馬雲認為在資金流裏麵必須建設的就是安全問題，如果資金流不能解決安全問題，那麼電子商務就沒有任何前景可言。2003年，馬雲經過長期的思考之後，認為中國銀行的發展過程非常緩慢，如果等待銀行從事電子商務，可能就會有很長的路要走，而一些電子商務企業雖然具備了電子商務的經驗，但是卻又缺乏銀行的營業執照。因此，麵對這些問題，那麼不知道自己該不該建設資金流。如果要想把中國的電子商務引向另一個發展階段，就必須要配上資金流。而當今社會，資金流是最困難的事情，如果不解決資金流，不解決電子商務的支付問題，電子商務下一步就不知道如何發展。而且電子商務資金流的流失會對產業和國家造成非常大的危害，如果阿裏巴巴不做的話，跨國公司就會做。
在當時，中國的銀行可以做電子商務支付業務，但是銀行不知道該怎麼做，而阿裏巴巴知道怎麼做，可是它卻不能做，因為馬雲沒有足夠的資金。但是如果跨國公司在中國做了電子商務支付業務，如果未來70%～80%的資金流都是通過電子商務流程實現的，那麼這就會對國家的經濟安全造成巨大的威脅和挑戰。所以，2003年在達沃斯參加會議的時候，馬雲就說電子商務的支付業務，必須要和中國人民銀行、各個商業銀行聯合起來，銀行做銀行的業務，阿裏巴巴做自己的業務。於是，2003年10月，阿裏巴巴首先在其旗下電子商務平台--淘寶網上推出了獨立的第三方支付平台--支付寶。從此馬雲的團隊正式進軍電子商務領域，也踏上了電子商務的新征途。支付寶在企業中的迅速發展讓馬雲非常吃驚，支付寶的推出也取得了空前的成功。
支付寶的運作流程是：買家在確定購買商品之後，先將貨款彙到自己的支付寶賬戶裏，支付寶在確認收款後就會通知賣家發貨，買家在確認收貨並確認滿意後，支付寶就會彙款給賣家完成此次交易。同時，買賣雙方通過支付寶進行交易不會收取任何費用，在整個交易過程中，支付寶都是作為誠信、中立的第三方機構而設立的，其起到了保障貨款安全以及維護買賣雙方各自或共同利益的作用。
支付寶正式推出之後，馬雲率先提出了“你敢用，我就敢賠”的口號。2005年2月，支付寶公司又推出了“全額賠付”的製度，對於使用支付寶業務而受騙並遭受經濟損失的用戶，支付寶公司將全額賠償其損失。同時，支付寶公司又將“全額賠付”製度擴展到了阿裏巴巴B2B以及所有采用支付寶支付工具的電子商務公司之中。這種主動全額賠付用戶損失以保障用戶利益的做法，在國內目前所有電子商務網站中還屬於首例。這一製度不僅顯示了阿裏巴巴公司解決電子商務支付問題的決心，而且也表現出了阿裏巴巴對“支付寶”產品的絕對信心。支付寶的擔保交易模式為使用電子商務的買賣雙方提供了有效的安全保障，這無疑是給買家打了一針“強心劑”，繼而，用戶放心支付的安全環境使淘寶網上的交易量日益增加，而且還超越了當時國內最好的C2C網站--易趣。
截至2007年3月月底，國內使用支付寶業務的用戶已經超過3600萬家，支持使用支付寶交易服務的商家也已經超過30萬家，支付寶業務涵蓋了虛擬遊戲、數碼通信、商業服務、機票等各個行業。
支付寶是一個非常活躍的平台，因為馬雲要從這裏解決物流和資金流的問題，因此，馬雲對這個目前還隻有90多人的公司投入了最大的精力和財力。同時，支付寶公司也是阿裏巴巴公司中最為活躍的一個子公司，其談判對象都是資金流與物流方麵非常優秀的銀行和企業。支付寶公司甚至還吸引了阿裏巴巴電子商務的業務對手。
馬雲說：“現在的支付寶已經擁有5000萬的用戶，最終將超過3000萬的信用卡用戶。我覺得這個是在銀行充分意識到用戶需求的情況下而發展起來的。”作為具有國內領先水平的獨立的第三方支付平台，支付寶是阿裏巴巴公司為了滿足中國電子商務的發展需要，並且為實現電子商務安全支付而特別推出的一係列服務的平台。支付寶作為電子商務的一個重要裏程碑，馬雲始終致力於要把支付寶打造成為中國電子商務用戶提供“簡捷、安全、快速”的服務、解決在線支付問題的最佳方案。同時，支付寶為每個行業製訂的個性化的在線支付、清算、解決方案，使這些商家在享受支付寶服務的同時，更進一步地擁有了一個極具發展潛力的消費市場。
支付寶以化繁為簡的特點、以技術的創新迅速帶動了信用體係更加完善的理念，得到了用戶的一致好評和信賴。2005年，支付寶獲得網上電子支付最佳人氣獎，並被評為“中國最具創造力產品”；同時，支付寶還在“2005年中國互聯網產業調查”中獲得“電子支付”第一名，名列中國互聯網產業品牌前50強。2006年，支付寶又獲得了“用戶安全使用獎”、“2006年中國IT十佳市場策劃獎”以及“2006卓越表現獎之創新產品獎”；同年9月，支付寶在“2006年中國IT用戶調查滿意度調查”中，被評為“用戶最信賴互聯網支付平台”和“互聯網支付平台服務滿意度第一”的稱號。這些殊榮，無一不證明支付寶獲得了空前絕後的成就和人們的信賴。