不過，蔣並未因此罷休，在黨國大員勸退無效後，親自出馬，單獨召見李來勸退了。李堅持不肯已經“粉墨登場”之後打退堂鼓，而蔣亦堅持要李自動放棄，各不相讓，有如口角。（見《李宗仁回憶錄》第579頁）
能夠當麵和蔣介石頂嘴的，在當時的國民黨裏，李宗仁可能是絕無僅有，自然是“新聞”，不脛而走，使李反而得到更多的同情。據參與機密的“天子門生”劉誠之告訴李宗仁，蔣曾“召集一個極機密的心腹股肱會議。出席的全是黃埔係和CC係的重要幹部。在會中，蔣先生竟聲稱，我李某參加競選副總統直如一把匕首插在他心中，各位如真能效忠領袖，就應該將領袖心中這把刀子拔去雲雲”。（同書，第580頁）真是愈來愈嚴重，蔣氏狹窄的心胸使他鑽牛角尖亦愈鑽愈深。
在蔣介石勸退不了李宗仁後，決心推出原無意出馬的孫科來做“黑馬”。這著棋的意圖甚是明顯：孫科既是孫中山的兒子，黨內有一定的影響力，又是廣東人，可分李的西南選票，認為這樣再加上黃埔與CC的努力，才可擊敗李宗仁。蔣說成孫科參選後，大肆宣傳造勢，並對國大代表威迫利誘，同時也抹黑李宗仁（詳閱司馬既明《蔣介石國大現形記》下冊，第335—341頁），即外國人所謂的“反競選”（negative campaign）。4月19日，蔣介石當選總統，翌日國大公告六名副總統候選人，更是短兵相接。4月23日首次投票選舉副總統，李得票比孫多一九五張，然因未過半數，須再投票。競爭更趨激烈，孫科的助選人看到《救國日報》刊載不利他們候選人的文字，竟將報館搗毀，暴力行為反使孫科的選情更趨劣勢。翌日複選時，李仍領先，比孫多得二百一十八票，仍未越半數。蔣介石知道形勢益為緊迫，決定別采非常手段，動員黨政機關、特務警察加強威脅利誘。最使李難堪的是，蔣介石派人散發傳單，攻擊李宗仁當選副總統後就要“逼宮”，逼蔣出國，極盡混淆視聽之能事。李在黃紹竑的指點下，采取“以退為進”的高招，作為反擊，遂於4月25日以選舉不公、幕後壓力為由，聲明退出，果然迫使程潛、孫科相繼放棄競選，造成副總統選舉流產的窘局。
召開國大，選舉總統、副總統原是蔣介石要唱的戲，現在戲唱不下去了，隻好收斂與軟化，乃召見白崇禧勸李恢複競選，且宣稱“對於造謠生事，尤為震怒；對於代表投票，主席並鄭重聲明絕對自由”。於是第三次選舉在4月28日舉行，李仍領先而未過半數，競選更趨白熱化，然由於程潛票少被淘汰，程之選票轉投李，使29日的第四次選舉，李宗仁終以一千四百三十八票當選首屆副總統，蔣介石之氣憤可以想見。李宗仁從總統府扈從衛士那邊聽到蔣氏異常的反應，有極為生動的描述：
當第四次投票達最高潮時，蔣先生在官邸內屏息靜聽電台廣播選舉情形，並隨時以電話聽取報告。當廣播員報告我的票數已超過半數依法當選時，蔣先生盛怒之下，竟一腳把收音機踢翻，氣喘如牛，拿起手杖和披風，立刻命令侍從備車。上車之後，侍從忙問：“委員長，開到哪裏去？”蔣仍一言不發，司機因蔣先生煩悶時總喜歡到陵園去，乃向中山陵開去。剛剛駛進陵園道上，蔣先生忽高叫：“掉轉頭，掉轉頭！”司機乃開回官邸。蔣先生才下車，立刻又上車，再度吩咐開車出去。隨從侍衛見蔣先生如發瘋一般，恐怕他自殺，乃加派車輛隨行。蔣先生的座車剛進入陵園，他又吩咐掉轉頭。轉回之後，又令司機開向湯山去。真惶惶如喪家之犬，不知何去何從，卻苦了侍從人員。（《李宗仁回憶錄》，第583頁）
李宗仁也親自感受到蔣介石的不快。當選後一日，李氏夫婦前往黃埔路官邸拜候，在客廳裏枯坐了三十分鍾，蔣氏夫婦才姍姍出來，場麵尷尬。5月20日，總統、副總統就職典禮，兩人穿的服裝迥異，蔣穿長袍馬褂，李穿軍裝，並不是事前沒有溝通，事實上李一再請示，蔣先說穿西裝大禮服，後又手諭著軍常服。但到時候，在李全不知情下，蔣突以長袍馬褂亮相，李以軍服佇立其後，有如副官。李雖被蔣擺了一道，竟穿軍裝參加大典，十分醒目，但是這張曆史性的照片，充分顯示蔣介石的促狹以及氣度之小。連司徒雷登大使都注意到，在總統就職大典上，副總統李宗仁完全受到冷落，並於1948年5月22日電告美國國務院。（原電見Rea＆Brewer ed.The Forgotten Ambassador，p. 235）而直到晚年，蔣仍感悻悻然，說：“李宗仁乃是利用戰局之惡化，機巧地操縱了幻想和平的失意分子，爭取選票，僥幸得勝。他在不久之後，便為共產黨所侮弄，趨向所謂謀和的活動，而背叛了中華民國。”（《蔣總統秘錄》，第3078頁）這段事後悻悻然的話，顯然與事實不符，國大召開期間，東北戰局雖然不佳，整個戰局尚未惡化，國民黨內尚無多少幻想和平的失意分子。平心而論，李之得勝，絕非僥幸，而是在蔣大力幹擾下獲勝的，更非僥幸可致。至於後來的謀和活動，更是徐蚌大敗後，蔣下野前要李出麵去謀和的，怎能說因謀和就“背叛了中華民國”呢？古人說，“宰相肚裏能撐船”，而作為“天子”的蔣介石肚量奇小。他的肚子裏固然容不了共產黨毛澤東，也容不了國民黨李宗仁。小人物雖做了大事，終究無法維持大局麵。