左宗棠在1882年2月12日接任兩江總督後，就於3月中旬，在省城金陵和瓜州、揚州、泰州、清江等地，巡閱各營製兵。又在同年6月、次年10月和1884年2月先後三次乘船東下，巡閱了江海防務。通過調查研究，他對江海防務提了不少見解和主張，采取了一些具體措施，對加強江海防務做了大量工作。
設備是江海防務的物質基礎，改進設備是整頓防務的重要一環。“江海設防，一切規模，仿之洋法。”左宗棠改進設備時，求新是一個重要特點，比如創造洋式炮台，一切守台與兵輪炮台操練，以及儲緩急軍火物片，或購自外洋，或由上海、金陵兩處機器局造解撥濟，都反映了洋即新的特點。他要各地根據地勢，除注意舊有憑高俯擊的炮台外，“應傍岸修砌船塢，用木簿鋪鹹水炮台”。
1882年9月，左宗棠向清廷上奏《會商海防事宜折》，指出彭玉麟“專就長江海口而言，力主有海防無海戰之說”，與張佩綸原奏“江南可自為一軍之說，適相符合”。又著重指出：“就長江江防海口而言，兩江總督為固圉之謀，無以加此；若籌兼顧南洋，則遇有警報，各省同一洋麵，自顧不遑，何能為兩江之助？江南海口宜守，亦難應各省之援，其於兼顧之義，終鮮實際。”他向清政府說，兩江“自宜亟籌增製大輪船數隻，以資調度，而速戎機”。他增製五艘大兵輪，除向德國購買兩艘外，其餘三艘由福州船政局代造。
重要的防務設施有了，還需有一批運用和發揮這些設施的人員，因此建立防務隊伍是加強江海防務的中心課題。培養近代海軍人員，更是加強江海防務的最重要的問題。左宗棠說：“中國創設兵輪船，實為自強之計。”
漁產是加強江海防務的重要力量。早在鴉片戰爭時，左宗棠就將“練漁屯”作為反侵略的“固守持久之謀”的一項重要內容。現在，他創設漁團，不僅是“練漁屯”的重大發展，而且，將江海防務置根於江海群眾之中，使江海防務有更深厚的群眾基礎。
左宗棠說，崇明等地群眾，“以漁獵為業，長其子孫，良願者操網罟，完稅課”，是加強江海防務的重要力量。
1883年7月左宗棠提出創設漁團後，8月6日，吳淞設立漁團總局。隨即各地廳州縣亦相繼籌辦。10月19日，左宗棠由金陵乘船東下，先到靖江、通州校閱漁團。
1884年1月，左宗棠上奏清政府，提出創設漁團章程。他將設漁團與編保甲結合在一起，含有治安和抑民的目的，但主要是防洋衛民，有寓團於漁、寓兵於農之意。他的防與守是以戰為基礎，是積極的防守。而且，他強調誓死以戰，從而達到守的目的。
此外，左宗棠還將由福州船政局新造的“開濟”快船調至江陰，將從北洋調回的“登瀛州”兵輪開駐崇明海口，由長江和江南水師提督操練調遣，屆時他再親臨前敵督同指揮。這樣，江南防務自然確有把握。而且，江南防務既固，更可應南北兩洋急需，一旦聞警星馳，斷無緩不濟急之患。
當左宗棠1883年3月出巡上海後，與彭玉麟會晤於吳淞口，談及江海防務和趕辦船炮各事，二人豪情滿懷。左宗棠說：“但能破彼船堅炮利詭謀，老命固無足惜，或者四十餘年之惡氣藉此一吐，自此凶威頓挫，不敢動輒挾製要求，乃所願也。”彭玉麟亦說：“如此斷送老命，亦可值得！”顯然，反侵略，這既是左宗棠一生的宿願，也是他整頓江海防務的目的。
正當左宗棠加強江海防務之際，法國侵略越南已威脅我國雲南和廣西等地安全，清政府於1883年5月諭令左宗棠“悉心籌劃，迅速奏聞”。於是，左宗棠又積極籌劃抗擊法國侵略。
1883年8月15日，左宗棠遵旨上奏《敬籌南洋應辦邊務機宜折》，提出了對法國侵略的態度和采取的立場。首先，他認為，在法國侵略越南，繼則揚言要進軍廣東時，應堅決進行抵抗，不能退縮示弱，因為：“我愈俯則彼愈仰，我愈退則彼愈進。”接著，他指出法國侵略越南，不僅關係越南存亡，而且法國人得隴望蜀，滇、黔、廣西邊患愈迫，中國“旰食方勤，不敢置之不理”。他自以“任重南洋兼管七省海口，尤屬義無可辭”，已派舊部王德榜急赴滇粵與越交界處確探越南情況，以慎定進止。他又從“越南難與圖存，劉永福未可深恃”的情況認為，越南形勢嚴重，如果再置之不理，西南之禍就沒有有窮期。最後表示自己“雖衰庸無似，然每一思及，輒有難安寢饋者”，因此打算待王德榜將越南情況報來，“到時如必須用兵，即飭王德榜調募廣勇數營駐紮滇南粵西邊防要地，相機而動”。