1882年2月10日，左宗棠到達兩江總督所在地南京。12日，前兩江總督劉坤一交卸督印，左宗棠正式就任兩江總督，並兼班裏南洋通商事務大臣，承擔起兩江政務和南洋通商各務。
兩江總督衙門是江、皖、贛三省最高權力機構所在，也是總督的官邸。衙門外觀森嚴，大門常開，有親兵守衛。裏麵庭院深深，從甬道進去，第一進是大堂，第二進是接見官員談論公事的客廳和簽押房，第三進是內眷住房，這裏陶澍、林則徐和曾國藩的眷屬都住過多年，如今左宗棠、張夫人和兒、孫、媳婦等也住在這裏。幾個兒子中，孝寬常年在長沙管家，孝勳、孝同遇到鄉試期間要回鄉參加考試，他們經常在兩地來往，孫兒孫女們多住在南京，左宗棠過了一段熱鬧的家庭生活。
左宗棠認為，江南要政，不外水利、鹽務、防務三大端。
由於“治吳諸策，治水為要。”左宗棠“奉命移節南下，首議大興水利”。他在接任兩江總督任後，就在江南江北動工興修水利。
赤山湖地居句容縣，承受茅山諸水入湖，分流經溧水、上元、江寧三縣以達秦淮河，是左宗棠興修的一項重要水利工程。
赤山湖工程動工後，很快，從東之道士壩起，曆蠏子壩至西之麻培橋一段已挑挖完工。從1883年1月起，“接挑三汊、秦淮兩河，以殺下遊之勢”。到1884年年初，除原來動工的三汊河業已開竣，再接挑秦淮河道“以暢其流”外，另有一項二十餘裏長的工程，“均一律挑浚深通，圩堤加高培寬，捶築堅固”。不僅如此，這項工程還“沿堤栽種桑秧，以護堤而興利”。這年4月，秦淮河流經通濟門內外橋閘，以及入江去路的金川門內外河道港汊，均依地勢擇要建閘建橋，“乃得收納諸水導引清流，陸居舟居鹹受其益”。此外，帶子洲沿江的圩堤，汀寧鎮頻江的閘壩，省城道路溝渠，都先後分別動工，以慰紳民喁喁之請。
1882年3月，左宗棠提出引淮歸海的治淮方案。
並且，治淮工程進展較快。由於運河西堤已獲成效，左宗棠在1883年4月又指出：“運河兩堤，險工林立，現當春水漸生，亟宜乘時趕辦”。由於堤岸加緊趕修，故在這年入夏大雨不斷，湖水運河泛溢為患，較上年水勢盛漲時更高數尺，不僅上年新修的堤工堅固屹立，而且因堤壩攔水，使下河農民得以乘機拚力搶割遲稻，農民喜出望外，堤岸再次顯示作用。5月末，東岸堤完工。
1884年2月8日，左宗棠又到清江，會同漕運總督楊昌濬等人，用了8天時間，先看湖水出路張福口河等處，再由楊莊循舊黃河而行，沿途查看雲梯關，並由大通口查看引河入海道路。通過這次調查，他對導淮入海工程有了較具體的了解，擬訂了導淮入海的新方案。
左宗棠在江南興修水利，是在西北和畿輔興修水利的繼續和發展，範圍廣，規模大，江南江北幾處工程同時施工，並且取得了較大的成績。
兩淮鹽務向來發達，是我國重要的產鹽地區之一。為了實現“複岸増引”，左宗棠整頓鹽政的措施和方法有：
1.講求鹽質。淮鹽有淮北、淮南兩種：淮北鹽借風力曬鹽，色白而味佳；淮南鹽用鍋引火煮鹽，色黯而味微澀。因此，淮北比較淮南鹽易銷，但產量小如淮南鹽。川鹽、粵鹽與淮北鹽相近，並以成本輕、質最高奪取淮陶鹽銷地。為此，左宗棠倡導改進淮南煮鹽辦法，將場灶存鹽重加水淋過濾，使其“色白味佳，較蜀、粵所產殆有過之”。這種提高產品質量以增強商品在商場上的競爭力方法是正確的。
2.裁減雜款規費。左宗棠說，鹽務本腥膻之場，四麵八方都伸手染指，雜稅陋規層出不窮。為此規定：除善舉有益地方，準隨時酌議加增外，應裁者裁，應減者減，逐加厘定備案，嗣後不準別立名色違章取巧。