山海關戰役後，多爾袞以順治帝的名義，封吳三桂為“平西王”。吳三桂隨即命令手下將領及山海關城內軍民皆剃發歸順。吳三桂接受清朝平西王的封號，標誌著他徹底降清。從請兵、獻關、與清軍聯合作戰，到受封為王，是一個短促而複雜的過程。對吳三桂來說，他是在形勢的迫使下，才走上了降清這條路；而多爾袞則巧妙利用了當時的形勢和吳三桂的困難處境，有步驟、有策略地誘迫吳三桂就範，把他招降過來。
吳三桂降清，不但打開關門，引狼入室，利用異族的力量終止了農民軍建立新朝的可能；也為那些舉棋不定的前明遺臣樹立了榜樣，導致更多統兵將帥迅速歸降清朝。此外，他還親自充當清軍的馬前卒，為清朝統一天下立下了汗馬功勞。
清順治元年（1644）四月二十三日，也就是山海關大戰的第二天，多爾袞決定乘勝追擊，直取北京。他調撥給吳三桂一萬騎兵，令其追擊農民軍。
兵敗石河後，李自成率殘部自山海關潰敗，連夜逃至永平，駐營歇息。為了緩解清、吳軍的追擊，贏得撤退的時間，李自成派遣前明降官張若麒赴吳三桂軍中議和，表示隻要允許他安全回到北京，一定把前明太子交給吳三桂。他以為吳三桂會允許他從容撤退，但降清後的吳三桂已經身不由己。當天，吳三桂便率部進逼永平，向農民軍發動進攻，並再次將士氣低落的農民軍擊潰。李自成率領殘部繼續向北京潰逃，行至永平城西二十裏的範家莊時，怒不可遏的李自成下令將吳襄斬首，並用竹竿挑起示眾。
四月二十六日，李自成率軍撤回北京。經過連番大敗，農民軍對清軍和吳軍產生了畏懼心理，對固守北京更完全失去了信心。而且大順軍將士多是關中人，自從攻破北京後，包括闖王李自成在內的很多將領很快被“突如其來”的勝利衝昏了頭腦，迅速腐化墮落。像劉宗敏那樣不顧大局地搶掠陳圓圓的做法，在當時已非常普遍，而發了大財的農民軍早就想“衣錦還鄉”，回老家享福了。因此返回北京的農民軍並未積極備戰，而是忙於收拾在北京通過追贓助餉等各種手段搜刮的大批金銀財寶，用騾馬一車一車地向關中運送。鑒於此，在李自成與部下謀臣牛金星等人商討後，決定放棄北京，退回關中，再圖大業。
二十九日，農民軍在北京的最後一天，同時也是他們入城的第四十天，李自成在武英殿匆匆舉行即位大典，隨即下令全軍整裝西撤。臨走前，大概是效仿火燒阿房宮的“西楚霸王”項羽，李自成命令放火焚燒故明皇宮。三十日清晨，伴隨著依舊燃燒的熊熊大火，李自成挾前明太子，永、定二王從齊化門出京，向西安方向逃去。而早在二十七日，對吳三桂恨之入骨的李自成下令將吳氏在京家小共三十四口全部處死，並棄屍在王府二條胡同。
這時，吳三桂及其所部作為先頭部隊首先抵達北京城下，多爾袞卻不準他入城，命令吳三桂隨英親王阿濟格繼續追擊西逃的農民軍。
五月二日，多爾袞率八旗勁旅在關寧遼兵的簇擁下來到北京近郊。此時京城的官民百姓隻知道吳三桂得勝，即將奉前明太子進京即位，並不知道他引清兵入關的真相。初三日，一些前明故官身著素服，聚集在東郊朝陽門前，吹吹打打，迎候“太子”入城。眼見一支隊伍浩浩蕩蕩，由遠及近，官員們山呼萬歲，“望塵俯拜”。抬起頭來才驚奇地發現：迎來的並不是大明太子，而是“胡服長辮”、騎著高頭大馬的滿洲人——多爾袞。不等眾官弄個明白，即有清兵大喝道：“我大清攝政王率滿洲兵入城來了！”有幾個腦子轉得快的明官，當即聯名上《勸進表》，不想反被清內閣大學士範文程一句話嗆回：“這並非皇帝，我國皇帝（順治）去年就已經在沈陽登基了，還用你們勸進不成？”
八月二十日，順治帝自沈陽出發，正式遷都北京，九月十九日進城，登上金鑾殿，成為清朝君臨天下的第一個皇帝。甲申年這場改朝換代的“鬧劇”終於告一段落。至於明太子和永定二王，有人說他們被李自成半路處死，也有人說他們被吳三桂奪回，但很快被清軍以“假太子”名義處死。再後來，南明也鬧出了“假太子案”；康熙年間還鬧過“朱三太子案”。總之，在那個成王敗寇的年代，真的假的也都不再重要了。