4.“各局宜合並”。礦政、船炮相為表裏。海防全政大臣設立後，“即將福建船政差使撤銷”，徐州、穆源各礦及各省製造局“亦概歸該大臣統籌辦理，以歸劃一”。
5.“經費宜通籌”。主張裁兵、加洋稅，定海軍衙門常年經費；並令各省按年勻攤協濟，交海防大臣支用。
6.“鐵路宜仿造”。鐵路關係商務、軍事，“一經告成，民因而富，國因而強，人物因而倍盛，有利無害”。宜先設清江浦至通州鐵路，“以通南北之樞，一便於轉漕，而商務必有起色；一便於征調，而額兵即可多裁”。待辦有成效，“再行添設務支”，而“推廣於西北一路，尤為日後必然之勢”。
7.“士氣宜培養”。道、藝出於一源，藝術亦可得人才。水師官兵，應“大開學堂”培養；“一切格致、製造、輿地、法律，均為以術運經之事，尤應先倡官學，酌議進取之方，廣譯洋書，勸導士民自相師法。”
顯然，這與左宗棠晚年入值軍機，總督兩江兼任南洋通商事務大臣和督辦福建軍務的實踐有關，並體現著他對反侵略戰爭曆史經驗教訓的總結。這是一幅規劃全國海防全局的完整藍圖，既提出統一和加強領導，又包括具體措施的設計。盡管稍後總理衙門在遵旨複議中，對他所提出的各項具體措施有所損益取舍，如認為“驟設十大軍，一時無此力量”，計劃“先在北洋倡練海軍，欽派大臣自宜就近經理”等；然而，其中關於專設大臣，統籌全局的思想和方向，畢竟被肯定和采納了。就在左宗棠的這份奏折上達兩個月之後，1885年10月12日（九月初五），清政府設立總理海軍事務衙門，派醇親王奕譞總理海軍事務，所有沿海水師悉歸節製調遣。從而，在統一海軍指揮權、加速海軍近代化建設中，邁出了重要的一步。
1885年9月3日，左宗棠忽然“得患腰痛，起坐維艱，手足瘛癜，熱痰上湧，氣弱病深”。9月5日淩晨，他離開了人世。其時，距他上奏《請專設海防全政大臣折》和《台防緊要請移福建巡撫以資鎮懾折》僅38天。他正待有所作為，卻遽爾逝世，抱恨終天！
左宗棠臨終前，滿懷悲憤和遺憾之情，口授遺折，由其子孝寬筆錄，繕交福州將軍穆圖善、陝甘總督楊昌濬，轉奏於清廷。遺折中寫道：
伏念臣以一介書生，蒙文宗顯皇帝特達之知，屢奉三朝，累承重寄，內參樞密，外總師幹，雖馬革裹屍，亦複何恨！而越事和戰，中國強弱一大關鍵也。臣督師南下，迄未大伸撻伐，張我國威，懷恨生平，不能瞑目！渥蒙皇太後、皇上恩禮之隆，叩辭闕廷，甫及一載，竟無由再覲天顏，犬馬之報，猶待來生。禽烏之鳴，哀則將死！方今西域初安，東洋思逞，歐洲各國，環視眈眈。若不並力補牢，先期求艾，再有畔（釁）隙，愈弱愈甚，振奮愈難，求之今日而不可得！伏願皇太後、皇上於諸臣中海軍之議，速賜乾斷。凡鐵路、礦務、船炮各政，及早舉行，以策富強之效。
然居心為萬事之本，尤願皇上益勤典學，無怠萬機，日近正人，廣納讜論。移不急之費，以充軍食；節有用之財，以濟時艱。上下一心，實事求是。臣雖死之日，猶生之年。
可見，在左宗棠最後的奏折中，一方麵表達了自己壯誌未酬、懷恨生平的悲哀，一方麵也向清王朝最高統治者作了最後的、至為懇切的規勸。折文感情誠摯激越，言詞悲壯有力，強烈的愛國主義情懷，躍然紙上，感人心肺！他勸告統治當局，振奮精神，“並力補牢，先期求艾”；及早舉辦鐵路、礦務、船炮各政，“以策富強之效”。他特別規勸最高統治者，努力學習，勤理政事；“日近正人，廣納讜論”；整理財政，以“充軍食”、“濟時艱”；“上下一心，實事求是”。應該說，這些都是切中時弊的，是符合振興中華的需要的。可惜腐朽的清王朝統治者，未能切實加以辦理，以致國家照舊衰敗下去。
據說，左宗棠處於昏迷狀態了，突然蘇醒了過來，這明顯是回光返照。他眼前似乎出現一道光明，恍惚回到柳莊門前，正和夫人、全家為災民施粥施藥，眼望著災民一群群走過去，心頭充滿著同情和歎息；忽然又回到了那間梧桐塘書屋，白發蒼蒼的祖父在教他咿咿唔唔地念書；忽然他又回到了空曠寂寥、風沙彌漫的西征路上，遠望著白雪皚皚的天山山脈，回憶湘江夜晤時林公的諄諄囑托……然而，一刹那一切都過去了，眼前又是一片昏暗，病榻前兒子和親人們聽見他低聲喃喃自語：