，就當孫思邈的衛士好了。此後，不管孫思邈上山采藥，還是下鄉治病，老虎不離左右，有時還幫著他馱藥草，孫思邈累了，就騎在虎背上休息。這就是“藥王騎虎”的由來。現在，陝西耀縣藥王山上還有一塊地方叫“聚虎坪”，相傳就是孫思邈救這隻老虎的地方。後來人們給孫思邈塑像時，總要塑一隻老虎踞在孫思邈身邊，也就是這個原因。
孫思邈“針龍砭虎”的神話流傳極廣，這個神話顯然是虛構的，其中宣揚了“知恩報恩”的封建倫理思想，但也頌揚了孫思邈醫療技術的高明，因為孫思邈不但能治人的病，而且能夠將在封建社會中被視為神聖的龍和虎的病治好。此外，人們為了強調孫思邈藥方的靈驗，便傳說《千金要方》的一部分是孫思邈救了昆明池的龍王後，由龍王贈送的《龍宮仙方》中選來的。據傳說，孫思邈在終南山行醫時，有一年大旱，人們請西域來的和尚在昆明池祈雨，祈禱七天後，池水下降了七尺。當晚忽然有一個老人來找孫思邈，說自己是昆明池的龍王，由於西域和尚祈雨，池水越來越淺，它的性命危在旦夕，請孫思邈救救他。孫思邈說：“聽說龍宮有仙方三千首，我要用它救治天下黎民，如果我救了你，你就要將仙方傳授於我。”老人說：“此方天帝是不許亂傳的，但今天我處境危急，顧不了這麼多了。”於是他立刻把仙方取了出來，雙手捧給孫思邈。孫思邈說，你回去吧，不用再擔心生命危險了。果然，龍王回去後，池水忽然大漲，西域和尚看祈禱不靈，羞愧而去。後來，孫思邈在撰寫《千金方》的時候，就在每卷中都放入了龍宮仙方，讓更多的人得到了益處。